Из множества свойств каждого элемента системы некоторые свойства обуславливают системообразующие связи между этим элементом и другими элементами рассматриваемой системы. Другие свойства могут определять "внешние" связи данного элемента с окружающей средой, т.е. с элементами, которые не принадлежат данной системе. В общем случае некоторая часть обоих типов этих свойств может быть свойственна рассматриваемому элементу независимо от того входит он в систему или нет. Назовем эти свойства условно локальными или индивидуальными свойствами элемента - ЛСЭ. Другая часть этих свойств возникает как системное качество, т.е. это системные свойства элемента - ССЭ, которые утрачиваются элементом при "изъятии" его из системы. Часть "внешних" связей, как ЛСЭ, так и ССЭ, некоторого элемента системы могут быть системообразующими для другой системы. Это обстоятельство делает существенно неопределенным и понятие структуры системы. Поэтому более однозначным представляется следующее определение этого понятия: структура системы - это устойчивая упорядоченность во времени и в пространстве некоторых существенных системообразующих факторов, качеств (связей) данной системы. Главное, что присутствует в любом определении структуры - это наличие некоторого множества элементов, т.е. гетерогенность, наличие связей между элементами и определенная инвариантность во времени.
Поскольку структура - это только некоторая характеристика системы, необходимо четко указать какие свойства и признаки системы в данном случае принимаются структурными, а какие - нет. Этот выбор зависит от целей исследования системы. Следовательно, для одной и той же системы можно построить различные структуры и между системой и ее структурой отсутствует однозначное соответствие.
Формирование, выделение, структуры является частью решения общей задачи исследования, идентификации системы, причем такой, которая не определяет заранее систему в целом, а лишь выявляет ее конфигурацию (в общем случае с какой-то степенью приближения).
В тесной связи с проблемой выделения структуры изучаемой системы находится проблема определения границ системы, т.к. не всегда ясно, как отделить изучаемую систему от ее окружения. Для такого отделения, в частности, мжно использовать в качестве соответствующего критерия характер системных связей или (и) мощность этих связей.
В ОТС вводится понятие рода [3]. Каждый объект обладает бесконечным множеством качеств. Если одно качество - Р (или группа качеств) из этого множества является общим для некоторой совокупности объектов, то эти объекты образуют множество данного рода. Аналогично, когда все элементы системы обладают одним и тем же качеством - Р, то такая система будет системой объектов одного и того же рода. Причем в общем случае эта система может бладать тем же родовым признаком Р, но может и не обладать. Родовое качество Р элементов системы может быть системообразующим качеством, а может и не быть таковым. Родовое качество, тем более группа таких качеств, в общем случае, может ограничить иерархию систем как сверху, так и снизу.
Одной из самых важных характеристик системы является ее сложность. Понятие сложности почти не поддается формализации и оценка сложности системы обычно производится существенно субъективно. Среди основных факторов, определяющих сложность системы обычно выделяют: число элементов, связей, разнообразие элементов и связей, число уровней иерархии систем. А.Н.Колмогоровым предложено оценивать сложность системы по объему оптимально-минимизированной программы (в битах), которая полностью описывает систему, т.е. ее структуру и функции. В этом определении, по всей вероятности, надо уточнить, что подразумевается под понятиями "полностью" и "оптимально минимизированной программой". Да и вообще структура и функции системы какого уровня членения имеются в виду: всех или только нулевого?