Все это не случайно и совпадает с реорганизацией Сената в 1763 г. по проекту Н. И. Панина. Запущенный в предыдущие царствования, теперь он увеличивался и разделялся на шесть департаментов. 2-й департамент стал ведать судами, следственными делами, генеральным межеванием земель; 3-й – управлением окраинами, куда входили Белоруссия, Прибалтика и Украина, Выборгская губерния; дела по Академии наук, университету, медицине и Академии художеств; по каналам, портам, полиции, канцелярии строений и др.; 4-й – военно-морскими и сухопутными делами, кадетскими корпусами; Новой Сербией (в составе Новороссии); артиллерией и вооружениями; 5-й – в Москве отправление государственных текущих дел, центральными и местными учреждениями; 6-й стал действовать как апелляционный суд первой инстанции. То есть в Сенате отныне сосредотачивались важные функции по отраслевому управлению государством, изымаемому из коллегий. И это, разумеется, суживало значение Сената петровского образца, хотя формально Екатерина любила подчеркнуть, что развивает петровское законодательство.
Генерал-прокурор в первые годы после реорганизации оставался в 1-м департаменте, где сосредотачивались важнейшие дела государственного управления: о ревизиях душ податного населения, о финансах, о доходах и расходах, дела по герольдии, Синоду и важнейшим коллегиям, магистратам, по банковским конторам для дворянства и купечества; иностранные пограничные дела; по Канцелярии конфискации; Секретной и Тайной экспедициям; берг-заводам и т. д.
Разделение на департаменты Сената усилило власть генерал-прокурора. Теперь он стал руководить целой коллегией обер-прокуроров, состоявших при каждом департаменте. Генерал-прокурор становился основным докладчиком от Сената перед императрицей. Он объявлял в Общем собрании Сената все высочайшие повеления и каждую неделю представлял Екатерине.
Екатерина II, вступив на престол, не проявила открытой враждебности к Петру III. Причина в том, что многие начинания бывшего супруга вошли в число приоритетов самой Екатерины. Кроме одного – ликвидация Петром III Канцелярии тайных и розыскных дел, с 1731 г. ставшей преемницей наводившей ужас Тайной канцелярии, учрежденной в 1718 г. и имевшей те же задачи, что и петровский Преображенский приказ во главе с князем И. Ф. Ромодановским, но подчинявшейся непосредственно царю, который нередко присутствовал при допросах и пытках политических преступников. Располагалась Тайная канцелярия в Петропавловской крепости в Петербурге и в Константино-Еленинской башне Московского Кремля (рядом со Спасской башней на Васильевском спуске). В ее ведении находилось в том числе и дело царевича Алексея Петровича. После роспуска Тайной канцелярии в 1726 году она возобновила работу уже как Канцелярия тайных и розыскных дел в 1731 г. под руководством А. И. Ушакова. К компетенции канцелярии отнесено следствие по преступлению «первых двух пунктов» государственных преступлений (они означали «Слово и дело государево». 1-й пункт определял, «ежели кто каким измышлениям учнет мыслить на императорское здоровье злое дело или персону и честь злыми и вредительными словами поносить», а 2-й говорил «о бунте и измене»). Главным орудием следствия были пытки и допросы с пристрастием. Упразднена манифестом императора Петра III 1762 г., одновременно запрещен «Слово и дело государево».
Тайная экспедиция
Став царицей, Екатерина тихо, без указа, восстановила систему политического сыска. Преемником Тайной канцелярии стала Тайная экспедиция при Сенате – центральное государственное учреждение в Российской империи и высший орган политического надзора и розыска (1762–1801). Формально учреждение возглавлял генерал-прокурор Сената, однако фактически всеми делами ведал обер-секретарь С. И. Шешковский. Тайная экспедиция занималась расследованием заговора В. Мировича, осуществляла уголовное преследование А. Н. Радищева, курировала суд над Е. И. Пугачёвым. Пытки, запрещенные при Петре III, вновь вошли в широкое употребление. После воцарения Александра I функции Тайной экспедиции были перераспределены между первым и пятым сенатскими департаментами.