Русский университет в Париже был организован в начале XX века группой ученых, по тем или иным причинам покинувших царскую Россию. Университет в изгнании находился под специальным наблюдением особого отдела департамента полиции Российской империи. Тайный полицейский агент донес весной 1901 года своему начальству в Петербург, что ряд «бывших профессоров русских университетов, не ограничиваясь своей антиправительственной деятельностью в России, решили организовать в Париже при посредстве Мечникова «Свободный русский университет», имеющий целью развивать учащуюся молодежь в политическом смысле».
В другом донесении отмечалось, что выдающиеся русские эмигранты придают серьезное значение деятельности группы профессоров – организаторов университета. Одними из главных организаторов «Высшей русской школы общественных наук» в Париже были Илья Ильич Мечников и Максим Ковалевский. Последний в 1887 году был уволен из Московского университета за «отрицательное отношение к русскому государственному строю».
В делах охранки имелась характеристика и второго организатора университета – Мечникова: «Мечников Илья Ильич, бывший профессор Новороссийского университета. В 1882 году демонстративно, в числе других, вышел из состава профессоров названного университета. Выехав затем за границу, он вошел там в сношения с эмигрантами».
В личном деле Ильи Ильича, заведенном в департаменте полиции, есть сведения об одном из эмигрантов, с которым опальный профессор имел связи. В справке значится: «Эмигрант Лазарев сносился с бывшим профессором Мечниковым, которого успел склонить, по предварительному соглашению с лондонскими революционерами, устроить в Париже отделение Лондонского революционного фонда для снабжения денежными средствами эмигрантов, имеющих намерение отправиться в Россию»
В Париже за Мечниковым было установлено негласное наблюдение. Когда же Илья Ильич выезжал в Россию, за ним неотлучно по пятам следовал филер. Мечников приехал в Киев, он, естественно, побывал у своих друзей – профессоров Киевского университета. Немедленно летит шифрованная телеграмма в Петербург о том, с кем встречался Илья Ильич. «Имею честь сообщить вашему превосходительству, что в Киеве был непродолжительное время бывший профессор Илья Ильич Мечников, который отношениями своими более соприкасался с профессорами университета – медиками Подвысоцким и Морозовым, которые представляют людей либерального направления…» Далее следует справка, где жил Мечников, куда и когда уехал. В донесении отмечается, что «учащаяся молодежь и большое число студентов провожали Мечникова», указываются некоторые фамилии.
Илья Ильич прибыл в Петербург. Не успел он выйти из вагона, как за ним увязался некто в гороховом пальто. Петербургский градоначальник приказал: «Установить за деятельностью и сношениями Мечникова бдительное секретное наблюдение, о результатах которого немедленно уведомлять департамент полиции».
Министр внутренних дел Сипягин писал министру иностранных дел Ламздорфу по поводу «Высшей русской школы общественных наук» в Париже, президентом которой был Мечников: «Хотя по существующему законоположению французские власти, быть может, и лишены возможности воспрепятствовать открытию «Свободного русского университета», но, с другой стороны, едва ли можно признать соответственным существование в столице дружественной державы школы, деятельность которой направляется главным образом во вред русскому правительству».
Попытки русского правительства сорвать открытие университета не удались, новое дело продолжало жить. Мечников читал в университете лекции по микробиологии, неизменно собиравшие большое количество слушателей.
В 1902 году Илья Ильич Мечников был избран почетным академиком Российской Академии наук. Это было запоздалое признание его научных заслуг. К этому времени имя Мечникова стало известно всему миру. Его приглашали делать научные доклады во многие страны Европы и Америки. Но Илья Ильич не хотел прерывать ни на один день своей исследовательской работы. Надо было так много сделать, а годы шли так быстро, что не хотелось тратить драгоценное время на поездки и визиты.