После поражения печенегов при Левунионе Чака остался без союзников в Европе[169]
. В 1092 году Иоанн Дука высадился на острове Лесбос и в крепости Митилена осадил турецкий гарнизон, который сдался через три месяца. Затем византийские дромоны при помощи греческого огня сожгли флот сельджуков, стоявший на рейде Смирны. Чака, терпевший поражение за поражением, предпринял попытку взять реванш и весной следующего 1093 года атаковал Абидос на северном побережье Мраморного моря, впрочем, безрезультатно.Сосредоточив все силы против печенегов, а с 1094 года и против вчерашних союзников – половцев, которые теперь поддерживали мятеж самозванца Лже-Диогена, император Алексей понимал, что империя не в состоянии долгое время воевать на два фронта – против кочевников на Балканах и против сельджуков в Малой Азии. Вместе с тем, Алексей прекрасно знал о том, что сельджукская держава во многом благодаря своим размерам и богатствам внутренне раздроблена. Уровень социально-политического развития сельджукских племен не соответствовал тем задачам, которые ставило перед сельджукскими султанами управление столь обширными, экономически и политически развитыми территориями, которые им удалось захватить. Поэтому борьба с сельджуками предполагала в первую очередь борьбу с конкретными тюркскими эмирами и атабеками, дипломатическая изоляция которых представлялась василевсу делом первостепенной важности. Император вступил в переговоры с зятем Чаки султаном Рума Кылыч-Арсланом, женатым на дочери Чаки Айше Хатун. Как повествует Анна, Алексей сумел внушить султану Кылыч-Арслану опасения относительно подлинных замыслов Чаки, который, по словам императора, в действительности готовился поднять восстание и стать султаном Рума, а потому предпринял отвлекающее наступление на Константинополь. В итоге Чака по приказу Кылыч-Арслана был ликвидирован, а его бейлик присоединен к Румскому султанату. Существует версия, которую приводит османист Халил Иналджик, что Чака не был казнен султаном, а погиб в 1095 году при осаде Адрамитиона, однако эта версия, по-видимому, основана на более поздних турецких источниках и не может считаться обоснованной. Чака фигурирует в сельджукском эпосе Данишменд-наме, который датируется серединой XII века, фиксирует сравнительно позднюю эпическую традицию тюркских кочевников Анатолии и не в состоянии конкурировать со сведениями из синхронных источников, которыми пользуется Анна Комнина, современница войны 1090-х годов. В 1097 году византийские войска под командованием Иоанна Дуки освободили Смирну от турок и ликвидировали бывший бейлик Чаки.
По сообщению Анны, император Алексей планировал брак одной из византийских принцесс с Малик Шахом – Великим Сельджукидом, дабы заключить с ним договор. По условиям договора, Малик Шах якобы был готов очистить Анатолию и связать себя с Византией «вечным миром». Сама Анна ставит под сомнения искренность отца в этом вопросе и саму возможность заключения подобного договора с предводителем Сельджукской державы. Как рассказывает Анна, для переговоров с Алексеем о браке Малик Шах отправил некоего «чауша» (посла на сельджукском языке). Этот посол был настолько очарован василевсом, что признался ему в том, что будто бы является грузином по матери, а турок он только по отцу. Алексей, ссылаясь на письмо Малик Шаха с предложением договора между Византией и великим султаном, убедил посла отправиться в Синоп и изгнать оттуда Каратегина – одного из сельджукских атабеков. Этот Каратегин завоевал Синоп, захватил казну и осквернил местный кафедральный собор, чем обрек себя на суровое наказание. Анна пишет, что после осквернения храма Каратегин забился в конвульсиях, изо рта у него полилась горячая пена и он с позором испустил дух. Возможно, этот атабек был впоследствии убит по приказу Малик Шаха за то, что поддался на хитрость Алексея и сдал город ромеям. Посол Малик Шаха очистил от сельджуков город и передал его Алексею, который направил в Синоп Константина Далассина. Так турки, благодаря находчивости Алексея и его умелой дипломатии, потеряли важную понтийскую крепость. Позднее стратиг василевса по имени Феодор Гавра освободил от турок Трапезунд и создал плацдарм, который угрожал Севастии – оплоту Данишменда Гази, сельджукского эмира Каппадокии. Впоследствии в ходе боевых действий против Данишменда Феодор Гавра попал в плен и, как повествует агиографическая традиция, был замучен турками за отказ принять ислам.