В централ «Лебенсборна» подавались документы не только от матери, но и от отца, который должен был быть заранее уведомлен об этом. Все проверки, в том числе расовые и наследственные, проводились силами отдельного подразделения. Дальнейшая процедура во многом напоминала процесс получения разрешения на вступление в брак членами СС, которое выдавалось Главным управлением СС по вопросам расы и поселений.
Однако со временем выяснилось, что персонал «Лебенсборна» был перегружен осуществлением расовых и наследственных проверок родителей детей. Выделение специального врача отнюдь не изменило ситуацию. Тогда для осуществления этой деятельности руководство «Источника» стало налаживать контакты с Институтом кайзера Вильгельма, который занимался вопросами генеалогии и демографии, В частности, речь шла о сотрудничестве с мюнхенской кафедрой психиатрии, которой заведовал Эрнст Рюдин. В конце войны расовое обследование претенденток, а вместе с тем и вынесение решения о приеме в один из домов «Лебенсборна» осуществлял заведующий соответствующего родильного дома. Эбнер неоднократно утверждал, что отбор был настолько строгим, что в «Источник» попадало не более половины претенденток. Тем не менее, очень многое указывает на то, что подобная строгость была лишь мечтой Эбнера. На самом деле удовлетворялось где-то 75 % прошений. Подобное расхождение можно было объяснить тем, что в «Лебенсборне» пытались лишь создать видимость того, чего не было в действительности, — в данной ситуации речь идет о строжайшем расовонаследственном отборе. Подобные манипуляции не были редкостью в СС. Так, например, в 1942 году Административноэкономическое управление СС сознательно искажало данные о смертности в концентрационных лагерях. Делалось это для того, чтобы не спровоцировать гнев Гиммлера, который намеревался предоставлять арестантов и заключенных в качестве рабочих рук для немецкой индустрии. В итоге данные приходилось занижать.
В годы войны состояние здоровья матерей и детей, находившихся в «Лебенсборне», стало значительно ухудшаться. Это объяснялось, с одной стороны, военными тяготами, с другой — переполненностью домов. По этой причине один из членов наблюдательного совета штурмбаннфюрер СС профессор Беккер, занимавшийся детскими болезнями, после своей инспекционной поездки написал в 1941 году весьма нелицеприятную докладную записку. В ней он требовал не только санитарных и организационных улучшений, но и более строгого отбора матерей. Только при этих условиях дома «Лебенсборна»
Эбнер объявил об ужесточении отбора в первой половине 1941 года, то есть тогда, когда Третий рейх находился на вершине своего европейского могущества, а национал-социалистическое руководство наивно полагало, что блицкриг, начатый против СССР, в ближайшее время закончится полным разгромом России. Но уже год спустя практика изменилась.