В центре системы Патанджали, как и в ранней йоге в целом, стоит сугубо религиозная идея — освобождения духовного начала от его ложного самоотождествления с реалиями психофизического мира. Причину такого самоотождествления философы йоги видят в самой деятельности интеллекта — читты (йогическое наименование буддхи), функционирование которого ведет к отражению в нем того или иного объекта: участвующее в этих процессах «Я» связывает себя с порождаемыми таким образом психическими трансформациями и полагает себя субъектом изменений. Отсюда цель — «преодоление флуктуации интеллекта», долженствующее положить конец «закабалению» «Я». Для этого и нужен многоступенчатый йогический тренинг.
Низшим уровнем сознания считается состояние «кшипта» (обеспокоенность), аналогичное обычной, полной страстей жизни, когда в читте преобладают и раджас и тамас; вторая ступень — «мудха» (притупленность) демонстрирует преобладание гуны тамаса, обусловливающее стремление к порокам, сонливость и т. д.; на третьей — «викшипта» (рассеянность) — уже возможно и добродетельное поведение, и познание правильное, интеллектуальное, хотя «бесконтрольность ума» сохраняется. Должное функционирование читты, согласно йоге, обеспечивают только два высших уровня сознания индивида — «экагра» (однонаправленность), когда достигается полное сосредоточение на устойчивых объектах благодаря переизбытку в уме саттвы, и «нируддха» (прекращение), когда приостанавливается любое познание, как препятствующее пребыванию духовного начала в покое, т. е. любое осознание противостояния субъекта и объекта («Я вижу то-то», «Я есть тот-то» и т. д.).
Достижение последней ступени — процесс весьма длительный и реализуется на «восьмеричном пути». Первый шаг — подавление «страстных» инстинктов (нияма), любой формы насилия над живыми существами, лжи, хитрости, воровства, бесконтрольных сексуальных эмоций и алчности; второй — культивирование добрых навыков — телесная чистота, удовлетворенность, умерщвление плоти, повторение сакральных речений, почитание Ишвары. Получив этическую подготовку, адепт может заняться дисциплиной тела, заключающейся в способности принимать трудные, но необходимые для медитации позы (типа падмасаны, бхадрасаны, маюрасаны и т. д.). Поскольку приверженцы йоги убеждены в том, что на деятельность ума большое влияние оказывает дыхание, на ступени пранаяма предписывается контроль над вдохом, выдохом и нахождением воздуха в теле (система особых упражнений). На пятой ступени — тренировка по удержанию органов чувств от воздействия объектов (пратьяхара) — достигается контроль над перцептивно-эмоциональной системой человеческой психики и завершаются предварительные стадии йогического тренинга, после чего адепт уже готов к «сосредоточению».
Медитация, учили йоги, тоже не приходит сама собой и потому должна реализоваться в последовательности упражнений. Вначале концентрируется внимание на определенном объекта (будь то луна, собственный нос или образ божества), затем дóлжно сосредоточиться на выбранном объекте (дхьяна); завершается все полным «растворением» ума, когда субъект уже не отличает себя от объекта (самадхи). Благодаря разрушению осознания субъектно-объектного противопоставления прекращается деятельность сознания (как отражения любых объектов) и достигается желанное «освобождение». Основной характеристикой практического учения йоги является важность порядка прохождения ступеней самоусовершенствования; ни на одну последующую нельзя подняться, не освоив предыдущей. Это находится в непосредственной связи с последовательным сотериологическим индивидуализмом (само богопочитание здесь — только одно из средств накопления нужных «результатов»). Существенное место в йогической практике занимают и физиологические спекуляции; утверждается, что проходящая через позвоночник и черепной шов «су-шумна» — главная «трасса» достижения «освобождения» и приостановления потока времени.