Однако Договор в парламенте был ратифицирован. За него проголосовало 243 депутата, в большинстве своем это были депутаты двух фракций – КПРФ и «Яблоко». Данное решение, открывающее Украине путь в НАТО, подтверждало правоту Сергея Бабурина, что основная беда российских политиков заключается в отсутствии у них чувства национального самосознания. Нельзя верить простым заклинаниям о вечной дружбе, нужно основательно подходить к защите национальных интересов. К сожалению, депутаты-коммунисты не смогли осознать пагубность ратификации лживого Договора и отдали 107 голосов за его принятие. Сергей Бабурин вынужден был заявить с трибуны парламента: «Я бы хотел напомнить уважаемому Геннадию Андреевичу Зюганову: когда в 1920 году советское правительство подписывало договор с Турцией, тогда тоже ведь шли разговоры, дескать, турки – это революционеры, они хорошие мы будем дружить, поэтому не будем спорить об Армении (город Карс и все остальное), потому что идет мировая революция, и мы все потом вернем, потом не будет границ. Где сейчас армянское население этой части Армении? Оно вырезано, как дорезают сегодня курдов. Поэтому у меня нет сомнений, что договор с Украиной является катастрофическим для стратегических отношений между нашими народами». Справедливая критика в адрес коммунистов прозвучала потому, что они уверенно заявляли, что на следующих выборах на Украине победит президент-коммунист и вопрос суверенитета Севастополя, и проблема русского языка отпадут сами собой.
Тот факт, что за Договор, продолжающий ничтожную политику беловежского сговора, подержали коммунисты вместе с прозападными депутатами из партии «Яблоко», возмутил многих законодателей-патриотов. Но их было меньшинство. Президиум партии Сергея Бабурина Российский общенародный союз обратился ко всем патриотическим силам России с заявлением, разъясняющим суть предательства национальных интересов со стороны КПРФ. Документ гласил: «Сегодня Зюганова не смущает то, что он оказался в одной компании с В. Лукиным и А. Козыревым. Что это, если не принципиально новый поворот в политике? После всех громов и молний в адрес беловежских заговорщиков, после скороспелой «денонсации» 15 марта 1996 года изначально не имеющих юридической силы беловежских соглашений фактически продолжить это грязное дело и через ратификацию договора с Украиной отказаться от Крыма и Севастополя, предоставить правящему режиму на Украине все юридические возможности для вступления в НАТО, то есть помочь в осуществлении заветных мечтаний всех антирусских, прозападных, пронатовских сил как на Западе, так и в России. Если это не предательство национальных интересов, то что же тогда называть предательством? Разве наш народ когда-либо давал полномочия Ельцину, Селезневу, Зюганову и Явлинскому отдать многократно политые кровью наших воинов русские святыни?!».
Остановить подписание предательского Договора теперь мог только Совет Федерации. И на первом заседании, состоявшемся 27 января 1998 года, депутаты-регионалы дали бой правительству, отказавшись голосовать за Договор. Они направили соответствующий запрос в Конституционный суд, надеясь, что он снимет ряд сложных территориальных вопросов. Однако, негативную роль, как в затягивании отправки запроса в Конституционный суд, так и в давлении на членов Совета Федерации оказал их коллега, председатель Комитета по конституционному законодательству и судебно-правовым вопросам Сергей Собянин. Под нажимом административного ресурса Договор был принят на втором заседании. Принят, несмотря на то, что подавляющее большинство членов Совета Федерации называли данный документ плохим и преступным.
Перед голосованием в газете «Новые Известия» (№ 27) журналист Елизавета Домнышева дала живой и точный комментарий хода обсуждения Договора в Совете Федерации: «Сегодня все властные структуры России одобрили ратификацию: администрация президента – «за», правительство – «за»… Даже коммунисты – «за». Хотя все единодушно утверждают, что договор из рук вон плох, особенно для российской стороны. Если плох, то зачем все «за»? Поистине загадка российской души. И нет, к нашей беде, в нынешнем российском МИД графа Витте, который, отправившись в Портсмут подписывать бумаги о поражении России, привез в Санкт-Петербург практически документ о победе. Сейчас все наоборот – демократические победы вынуждают расписываться в бессилии. Во вторник комитет СФ по конституционному законодательству четырьмя голосами «за» и одним «против» рекомендовал верхней палате ратифицировать договор. Чтобы подтолкнуть этот процесс, лидер фракции КПРФ Геннадий Зюганов даже встретился с главами администраций и губернаторами ряда регионов. У российских сенаторов в среду тяжелый день. Как сказал губернатор Новосибирской области Виталий Муха, предстоит определить «ответственность перед детьми и внуками за ратификацию договора».