Завоевание Баварии принесло выгоды ордену и за пределами герцогства. Оно стало основой для новых завоеваний, как на западе, так и на крайнем востоке и севере Германии. Вопреки постановлениям Тридентского собора, герцог Баварский Эрнст, хотя он и доказал самым скандальным образом, что предпочитает юбки стихарям, получил последовательно духовные княжества Фрейсинг, Гильдесгейм, Льеж, Кёльн, Мюнстер и большие имперские аббатства Стабло и Мальмеди. Это означало для перечисленных территорий победу католической реакции, потому что, хотя в Эрнсте не было ничего духовного, кроме титула, он тем не менее в качестве представителя рода Виттельсбахов преследовал протестантов и покровительствовал иезуитам. С 1585 года иезуиты обращают часть Вестфалии, зависевшую от Кёльна; в 1586 году они появляются в Неусе и Бонне, одной из резиденций архиепископа Кёльнского; в 1587 году они открывают коллегию в Гильдесгейме, в 1588-м – в Мюнстере. Мюнстерская коллегия в 1618 году насчитывала уже 1300 учеников. В Падерборне иезуиты получили коллегию в 1585 году; и за основанием коллегии последовало насильственное обращение протестантов. Значительная часть Западной Германии была, таким образом, вновь завоевана католицизмом благодаря Виттельсбахам и иезуитам.
Союз Виттельсбахов и иезуитов, может быть, был еще важнее для австрийских земель, чем для Западной Германии. После смерти императора Фердинанда I 25 июля 1564 года победа евангеликов, казалось, была лишь вопросом времени. Исследования некоторых ученых показали, что лишь одна тридцатая часть населения осталась верной католической церкви. Однако Фердинанд делал все возможное, чтобы помешать развитию протестантизма.
Новый государь, эрцгерцог Фердинанд, постепенно изгнал из Тироля почти всех протестантов и анабаптистов. Немногих рудокопов-евангеликов, которых он еще пощадил, изгнал из долины Нижнего Инна его преемник, гроссмейстер Тевтонского ордена Максимилиан (1595–1619). Затем над восстановлением католицизма в церковной жизни работали иезуиты Галля и Инсбрука, а также германская коллегия в Риме, коллегия в Диллингене и Ингольштадте, которые подготовили немало тирольских священников. В результате этих совместных усилий современный Тироль превратился в фанатическую крепость католической партии в находящихся под властью Габсбургов немецких странах.
Во Внутренней Австрии, в Штирии, Каринтии, Крайне, эрцгерцог Карл, последний сын императора Фердинанда, нашел при вступлении на престол, по своему собственному признанию, лишь развалины старой церкви. У него самого лично не было никакой склонности к ханжеству. Оно появилось у него лишь после того, как в 1571 году он женился на баварской принцессе Марии, молодой, энергичной женщине, стоявшей значительно выше его по силе характера и ума. Мария перенесла в грацский замок господствовавшую при мюнхенском дворе дружбу к иезуитам.
Уже в 1573 году иезуиты основали в Граце богато обеспеченную коллегию, чтобы конкурировать с национальной протестантской школой, и вскоре число католических исповедников в этом почти совершенно протестантском городе поднялось с 20 до 500. Но протестанты высших классов были так могущественны во Внутренней Австрии, что эрцгерцог вынужден был на общем сейме 1578 года в Бруке-на-Муре даровать дворянству религиозную свободу и дать обещание терпеть протестантских проповедников и школы в Граце, Юденбурге, Лайбахе и Клагенфурте.
Папа, иезуиты, эрцгерцогиня Баварская и баварские родственники Карла были раздражены этими уступками, и сам Карл чувствовал сильные угрызения совести. Уже в октябре 1579 года он обещал на проходившей в Мюнхене конференции князей отменить сделанные уступки. Он начал со своего герцогского дома: даже повара-еретики должны были уступить свои места баварским коллегам, добрым католикам.
Главнейшие придворные должности были переданы итальянцам, а на церковные должности, находившиеся в распоряжении эрцгерцога, были назначены баварцы. Затем, начиная с 1581 года, евангелических проповедников стали изгонять из герцогских городов и рынков и заменять их священниками, получившими свое воспитание у иезуитов. В то же время детям в Граце запретили посещать национальную протестантскую школу, и, чтобы иметь возможность запретить им посещение школ, находящихся в других городах, иезуитская коллегия в Граце была 1 января 1585 года преобразована в университет с вполне определенной целью – держать в чистоте католическое учение и искоренить ересь. Само собой разумеется, что некатоликам запрещали занимать какие-либо общественные должности, но еще более сильное впечатление произвело то, что герцог начал угрожать религиозной свободе даже самой знати и что он поставил дарование прав гражданства во всех городах в зависимость от принесения католической присяги.