Еще студентом, в 1913 г. Невский ездил на три месяца в Японию, а после окончания университета его выпускникам, заслуживавшим, как тогда говорили, «подготовку к профессорскому званию», была положена стажировка в изучаемой стране «для усовершенствования знаний и приобретения необходимых навыков в разговорном языке». Получив университетскую стипендию, Николай Александрович через год после окончания университета, в ноябре 1915 г. отправился на стажировку. Он ехал на два года, не предполагая, что проведет в Японии большую часть остававшейся ему жизни.
Невский поселился вместе с товарищами по университету Н. И. Конрадом и О. О. Розенбергом, приехавшими туда раньше его, в уютном доме в токийском квартале Хаяси-те. Его темой стало изучение синтоизма, системы традиционных японских верований, традиций и ритуалов. До Невского не только в России плохо знали, что это такое, но и в самой Японии синтоизм не был изучен. Лишь Николай Александрович показал, что надо разграничивать официальный синтоизм, искусственно созданный японскими книжниками XVII–XIX вв. на основе толкования древних памятников и ставший государственной религией, и народный синтоизм, продолжавший жить в сельских районах страны. Если официальный синтоизм был как-то известен, то народный синтоизм только начинал изучаться. Невский, к тому времени блестяще овладевший японским языком, включая диалекты, много ездил по стране, иногда в одиночку, иногда в компании первых японских этнографов, забираясь в отдаленные деревни, где никогда не видели белого человека. Он дотошно изучал похоронные обряды, песни при исполнении танца льва, обряд постановки магических фигур, предохранявших от воров и от насекомых-вредителей, начал переводить «Норито» – синтоистские заклинания VIII в., слегка подражая в переводах любимому Мандельштаму. И беседы о науке с Конрадом, Розенбергом и приезжавшим в командировку Поливановым. Невскому было хорошо.
Внезапно из России пришли сообщения о свержении монархии. У Конрада и Розенберга весной 1917 г. кончился срок стажировки, и они вернулись на родину, еще раньше уехал Поливанов. Невский, чей срок истекал 1 декабря 1917 г., остался в Токио один, продолжая изучать танцы льва и другие обряды. В конце 1917 г. выплата стипендии из Петрограда прекратилась, а из России доходили вести одна хуже другой, особенно от Алексеева. В библиотеке университета Тенри в Японии, где сейчас сосредоточена японская часть архива Невского, сохранилось любопытное письмо учителя ученику от 2/15 ноября 1917 г.: «Не ездите в позорную страну до окончания его судеб… Каждый чувствует себя как бы накануне своей погибели. Россия перестала быть государством. Здесь черт знает что происходит. Кроме насилия, ничего. Жду бесславной, глупой смерти от солдата-хулигана и махнул рукой на работу». Алексеев радовался тому, что хотя бы Невскому ничего не угрожает, и передавал ему научную эстафету: «Вы – лучший из моих учеников. В Вас горит энтузиазм и свет науки. Вам принадлежит будущее. Со способностями Вы соединили редкую любовь к труду и знанию, окрашенную в идеальный колорит, бескорыстный, честный, молодой и яркий… Если больше не увидимся, обнимаю Вас крепко, и желаю Вашей жизни большего смысла и большего успеха, чем то, что выпало на долю мне, но я счастлив был и остаюсь тем, что Вы были моим учеником».
Людям не дано предугадать будущее. Все получилось как раз наоборот: в жизни Алексеева было немало неприятностей, но он уцелел во всех бурях, всегда работал по специальности, стал академиком, дожил до старости, а пуля в затылок досталась его лучшему ученику, которого учителю было суждено пережить на четырнадцать лет.
Но это будет позже, и Невский с Алексеевым все-таки еще увидятся. А в конце 1917 г., взвесив все «за» и «против», Николай Александрович решил остаться в Японии. Он никогда не считал себя эмигрантом и надеялся, что наступят лучшие времена, и он сможет вернуться на родину.
Более года Невский искал работу, которая в Токио так и не нашлась. Но в 1919 г. удалось получить место преподавателя русского языка в Высшем коммерческом училище в городе Отару на северном японском острове Хоккайдо. Тогда это был небольшой город в японской глубинке, мало европеизированный. Там ученый прожил три года.