В том же направлении еще из эпохи Эдо шло развитие конструктивного исторического разума, озабоченного моральными «уроками» и доказательствами. В XVII веке началась новая эра, которая связана с историческим видением национального прошлого. Оно должно было рассматриваться уже не" в легендарных аспектах, а в соответствии с повествовательной строгостью китайских анналов. В 1657 году Токугава Мицукини (1628–1701) — внук первого сёгуна из дома Токугава и один из главных приверженцев неоконфуцианства — собрал в своих землях в Мито группу, которой было поручено полностью пересмотреть историю Японии в свете принципов китайской исторической науки. Эти принципы до того времени понимались иначе. Ученым следовало выявить, какие реальности скрывались под древними мифами, а не заниматься изысканием причин недавнего переворота; они надеялись способствовать укреплению морали и социального строя, основы которых, как полагалось, нужно было извлечь из событий мифологического прошлого: «Пишите ее [историю], сохраняя верность событийной основе, и моральная сопричастность проявится открыто. От древности до настоящего времени обычаи и традиции народа, были ли они изысканными или грубыми, равно как и правительство и управление во времена, сменявшие последовательно друг друга [приводившие к процветанию или к гибели], будут изложены черным по белому так же ясно, как если это были вещи, которые мы осязаем. Хорошие поступки служат тому, чтобы вдохновлять людей, а плохие — чтобы их удерживать от плохого, таким образом, пусть мятежники и предатели дрожат в страхе перед судом истории. Таким образом, образование и поддержание общественного порядка получат от этого большую выгоду»
Следуя китайскому примеру — «Истории великой династии Мин»
Сторонники научной истории также пытались исследовать проблему императора и возникновения императорской власти. Один из них, Араи Хакусэки (1657–1725), историк, философ и известный политический деятель, имел смелость обнародовать некое открытие в китайской мысли, не связанной с феодализмом, но это не понравилось сёгуну Ёсимунэ, и автор оказался в немилости. Вынужденная праздность, которая последовала за этим, предоставила ему свободное время для размышлений над легендарным происхождением Японии, миф о котором, как предполагалось, должен был усиливать императорский престиж. Мудрость мыслителя уберегла его от дальнейших неприятностей, так как эта идея устраивала, вероятно, всех — и цензоров сёгуната, и сторонников пересмотра представлений об императоре: мнения сошлись. «Японские источники по этому периоду [древности] редки, это правда, однако в китайских исторических сочинениях начиная с „Позднейшей истории Хань” присутствуют сведения, которые касаются нашей страны, и там приводится много ценных сообщений. Между тем их обычно считают россказнями и выдумками, почерпнутыми из иностранных источников, и мы проходим мимо них, не уделяя им никакого внимания и не удостаивая их изучением. Кроме того, три корейских государства в эпоху Хань были заморскими областями нашей страны в течение четырехсот лет, и их архивы часто подтверждают или дополняют нашу информацию, но и их презирают точно так же. Таким образом, историки Мито опираются на „Хроники” и больше ни на что другое; и в силу этого история нашей страны оказывается повествованием о мечтаниях, привидевшихся во сне… Люди обычно желают прославиться благодаря своим знаниям и своей доброй репутации; но с тех пор, как моя репутация ученого достигла Китая, Кореи, Рюкю и даже Голландии, путешественники из этих стран спрашивают время от времени о том, что у меня нового, но их интерес ко мне стал одной из причин моих несчастий. Учитывая мой пожилой возраст, я должен считаться с фактом, что мои дети и мои внуки рискуют пострадать из-за этого интереса. Уже семь или восемь лет я пытался держаться в тени, и мне рассказывают, что людей, которые меня критикуют, не так уж и много. Именно эти причины заставляют меня сомневаться, следует ли мне публиковать мои труды. Я твердо заявляю: я могу довериться мнению людей лишь через век или два века после моей смерти»