В 1925 г. тетка Невского В. Н. Крылова (во многом заменившая ему в детстве рано умершую мать) писала из Рыбинска в Ленинград В. М. Алексееву, желая узнать о судьбе племянника, который «пропал в Японии». Тот ответил, что Невский жив и работает, но ему не стоить возвращаться, пока жизнь дома не наладится. Но скоро мнение друзей Невского изменилось, и роль в этом сыграла поездка Н. И. Конрада в Японию летом и осенью 1927 г. На пристани в Осаке Николай Александрович встретил старого друга и поселил в своем доме. Его вид не понравился Конраду, к тому времени возглавившему ленинградское японоведение. Он писал В. М. Алексееву о Невском: «Он, конечно, здесь закис… Николай Александрович – без вмешательства со стороны – не обойдется»; «Невский требует притока целеустремленной, живой, бодрой энергии; притока интереса со стороны»; «Ему нужно возвращаться, и я приложу все усилия уговорить его. Ужасно горько будет его оставлять опять одного». Алексеев, раньше не хотевший, чтобы Невский возвращался, теперь согласился с Конрадом. В следующем 1928 г. в Японию приезжал еще один ленинградский востоковед, принадлежавший к молодому, пока не знакомому Невскому поколению, Ю. К. Щуцкий (он разделит впоследствии судьбу Николая Александровича). Он тоже будет уговаривать ученого вернуться. И Невский в итоге согласился. С конца 1928 г. начались хлопоты по оформлению переезда в Ленинград, затянувшиеся из-за проволочек японской бюрократии. Лишь в конце лета 1929 г. он смог покинуть Японию, причем без семьи, которую обещали пустить в СССР позже. В Осаке пришлось оставить часть материалов и всю переписку, которые ныне хранятся в университете Тенри.
Закончился четырнадцатилетний период жизни ученого в Японии, давший ему так много материалов и не принесший особой научной известности. Невский покидал мирную и скучноватую Осаку, ручную обезьянку Масико и тишину храмов и возвращался в страну «суровой и однообразной природы», как он назвал Россию в одной из японских публикаций, сравнивая ее с Японией. В 1929 г., когда ленинградское востоковедение в основном восстановилось после гражданской войны и разрухи, возвращение в привычную научную среду казалось заманчивым. Но теперь мы понимаем, что ученый ехал навстречу новым интересным исследованиям, но и навстречу гибели. Конрад одновременно звал домой и Ореста Плетнера, но тот предпочел не рисковать и остался в Японии. Он дожил до 1970 г., но за четыре последующих десятилетия жизни в чужой среде сделал меньше, чем Невский за восемь ленинградских лет.
Поначалу казалось, что надежды Невского оправдались. В Ленинграде его приняли хорошо. Алексеев (как раз в 1929 г. избранный академиком), Конрад и другие старые знакомые его ценили. Алексеев помог ему и с жилплощадью самым простым путем, отдав ему часть своей большой квартиры (Конрад жил в другой квартире того же дома). К тому времени состав ленинградских востоковедов успел сильно измениться. Из плеяды замечательных японистов предреволюционных лет к моменту возвращения Невского там остался только Н. И. Конрад. О. О. Розенберг и Олег Плетнер умерли, Е. Д. Поливанов скитался по Средней Азии, а С. Г. Елисеев, М. Н. Рамминг и Орест Плетнер оказались разбросаны судьбой по разным странам. Но в Ленинграде подросло новое поколение: китаисты Ю. К. Щуцкий и Б. А. Васильев, монголист Н. Н. Поппе и др. Между всеми ними установились дружеские отношения. Дочь В. М. Алексеева нашла в бумагах отца конверт, надписанный его рукой: «Сатирикон Щуцкого и Васильева – вечер моих учеников в честь Н. А. Невского 25 сент[ября] 1929». Очевидно, вечер был связан с возвращением Николая Александровича на родину. Среди «юмористических куплетов» находим куплет в честь Невского и Конрада: «Два самурая, два Николая и тут и там, ученым саном и стройным станом пленяют дам!».
Сразу по приезде Невский начал преподавать японский язык в университете и Ленинградском институте живых восточных языков им. А. Енукидзе (до 1936) и работать в только что образованном академическом Институте востоковедения, с 1934 г. он работал также в Эрмитаже. В 1935 г. Невский без защиты диссертации получил докторскую степень, имел и звание профессора.