1 марта 1881 года в Петербурге рядом с Летним садом прогремел взрыв, прервавший царствование Александра II. В Петербурге, Москве, Киеве, Одессе начались политические процессы. Студенты Новороссийского университета выступили против террора, начавшихся погромов и полицейского надзора. В ответ последовали аресты. Не осталась в стороне от событий и профессура. Многие, в том числе и Илья Ильич, «человек крайних убеждений, невозможный ни в каком учебном заведении», выступали в защиту студентов, попавших в полицию. Мечников так писал о событиях, последовавших после убийства царя: «Они чрезвычайно приостановили все университетские отношения… Очень многие постановления совета кассировались высшей властью, видящей во всем вопреки действительности крамолу».
В университете появляется новый ректор – С. П. Ярошенко – «более вредный с точки прения интересов университетской свободы». Позднее Илья Ильич отметит в своих воспоминаниях: «Этими выборами была решена моя участь, и я сразу понял, что искусно организованное реакционное течение выбросит меня из университета».
Несмотря на то, что Мечников старался быть подальше от политики и часто повторял: «Наука – вот моя политика», законы общественной жизни были сильнее его желаний. Поэтому в реакционных кругах его, по словам О. Н. Мечниковой, считали «красным и чуть не агитатором».
Уйдя из университета, ученый занялся семейными проблемами, возникшими после смерти родителей жены и старшего брата. На профессорское жалованье, полученное при выходе в отставку, он построил школу в имении Белокопытовых.
Со временем Илья Ильич решил устроиться на должность земского энтомолога в Полтавской земской управе. «В те времена, – вспоминал ученый, – насекомые производили значительные опустошения на юге России, и мне пришлось заняться вопросом о мерах против этой беды». Еще за два года до ухода из университета, летом 1880 года, Мечников, находясь в сельской местности Киевской губернии, узнал, что злаки сильно страдали от жуков (Anisoplia austriaca), причинявших большой вред всему краю.
«Близко принимая к сердцу такое бедствие, – писала в своих воспоминаниях О. Н. Мечникова, – Илья Ильич придумывал, как бы помочь ему. Несколько лет до этого, случайно заметив на окне большую мертвую муху, всю поросшую плесенью, по-видимому, причинившей ей болезнь и смерть, он спросил себя: нельзя ли бороться с вредными насекомыми, распространяя на них искусственные эпидемии? Теперь он вернулся к этой мысли и усердно занялся ее разработкой. Найдя на трупах жуков (Anisoplia) грибок мюскардину, обволакивающий их своими нитями, Мечников успешно стал заражать здоровые особи этим грибком. Сначала он проводил свои опыты лабораторным путем, впоследствии же граф Бобринский предоставил ему для этого опытные поля. Результаты оказались очень ободряющими, и он передал разработку прикладной стороны вопроса молодому энтомологу Красильщику. Илье Ильичу же работа эта послужила исходной точкой для исследований инфекционных болезней».
Очевидно, что гениальный взлет мысли Мечникова в этой работе не исчерпывается тем, что она послужила исходной точкой для исследования инфекционных болезней. По сути, это была основа учения об антибиотиках. Работая над вопросами борьбы с вредителями сельского хозяйства, он одним из первых в науке разработал и применил биологические методы защиты посевов.
Обстоятельства не позволили Илье Ильичу поработать над развитием энтомологии, однако этот пример показывает, каким универсальным биологом он был.
Неожиданно полученное женой Мечникова небольшое наследство позволило семье отправиться на Средиземное море – в Мессину. Именно там Илья Ильич провел цикл наблюдений, которые стали основой сформулированной им фагоцитарной теории.
Позже он вспоминал: «В Мессине совершился перелом в моей научной жизни. До того зоолог, я сразу сделался патологом. Я попал на новую дорогу, которая сделалась главным содержанием моей последующей деятельности».
Свое первое наблюдение, проведенное в 1882 году в Мессине и явившееся вехой в медицинской науке, Мечников описал очень красочно: «В чудной обстановке Мессинского пролива, отдыхая от университетских передряг, я со страстью отдался работе. Однажды, когда вся семья отправилась в цирк смотреть каких-то удивительно дрессированных обезьян, а я остался один над своим микроскопом, наблюдая за жизнью подвижных клеток у прозрачной личинки морской звезды, меня сразу осенила новая мысль. Мне пришло в голову, что подобные клетки должны служить в организме для противодействия вредным деятелям. Чувствуя, что тут кроется нечто особенно интересное, я до того взволновался, что стал шагать по комнате и даже вышел на берег моря, чтобы собраться с мыслями. Я сказал себе, что если мое предположение справедливо, то заноза, вставленная в тело личинки морской звезды, не имеющей ни сосудистой, ни нервной системы, должна в короткое время окружиться налезшими на нее подвижными клетками, подобно тому, как это наблюдается у человека, занозившего себе палец.