Как бы то ни было, неоспоримым является тот факт, что вплоть до середины XVII века повсеместно раздавались жалобы на невозможность ознакомиться с «Конституциями». Паоло Сарпи в письме к Лешассерию от 14 августа 1612 года рассказывает, что он не смог достать издания 1606 года, напечатанного римской коллегией. Когда в 1621 году парламент потребовал у иезуитов их «Конституции», они отказались сообщить их. Иезуиты, сильные благодаря папским привилегиям, которые делали их неподсудными со стороны любой власти, за исключением папской, считали долгом чести не допускать, чтобы какая-либо власть, светская или церковная, вмешивалась в управление орденом и обсуждала его статуты. Действительно, папы, начиная с Павла III и кончая Григорием XIV, то есть с 1540 по 1591 год, предоставили иезуитам почти неограниченные права в сфере проповеди, исповеди, отпущения грехов, преподавания, освобождение от всяких денежных повинностей и светской и духовной юрисдикции, независимость от светских и даже духовных властей; ибо, хотя иезуиты и должны были испрашивать у епископов разрешение проповедовать, исповедовать и учить, они могли создавать особые братства из дворян, должностных лиц, студентов, солдат, которые зависели только от них. Сколько раз светское духовенство жаловалось на то, что иезуиты отняли у него всю паству! Эти огромные права ордена были сосредоточены в руках генерала. Святой престол одобрил в 1540 году конституции Игнатия и в 1558 году конституции, представленные Ленецом вместе с декларациями Игнатия. Но булла Павла III 1543 года и булла Григория XIII 1584 года разрешили генералу и избранным им священникам ордена составлять статуты и конституции, которые он сочтет нужными, и вносить в них дополнения и изменения. Григорий XIV увенчал привилегии ордена своей буллой 28 июня 1591 года, которая окончательно поставила иезуитов в совершенно исключительное положение в церкви. Он подтвердил чисто монархическую природу управления орденом, «monarchicam et in definitionibus unius superioris arbitrio contentam». Он подтвердил все предшествовавшие конституции, статуты, декреты, привилегии, изъятия, передал генералу все полномочия в отношении назначения должностных лиц, повышения, снятия с должности и все вопросы, связанные с юрисдикцией. Кроме того, он пригрозил отлучением всем светским и духовным лицам, священникам и членам религиозных орденов, которые позволяют себе нападки в адрес Общества Иисуса, подрывающие его репутацию, или пытаются изменить его статуты. Григорий XIV запретил даже самим иезуитам испрашивать себе привилегии, противные статутам, и заранее аннулировал те из них, которые они смогли бы получить от Святого престола и папских легатов. Он разрешил генералу собственной властью отзывать иезуитов, посланных папой, и объявил, что привилегии иезуитов не могут быть отменены или уменьшены никаким папским декретом, если он не будет направлен специально против них.
Эта страшная власть генерала, которая, казалось, делала из Общества Иисуса церковь в церкви, не была, как это часто утверждают, бесконтрольной властью, потому что генерал, который не имел права издавать ни одного закона без участия генеральной конгрегации, имел возле себя адмонитора и четырех ассистентов, назначенных генеральной конгрегацией, которой было поручено избирать его самого, а эти ассистенты могли в случае, если генерал плохо исполнял свои обязанности, созвать собрание для суда над ним. Тем не менее правительство общества было монархией, монархией абсолютной и сильно централизованной, которая вовсе не была обязана ставить в известность членов общества о мотивах своих решений. Поэтому не следует удивляться тому, что некоторые члены общества, проникнутые духом независимости, как, например, часть испанских иезуитов, пытались в конце XVI века ограничить абсолютную власть генерала. Знаменитый Мариана, один из вождей этого заговора, в 10-й главе своей книги «О недугах Общества Иисуса», опубликованной через несколько лет после смерти автора, назвал эту монархию «источником всех беспорядков и неудовольствий, которые мы испытываем ежедневно». «Монархия губит нас не потому, что она монархия, а потому, что она недостаточно ограничена. Она бешеный кабан, который опустошает все, по чему проходит». Все управление орденом, сосредоточенное в руках небольшого числа лиц, которое должно было заниматься столь многочисленными и важными делами, было вынуждено скрывать свою деятельность и даже окружать ее тайной. Отец Миранда, провинциал Кастилии, став ассистентом Испании в Риме, в 1736 году писал: «До того как я попал в Рим, где меня посвятили во все тайны, я не знал, что представляет собой наше общество. Внутреннее управление нашего ордена требует специального изучения; в нем ничего не понимают даже провинциалы. Чтобы иметь о нем даже слабое представление, нужно быть облеченным теми функциями, которые я исполняю».