Чешский сейм охотно выделял средства для ремонта Града, который вскоре начинает сиять первозданной красотой. И Рудольф правит отсюда чешским и венгерским королевством и Римской империей. По свидетельствам современников, Рудольф произвел в Праге хорошее впечатление. Его описывают как симпатичного мужчину среднего роста, с ухоженным лицом, приятного в обращении. Особенно подчеркивают его приветливость.
Англичанин Эванс, написавший монографию о Рудольфе II, утверждает, что мир знает трех Рудольфов. Первого — слабого правителя, который начал править по старой славной традиции, но после неудач в своей внутренней и внешней политике оказался пленником в собственном Граде. Второго — щедрого мецената, покровителя наук и искусств, художников и ученых. Художественные сокровища, собранные в Пражском Граде, не имели себе равных в тот период, когда коллекционирование было модой и страстью всех, кто мог себе это позволить. (Здесь необходимо сделать замечание о том, каким на самом деле было «щедрое меценатство» Рудольфа, в частности, в отношении Тихо Браге и Кеплера. Первому он пообещал 3000 дукатов в год, второму 1500 дукатов, что в то время являлось большой щедростью. Но пообещав, Рудольф уже не взял на себя труд проследить, получают ли оба астронома положенное жалованье, а они его не получали.) И, наконец, третий Рудольф, как утверждает Эванс, был иным, менее приятным. Таинственный, весь во власти оккультных наук, одурачиваемый мошенниками, проходимцами, такими, как, например, Келли, занимавшийся каббалистикой, герметизмом и другими подобными суевериями. Его навязчивые идеи граничили с помешательством. Каким был Рудольф II в действительности? Скорее всего, он представлял собой комбинацию из всех трех, описанных английским исследователем Рудольфов.
Через несколько лет после вступления на императорский трон Рудольф II серьезно заболел. С этого времени его физические и душевные недуги переплетаются в трагический клубок, в котором почти невозможно разобрать, что было причиной, а что — следствием. Очевидно, сыграла свою роль как генетика (прабабкой Рудольфа была безумная испанская королева Хуана), так и внешние обстоятельства — в частности, напряженные отношения с родственниками из младшей, штирийской ветви рода Габсбургов, имевшей большое влияние в Вене. Вероятно, это и послужило одной из причин переезда Рудольфа II и его двора в Прагу.
История правления Рудольфа — это, во многом, история его болезней. После болезни он сделался нелюдимым и замкнутым, стал тяготиться собраниями и приемами, перестал появляться на охотах, турнирах и праздниках. С годами в нем развилась мания преследования — панический страх перед ядом и порчей. Меланхолия порой сменялась буйными припадками бешенства, когда император вскакивал с места и принимался крушить мебель, статуи, часы, рвать картины и бить дорогие вазы. Его психическое состояние резко ухудшилось, он стал еще более мрачным, подозрительным, меланхоличным и склонным к неконтролируемым вспышкам гнева: «Людям, окружавшим императора, казались ненормальными многие его реакции, но его врачи колебались с диагнозом. Даже если они и понимали, что Рудольф страдает серьезным психическим расстройством, то не отваживались ясно сформулировать свою точку зрения. Между тем вспышки ярости, сменявшиеся периодами апатии и депрессии, все более ухудшали состояние императора».
Психическое состояние Рудольфа II сказалось как на ведении государственных дел, так и на личной жизни императора. Он выгнал своих гофместеров Траутзона и Румпфа, приблизив к себе людей совсем иного сорта — своего камердинера Филиппа Ланга, простого слугу Иеронима Маховского и даже некоего истопника. Вряд ли тут можно говорить о каком-то демократизме императора — скорее он просто окружил себя людьми, которые бессовестно льстили ему, потакали его прихотям и не досаждали повседневными делами, к которым Рудольф питал всё большее отвращение.
Вялый, апатичный человек, не любивший разбирать религиозные распри, далекий от государственного управления, он больше интересовался внеземными делами — астрологией. Свою императорскую корону, сделанную для него в 1602 году уже после восшествия на престол в 1576 году, он практически не надевал. Такой она и сохранилась — по прямому назначению неиспользованной.