Первым деянием св. Софрония было созвать собор всех епископов Палестины для предупреждения их против лжеучения монофелитов, и он написал соборную общительную грамоту к святителям старших престолов, дабы изложить им исповедание своей веры. Замечательно пространное его послание к патриарху Сергию Константинопольскому, которое было отправлено также к папе Онорию и впоследствии послужило правилом веры, на шестом вселенском соборе. Софроний начинает свое послание горькими жалобами на то, что его извлекли из мирного уединения на столь великую кафедру; потом излагает свое исповедание, объясняя таинство Пресвятые Троицы и опровергая все богопротивные ереси, особенно Нестория и Евтихия, в ясном свете выставляя спасительный догмат о вочеловечении Христова и двоякую волю в едином лице Богочеловека, соответствующую двум его природам, божественной и человеческой. Он осуждает также Оригена и анафематствует всех еретиков, признавая за основание чистой веры решения пяти вселенских соборов, до него бывших; но, несмотря на заблуждения патриарха Сергия, весьма скромно изъясняет ему истину, поручая себя его молитвам, и, уже предвидя грозу сарацинскую, предстоявшую Св. Граду, так заключает свое послание: «Помолись о наших императорах Ираклии и сыне его Констанции, дабы Господь дал им победу над всеми варварами, и наипаче дабы смирил надменность сарацинов, которые, по грехам нашим, столь нечаянно против нас восстали и все вокруг опустошают с нечестивою дерзостью».
Заботясь столько же о благе вселенской Церкви, сколько и о собственной пастве, обуреваемой внешними бедствиями, Софроний собрал до шестисот отрывков из св. отцов против ереси монофелитов, для их обличения, видя, что ничто не успевает, а враги умножаются, ибо не знал еще, что и папа Онорий впал в заблуждение. Призвав Стефана, епископа Доры, благочестивый Софроний возвел его на Голгофу и сказал: «Ты дашь ответ Распятому на сем святом месте, когда придет Он судить живых и мертвых, если пренебрежешь опасностью, в коей обретается святая вера; и так исполни то, чего я сам не могу сделать ради набегов сарацинских. Поспеши от сего края земли предстать кафедре апостольской, где основания чистой веры; открой святым мужам, собранным там, все, что здесь происходит, и не престань умолять их, доколе не осудят соборно сего нового лжеучения». Стефан, устрашенный сим заклинанием и убежденный мольбами многих епископов Востока, поспешил в путь и, несмотря на все препятствия со стороны монофелитов и на опасности от сарацин, присутствовал впоследствии на соборах его преемников, для утверждения православия.
Страшная гроза, которую видел Софроний восстающею от юга на Иерусалим и которая над ним разразилась еще во дни его святительства, была новая вера лжепророка Магомета, возникшая, как некий пустынный вихрь, из песков Аравии и проповеданная оттоле оружием по вселенной; кровь и пламя знаменовали путь ее и пределы. Сбылось предсказание ангела Агари, скитавшейся некогда в пустыне Аравийской с отроком своим Измаилом: что он будет муж дикий, и руки его на всех, и рука всех на нем, и что вселится с оружием пред лицом братии своих, чад Аврамовых, плотских и духовных. От колена Измаилова возник Магомет, из племени корейшитов; скитался он с верблюдами по пустыням, предаваясь созерцаниям и почерпая понятия об иудействе и христианстве от рассеянных в Аравии евреев и от некоего еретического инока Сергия, с коим встретился в Вострее во время своего странствования для купли житейской. Сорока лет выступил он на поприще мира и, убедив сперва в своем небесном посольстве богатую вдову, на коей женился, племянника Али и тестя по другой жене, Абу-Бекра, проповедовал единство Божье посреди идолопоклонников, признавал пророков и посланников Божьих: Ноя, Авраама, Моисея и Мессию, Господа Иисуса, чудно рожденного от Девы, как слово и дух Божий, но не распятого за род человеческий, а спасенного будто бы тайно Богом из рук евреев; признавал Ветхий и Новый завет, но в искаженном виде, и составил из отрывков священных преданий собственную книгу Коран; ибо себя выдавал он за исправителя иудеев и христиан и за последнего из пророков, обещанного Богом, для обращения к истине всех народов; посему и изложил новое законодательство свое в Коране, повелевая всех покорять его учению. Принужденный бежать из Мекки в Медину от восставших против него корейшитов, в 622 г. по P. X., он утвердился в Медине. Бегство сие, по-арабски эгира, принимается за начало летосчисления у последователей Магомета; семь лет спустя победителем вступил он опять в Мекку, и уже в час смерти вся Аравия преклоняла пред ним колена. Тесть его, Абу-Бекр, принял после него звание халифа, т. е. его наместника или властителя всех правоверных, и собрал в одну книгу рассеянные листы Корана.