Судя по материалам заведенного на него инквизицией дела, Ломбардо Гусман предлагал даровать свободу рабам, разрешить им заниматься "почетными ремеслами" и уравнять их, а также всех негров, мулатов, индейцев в правах с креолами. Кроме этого, он намеревался разрешить свободную торговлю с Францией, Голландией, Англией и Португалией.
Шесть лет держали инквизиторы Ломбардо Гусмана в тюрьме, подвергая изощренным пыткам, но им так и не удалось сломить этого, по всей видимости незаурядного по силе воли и стойкости, человека. Более того, на шестом году своего заточения Ломбардо Гусман не только ухитрился бежать из застенков инквизиции, но и пробраться сутки спустя в 3 часа ночи в спальню к вице-королю и вручить ему письменный протест против преступных действий инквизиторских палачей! Вскоре ищейки напали на след отважного ирландца, и он снова попал в лапы своих мучителей. Еще десять лет подвергали его мукам инквизиторы, так и не добившись от него отречения от "крамольных" взглядов. 19 ноября 1659 г. Ломбардо Гусман был выставлен на поругание на аутодафе, а затем сожжен на костре в г. Мехико.
В XVIII в. инквизиции приходится иметь дело уже не с одиночками, а с многочисленными противниками колониального режима в лице последователей французских энциклопедистов, произведения которых различными путями в сравнительно большом количестве проникали в заморские владения Испании. Инквизиция правильно уловила опасность, которую представляли для колонизаторов эти произведения. В различных эдиктах и постановлениях колониальной инквизиции произведения Руссо, Вольтера, Кондильяка, Рейналя, Д'Аламбера и других французских философов и просветителей именуются "противными спокойствию этих государств и королевств", "подрывными и раскольническими, направленными против всех королей и властей, в особенности против христианских католических монархов", они "способны" привести народы к самой "беспорядочной анархии", они повинны, наконец, в том, что провозглашают преступные "принципы о всеобщем равенстве и свободе всех людей". В 1803 г. инквизиция в Новой Испании запретила испанский перевод "Общественного договора" Руссо под предлогом, что эта книга подстрекала "преданных вассалов его величества восстать и сбросить тяжкое господство наших королей, обвиняя их в ненавистном деспотизме и подстрекая вассалов разбить узы и кандалы духовного звания и инквизиции".
С особым рвением преследовала инквизиция литературу французских просветителей, разоблачавшую ее преступления. В решении, принятом в 1777 году и запрещавшем книгу анонимного французского автора "Краткая хронология истории Испании и Португалии", мексиканские инквизиторы, полемизируя с автором, заявляли: "Христиане вовсе не считают жестокими или чрезмерными огненные зрелища, карающие еретиков. Напротив: послушные и уважающие своих руководителей, они эти зрелища принимают, превозносят и радуются им, ибо видят в них не только инструмент, карающий ересь и еретиков, но и акт веры!.." Авторы, утверждавшие противное, подвергались отлучению, а их произведения предавались огню.
В последней четверти XVIII в. освободительные идеи начинают проникать в среду колониального духовенства. Отдельные священники-креолы, представлявшие по существу местную интеллигенцию, под влиянием зарубежной "подрывной" литературы, войны за независимость английских колоний в Северной Америке и французской революции 1789 г. проникались патриотическими идеями и выступали за независимость колоний от Испании. Таких священников-патриотов инквизиция преследовала с особым ожесточением.
Один из патриотов, ставший жертвой инквизиции, был бывший иезуит Хуан Хосе Годой, родившийся в 1728 г. в Мендосе, вице-королевстве Ла-Платы. После роспуска иезуитского ордена в 1767 г. Годой бежал из Испанской Америки в Англию, откуда перебрался в Соединенные Штаты, где стал выступать за независимость испанских колоний. В то время вице-королем Новой Гранады был архиепископ Антонио Кабальеро-и-Гонгора. Ему с помощью провокатора удалось завлечь Годоя на испанскую территорию, где он был передан на расправу инквизиционному трибуналу в Картахене. Там он свыше пяти лет подвергался допросам и пыткам, а в 1787 г. был выслан в Кадис, где погиб в крепости св. Каталины (Екатерины).
Чудом избежал застенков инквизиции предтеча движения за независимость венесуэльский патриот Франсиско Миранда, служивший в чине подполковника адъютантом губернатора Кубы. Трибунал инквизиции в Картахене отдал приказ об его аресте в 1783 г., однако комиссарий инквизиции в Гаване сообщил, что "преступник бежал к американцам", по каковой причине нет надежды, что его постигнет "заслуженное наказание".
13 декабря 1789 г. инквизиция в Картахене запретила чтение и распространение "Прав гражданина и человека", провозглашенных французской революцией.
В 1794 г. инквизиция в Мехико арестовала французов - капитана Жан-Мари Мюрже и врача Жозефа Франсуа Мореля по обвинению в распространении революционной пропаганды. Оба были подвергнуты пыткам и покончили жизнь самоубийством.