Вообще-то с учетом реалий XVI века Фердинанд и Филиппина добились максимально благоприятного решения своей проблемы. Но они надеялись также на личное примирение с отцом. Кто знает, возможно, что так бы оно и случилось, если бы император скоропостижно не скончался. Но нельзя утверждать это наверняка — слишком консервативны были законы того времени, где каждое сословие знало свое место, слишком непоколебимы были моральные устои монархии. Супругам «повезло», что Фердинанд не был старшим сыном и наследником престола, иначе неизвестно, чем обернулось бы их тайное венчание.
Филиппине не было суждено познакомиться лично ни со своим свекром, ни с братьями мужа. Круг ее общения составляли в основном богемские и немецкие дворяне. Хотя Филиппина никогда лично не встречалась со свекром, но история ее любви не переставала вдохновлять художников разных столетий.
Вступивший в 1564 году на трон после смерти отца старший брат Максимилиан поручил Фердинанду управление провинцией Тироль. Фердинанд с радостью воспринял известие о переезде в Инсбрук — город, где прошло его счастливое детство, но пришлось немного переждать — в Тироле и приграничных областях свирепствовала чума. Прибыв в Тироль, Фердинанд первым делом принялся искать подходящее жилье для жены и детей — брак все еще был тайной для широкой общественности, и семья не могла жить вместе с ним в официальной резиденции в Инсбруке. Он был несказанно рад подвернувшейся счастливой случайности, приобретя замок Амбрас близ Инсбрука, и сразу подарил его жене. Для Фердинанда было важно обеспечить будущее жены и сделать ее финансово независимой — на случай, если с ним что-то случится. Замок был отремонтирован и обставлен по вкусу Филиппины. Денег на это эрцгерцог не жалел, пригласил самых известных мастеров, покупал лучшие произведения искусств.
В парке замка можно было увидеть редкие цветы, экзотических животных и птиц, лабиринты из кустов. Специально проложенная система труб снабжала парковые фонтаны водой с гор.
В саду был разбиты грядки с травами, которые Филиппина выращивала для приготовления лечебных снадобий. В личных покоях супругов была оборудована отдельная кухня, чтобы хозяйка иногда могла баловать мужа собственноручно приготовленными лакомствами. Население Тироля сначала настороженно отнеслось к «любовнице» эрцгерцога, и многие местные дворяне воздерживались от знакомства с ней. И хотя Фердинанд продолжал придерживаться уговора с отцом и не появлялся с женой на людях, тем не менее вскоре всем в Тироле стало ясно, какое влияние на их правителя имеет красавица Филиппина. Слава о гостеприимстве и красоте хозяйки замка Амбрас разнеслась далеко за пределы Тироля. Герцог Альфонсо из Феррары поблагодарил пару за гостеприимство охотничьими собаками. Двор в Мюнхене также находил хозяйку приятной и достойной общения. А Папа Римский Григорий XIII — расширил личному священнику Филиппины полномочия при отпущении грехов и послал ей освященные лично им четки (розарий) и крест — и это еще до признания Ватиканом ее брака с эрцгерцогом. Родные сестры Фердинанда Магдалена, Маргарита и Хелена, монахини из соседнего монастыря в Халле, были частыми гостями у невестки в замке Амбрас.
Филиппина занималась благотворительностью, заботилась о бедных и не считала зазорным посещать хижины бедняков. Каждой своей служанке она дарила к свадьбе дорогое платье.
Просители часто обращались напрямую к Филиппине, зная, что если она замолвит слово, то эрцгерцог наверняка не сможет отказать жене. Письма к ней часто начинались словами: «Светлейшая и высокородная княгиня (или эрцгерцогиня) Филиппина Австрийская…» (хотя у нее был «лишь» титул маркграфини фон Бургау, выхлопотанный Фердинандом).
Фердинанд ни в чем не отказывал жене, он осыпал ее подарками и выделял средства на ее благотворительные замыслы. У него были на это все причины: она была внимательной женой, любящей матерью и умелой хозяйкой. Замок Амбрас был для эрцгерцога местом, где он охотно проводил все свободное время и черпал жизненную энергию. Для себя он оборудовал в замке мастерскую, где учился у столяра, кузнеца и стеклодува их мастерству и изготавливал различные предметы.
После рождения близнецов и без того слабое здоровье Филиппины ухудшилось. Боли и тошнота преследовали ее до конца жизни. Наверное, именно состояние собственного здоровья и вызвало ее интерес к лечебным травам и врачеванию.
В замке была оборудована аптека, где Филиппина могла проводить опыты по смешиванию трав и эссенций, приготовлению мазей, микстур и снадобий. Она изучала существовавшую тогда литературу по фармакологии, медицине и ботанике. Она снабжала снадобьями членов своей семьи, окрестных жителей, османских пленных, а также одного «московита» (пленника? купца?).