Против них было выдвинуто другое тяжкое обвинение–вредительство с целью ослабления мощи Красной Армии. Вредительство со стороны Тухачевского и поддерживающих его Якира и Уборевича расценивалось судом как настойчивое внедрение концепции ускоренного формирования танковых соединений за счёт сокращения численности и расходов на кавалерию. С резким осуждением такой концепции выступил на суде С.М. Буденный. Председатель суда Ульрих неизменно спрашивал: «Вы подтверждаете показания, которые давали на допросе в НКВД?» Когда Тухачевский, Якир, Уборевич, Корк пытались что-то разъяснить, Ульрих обрывал: «Вы не читайте лекций, а давайте показания». Однако подсудимые продолжали утверждать, что они правы, что будущая война будет войной моторов… Наконец выяснялся вопрос: был ли среди подсудимых сговор по поводу отстранения Ворошилова от руководства Красной Армией? Все они признали, что разговоры об отстранении Ворошилова между ними велись. Уборевич уточнил: когда решили поставить в правительстве вопрос о Ворошилове, то «нападать на него по существу уговорились с Гамарником, который сказал, что крепко выступит против Ворошилова». Почему хотели выступить против Ворошилова? Какие ошибки и упущения могли быть поставлены в вину наркому? На суде этого не выясняли. Желание подсудимых обратиться в правительство расценили как вынашивание террористических намерений в отношении Ворошилова.
Во главе Википедии «Противостояние в командовании РККА» говорится, что деятельность Тухачевского по реформированию вооружённых сил и его взгляды на подготовку армии к будущей войне встречали сопротивление и оппозицию в наркомате обороны. По разным причинам к Тухачевском у относились с неприязнью маршалы Ворошилов, Будённый, Егоров, командармы Шапошников, Дыбенко, Белов. Все они были выходцами из 1-й и 2-й Конных Армий. В свою очередь, у рядовых начальников (Тухачевский, Гамарник, Уборевич, Якир) сложилось резко критическое отношение к деятельности Ворошилова на посту наркома обороны. Маршал Г. К. Жуков рассказывал писателю К.М. Симонову: «Нужно сказать, что Ворошилов, тогдашний нарком, в этой роли был человеком малокомпетентным. Он так до конца и остался дилетантом в военных вопросах и никогда не знал их глубоко и серьёзно. А практически значительная часть работы в наркомате лежала… на Тухачевском, действительно являвшимся специалистом. У них бывали стычки с Ворошиловым и вообще существовали неприязненные отношения. Ворошилов очень не любил Тухачевского…»
По существу, речь идёт о противостоянии между группировками высших военачальников—сторонников танков во главе с 1-м замнаркома маршалом Тухачевским и конницы—во главе с наркомом обороны маршалом Ворошиловым. На его стороне был его приятель со времён Гражданской войны Сталин, который поддержал создание 1-й и 2- Конных Армий, которыми командовали – С.М. Будённый и О.И. Городовиков. В своё время эта идея была прогрессивной, учитывая скорость и маневренность конницы. К 30-м гг. скорости танков и самолётов неоднократно возросли, значительно увеличился их выпуск промышленностью, повысилось их качество, а к этому времени военное мышление конников оставалось на уровне Гражданской войны. Они не хотели изменений. Отношения между двумя группировками обострились в мае 1936 г., противники Ворошилова ставили перед Сталиным вопрос о замене Ворошилова на посту наркома. По мнению Судоплатова: «Тухачевский и его группа в борьбе за влияние на Сталина попали на его удочку. Во время частых встреч со Сталиным Тухачевский критиковал Ворошилова, Сталин поощрял эту критику, называя её «конструктивной», и любил обсуждать варианты новых назначений и смещений…»
Правильные слова, высказанные Жуковым о мало компетентности Ворошилова, подтверждаются следующим фактом: В начале 30-х, исходя из опыта проведения учений и манёвров, Тухачевский писал в одном из своих докладов: «Современные средства подавления, будучи применёнными в массовых масштабах, позволяют достичь одновременной атаки и уничтожения всей глубины тактического расположения обороны противника. Эти средства, и в первую очередь танки, позволяют: а) подавить систему огня обороны противника так, чтобы большая часть артиллерии и пулемётов не могла принять участия в отражении атаки и проникновении наступающей пехоты и танков НПП вглубь оборонительной полосы; б) нарушить систему управления, сковать и изолировать резервы противника с тем, чтобы в период боя в глубине оборонительной полосы разгромить по частям разные эшелоны боевого порядка противника». Тем самым М. Н. Тухачевский совершенно ясно определил задачи глубокого боя. Однако они не всеми были сразу приняты.