Что касается Бабура, то он, беспрепятственно преодолев путь до Бухары, вступил во вторую столицу Мавераннахра. В благодарность шаху Исмаилу Бабур устроил пиры в честь персидского воинского корпуса. Очевидно, поражение узбеков, общее народное восстание населения против них и бегство кочевников в Туркестан вскружило голову молодому победителю, и он предался увеселениям. Хроники того времени отмечают, что «Бабур-мирза хотя и занял значительную часть Мавераннахра, но по беспечности и легкомыслию он сам и его войско только и делали, что занимались веселым времяпровождением и всякими излишествами чувственного порядка. Не считая для себя греховным делом питье вина, Бабур-мирза, повторяя: „Я завоевал эти области!“ – занялся пьянством и не только он со своими беками и свитскими, но и все его рядовые военные, предаваясь удовольствиям и безделью, избрали своим девизом бесстыдные повадки Лотова народа». Тем не менее, Бабур решил выступить походом на Самарканд, имея при себе армию свыше 70 тыс. кавалерии состоявшую из чагатайцев, моголов, туркменов, бадахшанцев и др. Очевидец, сопровождавший Бабура в этой кампании, так описывает шествие армии по городам Мавераннахра: «Население городов Мавераннахра из числа, как великих людей, так и простонародья, – все они стали радостными и счастливыми от прибытия в страну государя. Когда же Бабур достиг окрестностей Самарканда, то все население, великие люди, ученые, ремесленники и весь простой народ с наивозможной быстротой выступили ему навстречу и с восторгом приветствовали его прибытие. В городе с не меньшим подъемом готовились к торжественной встрече победителя над жестокими кочевниками: все ряды огромных базаров древнего города, все лавки и улицы на его пути украсили дорогими шелковыми тканями и парчой, развесили портреты Бабура». В начале октября 1511 г. Бабур «въехал в город с таким величием и пышностью, какие человеческий глаз никогда не видел, и в таком убранстве, о котором ничье ухо не слышало. Ангелы и херувимы встречали его восклицаниями: „Войдите с миром и безопасностью!“ А народ приветствовал его славословием: „Хвала Аллаху, господу миров!“» Однако блюстителям строго суннитского правоверия, духовенству и шейхам, несомненно, претила мысль, что Бабур может связать себя союзом с шиитами. Безусловно, это настроение передавалось народу и те, в свою очередь, надеялись, что такой противоестественный союз – явление временное, вызванное чрезвычайными обстоятельствами борьбы с поработителями-узбеками, что как только цель будет достигнута и иго кочевников будет сброшено, то всякая связь с «нечистыми шиитами» прервется.
Мирза-Хайдар, двоюродный брат Бабура, с почтением описывающий его деяния в своих мемуарах, в вопросе о связи султана с шиитами занимал непримиримую позицию: «Население просило Аллаха и надеялось, что раз по необходимости пришлось переодеться в одежду кызылбашей, то как только совершится восшествие государя на престол Самарканда, укрепленный пророческим шариатом, и он возложит на голову венец сунны Избранного (т. е. Мухаммеда), то государь, сбросив с головы шахскую корону, особенностью которой является ересь, а внешней формой – ослиный уд, отправит ее в задницу шиитской партии, поскольку последняя увенчала себя ею по своей ослиной природе».
Но как велико было разочарование самаркандцев, когда в ближайшую пятницу в соборной мечети столицы была прочитана хутба с провозглашением Бабура падишахом, но с упоминанием двенадцати шиитских имамов и с провозглашением титулов шаха Исмаила I. Пошли толки и пересуды совершенно не в пользу Бабура. Ко всему этому приходилось сносить высокомерие и грубость персов, союзников нынешнего падишаха. Никто и думать не мог, что столь желанный государь мог стать шиитом и клевретом шаха Исмаила. Отсюда, пожалуй, недалеко до того, что шиитская ересь будет объявлена венценосным сюзереном Бабура господствующей религией и начнется такое же жестокое преследование правоверных суннитов, какое столь недавно было в Иране, о чем осведомили население Мавераннахра многочисленные эмигранты-сунниты, спасавшиеся здесь от ярого фанатизма шиитов. С другой стороны, по-видимому, беспечность и более чем легкомысленный образ жизни почившего на лаврах Бабура также не вызывали восторгов населения.
Не последнюю роль играло и то обстоятельство, что в Самарканде в это время находились люди, сожалеющие о времени правления узбеков и предпочитающие их возвращение установлению власти Бабура в союзе с шиитами. Кстати, к таким людям относился и Рузбехан, оставшийся в Самарканде: «Мечети ислама, бывшие убежищем молитв правоверных суннитов, они (шииты) превратили в объекты распространения мерзостей отрицания правоверия и гадостей, чем в места молитвенных обрядов и покорности Аллаху. И если, – не дай бог! – разгорится искра огня их соблазна и упрочится их неустойчивое господство в этих областях, то близко будет к тому, что от проявлений истинной веры не останется никакого следа, а от ислама – ни одной с ним страны».