Бестужев отвечал, что милости у Екатерины не искал, что с ведения ее императорского величества вскрывал письма великой княгини, потому что она была предана королю Прусскому, Швеции и Франции, но с год назад или с полторы переменила совсем свое мнение и возненавидела короля Прусского и шведов. А потому он, канцлер, побуждал ее высочество, чтобы она и великого князя в такое новое мнение привела. Об этом «великая княгиня трудилася, но сколько ему сказывала, что труды ее разрушаются, присовокупляя этому немецкую пословицу: “Что я строю, другие разрушают”». А разрушители главные – состоящие при великом князе подполковник Браун и обер-камергер Брокдорф.
Далее последовал вопрос по поводу реальной улики – тайной, найденной в кирпичах записки: «Советуешь ты великой княгине поступать смело и бодро с твердостию, присовокупляя, что подозрениями ничего доказать не можно. Нельзя тебе не признаться, что сии последние слова особенно весьма много значат и великой важности суть, итак чистосердечное оных изъяснение паче всего потребно».
Ответ Бестужева: «Великой княгине поступать смело и бодро с твердостию я советовал, но только для того, что письма ее к фельдмаршалу Апраксину ничего предосудительного в себе не содержат». Здесь Яковлев задал совсем простой вопрос: «Через кого ты узнал, что великая княгиня переменила мысли? Каким образом тебе так много открылось, что именовала тех, кто мешает великому князю переменить мнение?» Наверное, Бестужеву хотелось ответить – мол, у нее самой и спросите, но сдержался, не надо впутывать сюда лишних людей, потому ответил просто: «Узнал у нее самой».
Комиссию очень интересовали конференции (то есть тайные встречи) подследственного со Штамке и Понятовским: «Какие ты на тех конференциях планы измышлял?» Конечно, Волков, да и сам Александр Шувалов, знали о предполагаемой смене наследника, идеи эти носились в воздухе. И понятно, что канцлер должен был приложить к этому руку. Но доказательств не было, была только надежда, что проговорится ненароком. Но Бестужев все отрицал: какие еще тайные встречи? Все явно, все на глазах. А что выхлопотал для Штамбке орден польского Белого орла, так о том его просил Понятовский, а что к Понятовскому хорошо относился, так должен быть хоть кто-то из иностранных посольств, кто ему, канцлеру, верен в этом враждебном лагере. Об интригах против себя графа Эстергази и маркиза Лопиталя отвечал подробно и с удовольствием, этих врагов ему не надо было щадить.
Больше всего императрицу злила неискренность Бестужева. По ее указу вновь и вновь возвращались к записке Бестужева, найденной в кирпичах. Против кого «поступать смело и бодро с твердостию», объясни, чего «подозрением доказать неможно». Бестужев терпеливо объяснял, что дело затеяно по необоснованным подозрениям, которыми ничего доказать нельзя, а великой княгине он советовал сохранять бодрость для избежания подозрений, а не против кого-либо конкретно. Иногда кажется, что не перехвати следствие этой записки у «трубача-охотника», то ему просто нечего было бы предъявить арестованному канцлеру.
Через четыре года, когда Екатерина II была на троне, Бестужев просматривал старые опросные листы по своему делу и даже оставил пометки на полях. Но историки предполагают, что не сам Бестужев уничтожил некоторые следственные материалы. Скорее всего, ненавидящий канцлера Волков просто не записывал часть его оправдательных ответов в опросные листы, а может, просто уничтожил их.
Допросов было много, ответов было много, иногда совершенно непонятных и незначительных: про купленный у Салтыкова дом в Гамбурге, про какие-то закладные, про долги, про сношения с гетманом Разумовским. После существенных вопросов с Бестужева требовали присяги: «На сие имеешь ты объявить сущую правду, так как тебе пред Всемогущим Богом на страшном и праведном суде стоять и приобщаться Святого Таинства тела Его и крови?» Бестужев с готовностью соглашался: «Я показал сущую правду и ни в чем не утаил, в чем утверждаюсь присягаю и Святым Таинством тела Его и крови».