Особое внимание было уделено системе образования, так как властям казалось, что гимназии и университеты были рассадниками революционных идей в России. В 1884 г. был опубликован новый университетский устав, вновь отменивший автономию высших учебных заведений. Все кандидатуры преподавателей должны были строго согласовываться с попечителями учебных округов и чиновниками Министерства народного просвещения. Ректор университета, деканы, профессора теперь не избирались, а назначались. Полномочия университетского начальства стали весьма ограниченны. Для поступления в университет от студентов требовалось представить справку о политической благонадежности. Плата за обучение существенно увеличилась, было введено обязательное ношение формы студентами. «Вдохновил» правительство на издание нового устава М. Н. Катков. По его мнению, основной целью университетской реформы было введение государственного экзамена, который у студентов принимали бы не преподававшие у них профессора, а представители других учебных заведений. Это обеспечило бы контроль над учебным процессом. В итоге профессура перестала бы внушать студентам оппозиционные идеи, обращая их в свою веру. Этот план не вполне удался. Примечательно, что против него выступил К. П. Победоносцев, который долго профессорствовал в Москве и хорошо знал университетскую жизнь. Государственный экзамен был действительно учрежден. Председательствовал в экзаменационной комиссии приглашенный из другого университета профессор. Однако все остальные ее члены – преподаватели того учебного заведения, в котором студент и проходил испытание.
Новый университетский устав не привел к успокоению учащихся. На царствования Александра III пришлись заметные студенческие волнения: и в 1887 г., и в 1889 г., и в 1890 г., и в 1891 г. Только за участия в волнениях 1887 г. из Московского университета было исключено 97 человек.
В 1887 г. министром народного просвещения И. Д. Деляновым был издан нашумевший циркуляр о «кухаркиных детях», который рекомендовал директорам гимназий не принимать в учебные заведения детей кучеров, лакеев, прачек, лавочников и т. д., за исключением наиболее одаренных из них. По мнению Делянова, гимназисты, вышедшие из этой среды, неблагоприятно воздействовали на своих одноклассников. Надо подчеркнуть, что это был скорее совет, нежели директива руководству учебных заведений, которые далеко не всегда ему следовали.
Сильное неприятие у ближайших сотрудников Александра III вызывали земские учреждения, не подчинявшиеся губернатору и вместе с тем обладавшие властными полномочиями. Нередко они вступали в конфликт с местной администрацией и далеко не всегда справлялись с возложенными на них обязанностями. На всеподданнейшем отчете олонецкого губернатора за 1887 г. против того параграфа, где говорилось, что земство «строго держится закона и в действиях своих постоянно идет рука об руку с администрацией», Александр III поставил помету: «Утешительное исключение». По мысли К. П. Победоносцева, следовало «изменить нынешний характер земских учреждений, безответственных, отрешенных от центральной администрации и предоставленных всем случайностям выбора».
В Министерстве внутренних дел подготовили проект, предполагавший включение земств в состав губернской администрации. Он встретил жесткую оппозицию в Государственном совете. Д. А. Толстому пришлось отступить. Тем не менее система местного самоуправления была существенно реформирована. Отредактированный проект земской реформы внес новый министр внутренних дел И. Н. Дурново (Толстой в 1889 г. скончался). В 1890 г. было введено новое Земское положение, утверждавшее фактически сословный принцип выборов в земские органы. Вводилось отдельное представительство от дворянства, чего не было в Положении 1864 г. Крестьянство выбирало только кандидатов в гласные, которых утверждал в должности губернатор. Их численность в земских собраниях существенно сократилась. Губернатор теперь мог в значительно большей мере контролировать деятельность земств: отменять их решения, утверждать в должности руководителей органов местного самоуправления. Это преобразование не принесло ожидавшихся результатов. Новое земство стало даже оппозиционнее по отношению к действующей власти. Поместное дворянство, теперь доминировавшее в земских собраниях, не могло быть надежным партнером для правительства. Оно было слишком обижено на петербургскую бюрократию, не очень-то считавшуюся с его интересами еще в ходе крестьянской реформы 1861 г. К тому же жесткие правовые рамки, установленные для земства, провоцировали новые конфликты органов местного самоуправления с губернской администрацией.