Эта неожиданная роль была подготовлена казачеству другой унией, церковной, совершившейся 27 лет спустя после политической. Католическая пропаганда, возобновившаяся с появлением в Литве иезуитов в 1569 г., скоро сломила здесь протестантизм и набросилась на православие. Среди высшей православной иерархии возникла старая мысль о соединении с римской церковью, и на Брестском соборе 1596 г. русское церковное общество распалось на две враждебные части — православную и униатскую.
С начала XVII в. казачество постепенно втягивается в православно-церковную оппозицию. Казацкий гетман Сагайдачный со всем войском Запорожским вписался в киевское православное братство, в 1620 г. через иерусалимского патриарха самовольно, без разрешения своего правительства, восстановил высшую православную иерархию, которая действовала под казацкой защитой.
Так казачество получило знамя, лицевая сторона которого призывала к борьбе за веру и за народ русский, а оборотная — к истреблению или изгнанию панов и шляхты из Украйны. Но это знамя не объединяло всего казачества. Еще в XVI в. среди него началось экономическое раздвоение. Казаки, ютившиеся по пограничным городам и жившие отхожими промыслами в степи, начали оседать на промысловых угодьях, заводить хутора и пашни. Заимка, как обыкновенно бывает при заселении пустых земель, становилась основанием землевладения. Из этих оседлых казаков-землевладельцев преимущественно вербовалось реестровое казачество, получавшее от правительства жалованье.
С течением времени реестровые разделились на территориальные отряды, полки. Начало этого полкового деления относят ко времени гетмана Сагайдачного (умер в 1622 г.), который является вообще организатором малороссийского казачества. В образе действий этого гетмана и вскрылся внутренний разлад, таившийся в самом складе казачества. Сагайдачный хотел резко отделить реестровых казаков, как привилегированное сословие, от простых посполитых крестьян, переходивших в казаки. Шляхтич сам по происхождению, он и на казачество переносил свои шляхетские понятия. При таком отношении борьба казачества с Украйнской шляхтой получала особый характер: ее целью становилось не очищение Украйны от пришлого иноплеменного дворянства, а замещение его своим туземным привилегированным классом; в реестровом казачестве готовилась будущая казацкая шляхта.
Но реестр даже в составе 6 тысяч вбирал в себя не более десятой доли того люда, который причислял себя к казачеству и присвоял казацкие права. Это был вообще народ бедный, бездомный, голота. Значительная часть его проживала в панских и шляхетских вотчинах и в качестве вольных казаков не хотела нести одинаковых с посполитыми крестьянами повинностей. Польские управители и паны не хотели знать вольностей этого народа и старались повернуть вольницу в поспольство. Однако когда польское правительство нуждалось в боевом содействии казаков, оно допускало в казацкое ополчение всех, реестровых и нереестровых, но по миновании надобности вычеркивало, выписывало лишних из реестра. Эти
Восстание Богдана Хмельницкого