Западный Пакистан ввел войска в Восточный и жестоко подавил Народную лигу. Пенджабские части пакистанской армии терроризировали население, превратив страну в арену массовых убийств, поджогов и насилия. Очень быстро в Восточном Пакистане началась гражданская война, и в Индию хлынул поток отчаявшихся и напуганных беженцев. Они приносили с собой свидетельства ужасающих зверств, учиненных пакистанскими военными, и эти факты начали доходить до международной общественности. К декабрю 1970 года 9 774 140 беженцев перешли границу Индии. Обеспечение их пищей, кровом и медицинской помощью легло тяжелым бременем на экономику Индии, где все чаще раздавались призывы к активным действиям. Очень скоро Индира Ганди оказалась под сильнейшим давлением, но в тот момент ей удалось удержать страну от вмешательства в конфликт. С присущими ей умом и даром предвидения она сначала заручилась поддержкой Советского Союза — в августе 1971 года Индия подписала двусторонний договор о мире, дружбе и сотрудничестве с СССР. Это подтвердило, что за спиной Индии стоит могущественная сила; учитывая, что Пакистан поддерживали США и Китай, это было мудрое решение. Заручившись поддержкой Советского Союза, Ганди ждала только решения международного сообщества, чтобы выступить против Пакистана.
Но 3 декабря 1971 года военно-воздушные силы Пакистана атаковали восемь индийских военных аэродромов. Эта новость застигла Ганди в Калькутте, откуда она тотчас же вернулась в Дели на военном самолете, охранявшимся эскадрильей истребителей. Немедленно была объявлена война, и индийские войска ударили по Пакистану и Бенгалии. Сдерживая войска Пакистана на западе, на востоке индийцы быстро захватили Восточный Пакистан. Видя такое унижение своего союзника, США и Китай пригрозили вмешаться в ход событий. Государственный секретарь США Генри Киссинджер отправил Седьмой американский флот в Бенгальский залив для устрашения Индии. Тут-то и сыграла свою роль стратегия Ганди: угроза ответного вмешательства СССР заставила обе страны изменить свои планы. Индийские войска сомкнулись вокруг Дакки, столицы Восточного Пакистана, и 15 декабря 1971 года пакистанские войска в Бенгалии капитулировали. На западном фронте, в Кашмире и Пенджабе, события также складывались в пользу Индии. От Ганди требовали довести войну до конца и покончить с Пакистаном.
Проявив удивительное самообладание и силу характера, Индира Ганди не поддалась давлению. Она объявила одностороннее прекращение огня и вывела войска. Как она позднее вспоминала, «естественно, что генералы, выигравшие решающие сражения, хотели закончить войну по-своему. Они бормотали и лепетали, но я дала им знать, что опираюсь на авторитет некоего анонимного кабинета. Что ж, они взяли под козырек и сказали, что будут выполнять наши приказы. Сейчас такое могло бы произойти далеко не во всякой стране, причем я имею в виду не только страны третьего мира».
Хотя индийская армия захватила практически весь Восточный Пакистан, войска были оттуда выведены. Правительство возглавила Народная лига, провозгласившая создание нового государства — Бангладеш. Миллионы беженцев начали возвращаться из Индии в родные места, и к марту 1972 года почти 10 миллионов человек были репатриированы. Это был грандиозный триумф Индии и лично Ганди. Во время кризиса ее политический талант и твердость характера оказались основными факторами успеха. За границей она и Индия снискали восхищение и уважение, а на родине ее прославляли как воплощение Дурги, индуистской богини войны. По мнению многих соотечественников, только благодаря Дурге появилась Индира — олицетворение ведущей силы в регионе, а Пакистан, вечный соперник, вдвое уменьшился в размерах.
Огромный авторитет, завоеванный Ганди, привел к развитию самостоятельного и централизованного стиля управления страной. Она начала действовать все более и более авторитарно, утверждая свою власть над государственными институтами как в центральном правительстве, так и в штатах. Она сосредоточила свои усилия на пресечении малейших признаков несогласия как вне, так и внутри партии Конгресса. На государственном уровне это было заметно по тому, как она заменяла министров, имевших собственное мнение, на тех, кто был персонально ей предан. Столь авторитарная манера управления снискала ее правительству прозвище «царствия Индиры», поскольку создавалось впечатление, что все и везде исходило лично от нее. Прозвище также намекало на то, что все внимание ныне сосредоточено на личности премьер-министра. Пока все шло хорошо, это было не страшно, поскольку при этом Ганди оправдывала оказанное ей доверие, как в случае войны 1971 года. Но как только дела начинали идти плохо, ее обвиняли во всех грехах.