После создания русского централизованного государства Россия приступает к покорению мусульманских народов Волги, Сибири, Средней Азии и Кавказа. Это оказалось далеко не легким делом и поэтому сам процесс покорения народов этих районов продолжался довольно долго. Тут противостояли друг другу не только два мира (Европа и Азия), но и две религии (христианство и ислам). Обе стороны старались придать войне национально-религиозный характер — наступающие русские воевали под знаменем православия, а обороняющиеся мусульмане начали «Священную войну» («Газават» под зеленым знаменем ислама). Все без исключения мусульманские народы оказывали России длительное вооруженное сопротивление. Еще при Иване IV были покорены Казанское (1552 г.) и Астраханское (1556 г.) ханства. При Екатерине II было покорено Крымское ханство (1772 г.). Покорение кавказских народов началось и завершилось в XIX веке — в 1813 г. был взят Азербайджан (после войны с Персией), в 1859 г. были взяты Дагестан и Чечня, в 1864 г. — Черкессия. Во второй половине XIX века началось покорение мусульманских народов Средней Азии. По отношению к ранее покоренным татарам и башкирам правительство держалось политики насильственного крещения. После ряда татарских и башкирских восстаний, а также после известного пугачевского восстания, в котором участвовало много башкир, было решено признать политику насильственного обращения мусульман в православие ошибочной. Екатерина II легализовала ислам и признала его законной религией ее татаро-башкирских подданных. При Александре II в 1872 г. в Закавказье, в 1878 г. в Оренбурге, потом в Уфе были созданы «Духовные собрания по заведыванию лицами Магометанской веры». Такое же духовное управление существовало с 1831 г. в Крыму. Их главы — муфтии — назначались министерством внутренних дел и им оплачивались. В недавно завоеванных странах — в Средней Азии и на Северном Кавказе — духовных управлений не было. Там военное начальство — генерал-губернаторы — сами непосредственно ведали и духовными делами. Началось печатание мусульманской духовной литературы (Коран печатался в Казани). Открылись новые средние и высшие духовные школы — медресе. В одном Узбекистане было до революции свыше 400 медресе, а мактабы (сельские духовные школы) были в каждом кишлаке (И. М. Муминов. Избранные труды. Т. 2, Ташкент, стр. 37). В России был издан Коран и на русском языке. Первый перевод Корана на русский язык был сделан по приказу Петра I. Коран был переведен первым доктором философских наук в России — П. В. Постниковым. Этот перевод вышел в Петербурге в 1716 г. под названием «Алкоран о Магомете и закон турецкий». Имеются и позднейшие переводы — 1879 г. (Казань), 1880 г. (Москва) и перевод Крачковского в советское время — 1963 г. (Москва).
Дореволюционное мусульманское духовенство русской империи выступало не только как высшее моральное руководство живущих в ней мусульманских народов, но оно представляло собою одновременно и организованную национально-политическую силу, с которой считалось правительство. Оно было также и экономической силой — мусульманские учреждения владели вакфами — движимым и недвижимым имуществом, завещанным в пользу мечетей. Вакфы располагали благотворительными учреждениями (госпитали, приюты для стариков, вдов, сирот). В их распоряжении имелись также земли, которые безвозмездно обрабатывались верующими.
Величайшая заслуга мусульманского духовенства Российской Империи перед историей своих народов заключалась в том, что оно внесло в сознание своих единоверцев новое понятие —
Положение мусульманского духовенства и степень власти шариатской юрисдикции в различных районах, как уже вскользь упоминалось, были различны. В Средней Азии были сохранены поставленные под власть России Бухарское и Хивинское ханства с полной внутренней автономией, повторяю, несравненно большей, чем ее имеют нынешние «союзные республики» в Средней Азии. Бухарский эмир, например, по традиции халифатов, был одновременно верховным светским и духовным правителем, который управлял по исламу, издавал административные акты, но не издавал законов, ибо все законы уже изложены в шариате. Выступая толкователем этих законов высшее духовенство оказывало влияние на эмира, иногда заставляя его даже отменять уже изданные акты. Первым после эмира лицом государства был шейх уль-ислам («глава ислама»), которому принадлежали функции интерпретатора шариата, вторым лицом был кази-калон («судья судей»). Менее значительно было влияние духовенства в районах, непосредственно присоединенных к Российской Империи — в Туркестанском генерал-губернаторстве и генерал-губернаторствах Кавказского наместничества.