Когда в 1936 г. была воссоздана Академия Генерального штаба, Иссерсон возглавил ведущую кафедру — кафедру армейских операций (позднее кафедра оперативного искусства). Теория глубоких операций была принята в РККА и включена во Временный Полевой устав (РККА ПУ-1936). Таким образом, были созданы все условия для развития в Красной Армии мотомеханизированных (танковых) соединений. Были также созданы все возможности для появления истинной стратегии глубокой операции ведения современной наступательной победоносной войны. Но этого не случилось, так как просуществовала теория недолго. В 1937 г. эту теорию, после сфабрикованного дела «Заговор военных» над группой высших командиров РККА во главе с 1-м замнарком а обороны маршалом М.Н. Тухачевским, выступавших за ускоренное вооружения Красной Армии танками, которые были осуждены Судебным присутствием к расстрелу, после чего в верхах Красной Армии эту теорию объявили, как «теорию глубокого предательства». Как возникло это дело? В то время происходило противостояние между высшими командирами сторонниками танков и конницы. Сторонники танков во главе М. Н. Тухачевским обратились к наркому обороны К.Е. Ворошилову с предложением ускоренного формирования танковых соединений за счёт сокращения численности и расходов на кавалерию. Но Ворошилов, возглавлявший конников, не поддержал их, отклонил их предложение, настаивая на том, что «красная кавалерия по-прежнему является победоносной и сокрушающей вооружённой силой». Тогда в кругу танкистов стал обсуждаться вопрос об обращении в правительство с предложением об освобождении Ворошилова от должности наркома. Чтобы удержаться у власти, Ворошиловым совместно со Сталиным с привлечением НКВ Д было сфабриковано дело против танкистов. Нужные признательные показания от арестованных по делу выбивались следователями НКВД путём физического воздействия на высших командиров. Это дало материал для подготовки доклада наркома К.Е. Ворошилова «О раскрытии органами НКВД контрреволюционного заговора в руководстве Красной Армии», с которым он выступил на заседании Политбюро 1 июня 1937 г. А Сталин, также сославшись на их показания, заявил, что в стране раскрыт военно-политический заговор против советской власти. По его утверждению, руководителями заговора были 1-й заместитель наркома обороны маршал М.Н. Тухачевский, командующий Белорусским ОВО И.П. Уборевич, командующий Киевским ОВО И.Э. Якир, а участниками заговора были В.М. Примаков, В.К. Путна, А.И. Корк, Р.П. Эйдеман и Б.М. Фельдман. Более подробно об этом деле и его последствиях будет рассказано в следующей главе.