Фердинанд просто потерял голову от любви и мысленно поблагодарил Бога, что до сих пор давал ему силы сопротивляться против навязываемых отцом кандидаток в жены. Наверняка влюбленные провели много бессонных ночей в тревожных мыслях о том, как им быть дальше со своими чувствами. Немыслимо было представить, чтобы габсбургский эрцгерцог, сын императора Священной Римской империи получил разрешение на брак с простолюдинкой, ведь несмотря на несметные богатства семья Филиппины была недворянского происхождения. Конечно, влюбленные прекрасно осознавали всю сложность ситуации. И все же Фердинанд не мог отказаться от девушки, а сделать ее просто своей любовницей ему не позволяли честь и совесть. Он прекрасно знал, чем лично он рисковал. Но его избранница подвергалась еще большему риску. Многим была известна печальная судьба Агнес Бернауэр, которая жила столетием раньше. В нее, тоже простолюдинку из Аугсбурга, влюбился Альбрехт, наследник баварского престола из династии Виттельсбахов и тайно обвенчался с ней. Отец-герцог почувствовал опасность для династии и, выбрав удобный момент, когда сына не было дома, приказал утопить Агнес в Дунае как ведьму, приворожившую сына. Есть только одна возможность — повенчаться. Тетка Катарина была посвящена в рискованный план влюбленных и вызвалась найти священника, согласного обвенчать пару по католическому обряду. Священника, который сжалился над влюбленными, звали Йоганн фон Кавалери. Венчание произошло морозной январской ночью 1557 года в часовне замка Брежнице в присутствии нескольких самых близких друзей, посвященных в тайну влюбленных.
Не было ликующего песнопения, венценосных гостей в золоченых одеждах, украшенного цветами свадебного кортежа. Но несмотря на это заключенный в эту ночь брак оказался одним из самых счастливых союзов в истории династии Габсбургов.
Венчание не решило все проблемы. Филиппина и Фердинанд по-прежнему не могли показываться на людях вместе, как подобает мужу и жене. Они наслаждались своим счастьем украдкой. Каждый вечер Фердинанд тайком прокрадывался в спальню жены, опасаясь посторонних глаз.
Но эту тайну невозможно было долго скрывать. Многим стало казаться подозрительным, что Филиппина подолгу живет у тетки, а Фердинанд последнее время что-то зачастил в Брежнице. Они часто прогуливались вместе в парке, при этом Филиппину ради приличия сопровождала тетка.
Ситуация стала еще более осложняться, когда выяснилось, что Филиппина ждет ребенка. В моде были платья с завышенной талией, которые скрывали округлившийся живот, и долгое время никто не замечал ее «интересного» положения. В ночь святого Вита в 1558 году появился на свет первый сын супругов — Андреас. Роды принимали тетка Катарина, ее старшая дочь, а также заранее найденная кормилица Анна Эбезам. Роды были тяжелые и продолжительные, женщины давали Филиппине травяные отвары и молились Деве Марии, чтобы она помогла роженице благополучно разрешиться от бремени… Их тревоги были обоснованны — у Филиппины с юности было слабое здоровье. По заранее придуманному хитроумному плану новорожденное дитя положили у ворот замка, а ничего не подозревающий привратник нашел «подкидыша» и принес его хозяйке замка. Филиппина «вызвалась» воспитывать «подкидыша» как родного сына. Этим самым она получила возможность растить своего ребенка сама, не бросив при этом тень на свой моральный облик.
Внук императора Священной Римской империи — подкидыш! Эту тайну невозможно было долго скрывать и вскоре до двора отца — императора Фердинанда I (который недавно принял корону от своего брата Карла) в Праге дошли слухи, что его средний сын сожительствует с девицей Вельзер и, возможно, тайно женат на ней.
Сейчас трудно установить, в какой именно момент отец узнал о браке сына. Но известно, что у императора из всех его сыновей самые лучшие отношения были именно с Фердинандом. Вполне возможно, что сын сам доверил отцу свою тайну. Теоретически во власти отца было добиться у Ватикана расторжения этого брака, но он этого не сделал. И хотя он не признал брак любимого сына официально, но он разрешил ему оставаться в тайном браке с Филиппиной и взял клятву молчания у всех, кто был посвящен в эту тайну. Дети от брака Фердинанда и Филиппины не имели права претендовать на престол, за исключением случая, если всем остальным ветвям династии Габсбургов будет грозить вымирание. Вскоре у Филиппины рождается второй сын — Карл, и его тоже «подбрасывают» к воротам замка, чтобы его собственная мать могла его «усыновить» и растить как своего.
В 1561 году император подписал тайный указ, оговаривающий финансовую ситуацию Филиппины и детей. Сыновьям из казны ежегодно выделялось 30 тысяч гульденов, их матери также причиталась сумма, позволяющая вести безбедный образ жизни.
В 1562 году у Филиппины рождаются близнецы Мария и Филипп, которые умирают вскоре после рождения. И тот факт, что император приказал тайно похоронить покойных внуков в императорском склепе в Праге, явно говорит о том, что он принял брак сына, по крайней, мере сердцем.