Одной из любимых причуд Рудольфа, помимо коллекционирования, была огранка и полировка драгоценных камней, а также вырезание камей. Гранильщики драгоценных камней и ювелиры, по приказу императора отправлявшиеся в Ризенгебирге и прочие области, привозили с собой агаты, яшму и другие полудрагоценные камни, которые Рудольф искусно гранил и полировал, чтобы открыть их истинную красоту и блеск. Известно, что он лично изготовил маленький столик, собрав его из кусочков камней. Эта вещь стоила больше тысячи дукатов, ее называли одним из чудес света. Император нанимал множество мастеров, сведущих в деле огранки, и все они в любое время имели доступ в его кабинет, в то время как иностранные послы других дворов Европы и Азии, министры и представители крупных городов часто проводили, как мы помним, дни и недели в ожидании краткой и сухой аудиенции. Рудольф предпочитал проводить долгие часы за токарным станком и вглядываться в мерцание камней, нежели выслушивать разглагольствования своих советников по религиозным и политическим вопросам, приносившим империи неисчислимые бедствия.
Минералогии как науки в то время не существовало, и знания людей ограничивались методами добычи руды и извлечения из нее необходимых компонентов. Неудивительно, что Рудольф очень высоко ценил камни, на поверхности которых были ясно видны некие отпечатки, напоминавшие естественные объекты, такие как облака, болота, реки, города, животные, буквы алфавита, растения и даже лики святых. За подобные образцы, за магниты, которые называли «громовыми камнями», а также за камни, которые, как тогда считалось, могли сами собой расти, лежа на полках в кабинете, император платил цену, которая зачастую была больше цены великолепных изумрудов, сапфиров, опалов, топазов, жемчуга и бриллиантов, составлявших действительную роскошь его коллекции. Среди ценных диковинок был череп, вырезанный из желтого агата, и кувшин из хрусталя, купленный за восемь тысяч талеров, и чаша из того же прозрачного материала, оцененная в двенадцать тысяч талеров и до сих пор хранящаяся в королевском музее Вены.
Часто скупой в отношении дел государственных, не всегда готовый выделить деньги на первостепенные нужды своего народа, Рудольф всегда находил средства на покупку вещиц, обнаруженных Страдой и его агентами. Из королевской казны, а фактически из карманов вконец обнищавших граждан, с завидной частотой изымались огромные средства, формально предназначавшиеся на покрытие расходов на войну с турками. Возможно, и впрямь нельзя обвинять императора в том, что он тратил все эти деньги на свои увлечения. К сожалению, этот человек был слишком доверчив и душевно слаб, и многочисленные лжецы и шарлатаны обманом выманивали у него львиную долю средств.
Но все это делалось только с одной и высокой целью — воссоздать Универсум. Коллекция делилась на «naturalia» — природные экспонаты, «artificialia» — артефакты, «scientifica» — научные приборы и инструменты. При дворе создавали и живые коллекции. На Пражском Граде были разбиты оранжереи, сады с редкостными растениями. Рудольф также стал обладателем красивейших райских птиц синего цвета, которые впоследствии получили его имя — «Paradisaes Rudolphi». Минералы, руды, драгоценные камни поражали своим многообразием. За всем этим для рудольфинцев стояло многообразие мира, жизнь которого переплетена с жизнью человека. При дворе господствовал знаменитый принцип герметизма, изложенный в Изумрудной скрижали: «Все, что есть наверху, есть и внизу. Все, что есть внизу, есть наверху. И все это для того, чтобы явлена была тайна Единства».
В коллекциях Рудольфа явно виден квалифицированный отбор, этим они значительно отличались от обычных в то время собраний предметов искусства. Император проявил свой действительно тонкий вкус уже в том, что он с таким рвением собирал произведения старого искусства (прежде всего Дюрера), а также и в том, что из художников, более близких к нему по возрасту, он призвал к своему двору настоящих мастеров. Нужно сказать, что встречаются и прямо противоположные оценки деятельности Рудольфа как коллекционера и покровителя искусств.
Некоторые исследователи считают, что Меценат Богемии, как часто называли Рудольфа, проявлял только экстравагантность и капризность. Он тратил на коллекции огромные средства, однако в этом коллекционировании не было никакой цели, системы: он собирал великолепные образцы творчества художников и скульпторов, исторические экспонаты, всевозможные древности и складывал их в комнатах замка, никак не пытаясь их рассортировать, и они в беспорядке накапливались в коридорах и огромных залах его дворца.