После гибели Идальго борьбу за независимость Мексики возглавил другой священник - метис Хосе Мария Морелос. Учитывая обвинения в безбожии, выдвигавшиеся инквизицией против патриотов, Морелос провозгласил господствующей религией Мексики католическую и особенно тщательно следил за выполнением церковных обрядов в армии патриотов. Но это не спасло его от тех же обвинений, которые были выдвинуты против его предшественника. Церковники, поддерживающие испанцев, и его объявили безбожником и антихристом, "с рогами и копытами".
2 ноября 1815 г. Морелос был взят в плен испанцами. Узнав об этом, генеральный инквизитор Флорес поспешил предложить свои услуги вице-королю Кальехе: "Участие трибунала инквизиции (в осуждении Морелоса. - И. Г.) могло бы быть очень полезным и способствующим чести и славе божьей, интересам короля и государства и, возможно, наиболее действенным средством для прекращения восстания и достижения неоценимого блага усмирения королевства и отречения восставших от своих ошибок".
Морелос был передан инквизиции. В течение трех дней прокурор "священного" трибунала состряпал против Морелоса пространное обвинение из 26 пунктов, в котором руководитель патриотического движения объявлялся "еретиком и распространителем ереси, гонителем и преследователем церковного начальства, осквернителем церковных таинств, раскольником, развратником, лицемером, неисправимым врагом Христа, поклонником еретиков Гоббса, Гельвеция, Вольтера, Лютера и им подобных прокаженных авторов, материалистов и атеистов, предателей бога, короля и папы".
23 и 24-й пункты обвинения против Морелоса прокурор инквизиции сформулировал следующим образом:
"Этот преступник, наподобие отвратительных животных, питающихся гнилыми отбросами, соответственно его сладострастию, честолюбив и безмерно надменен, тоже ел и пил из гнилых источников Лютера и других осужденных церковью еретиков с тем, чтобы разрушить законодательную власть церкви и присущую ей власть, претендуя тем самым свергнуть одновременно и алтарь, и религию. Но он преследовал не только эти цели, он стремился разрушить трон и поэтому в своей вредоносной конституции оправдывал восстания против законного властелина и объявил войну нашему монарху любимейшему сеньору дону Фердинанду VII (да сохранит бог его жизнь), обвиняя его в тирании и деспотизме, как проповедовали последователи Уиклифа, сторонником которого является данный преступник, такой же еретик, как и вышеназванные, осужденные за это заблуждение Констанцским собором, а также верховными понтификами Мартином V и Павлом V, следуя нормам четвертого толедского собора.
Этот преступник не только говорил и действовал, призывая к свержению священной персоны короля и его власти, не только пытался запятнать добродетели нашего любимого монарха, но он также порочил поведение и преданность королевских вассалов, испанцев и американцев, распространяя против них мятежные прокламации, поджигательные, ложные, беспредельно дерзкие, оскорбительные, лично им подписанные, которые он с помощью оружия стремился навязать народу и заставить его возмутиться против короля и подчиняться ему, этому чудовищу, желавшему возвести себя в арбитра и господина Америки и противопоставить себя богу и людям, церкви, королю и родине".
Трибунал инквизиции осудил Морелоса на пожизненную каторгу. Это было отвратительным лицемерием со стороны инквизиторов: они знали, что Морелосу не миновать смерти. Переданный ими же военному суду, Морелос был приговорен к расстрелу и казнен 14 дней спустя после пленения испанцами. Всего две недели понадобилось инквизиции и военным властям, чтобы провести два процесса - духовный и светский и расправиться со своей жертвой.
В тех местах, где патриотам удавалось взять власть, они немедленно упраздняли трибуналы инквизиции. Первым был закрыт трибунал в Картахене декретом Патриотической хунты от 12 ноября 1811 г.; на следующий же день после провозглашения независимости инквизиторы и другой персонал суда были высланы в Испанию.
Венесуэльский конгресс в 1812 г. постановил "навсегда и во всех провинциях Венесуэлы прекратить деятельность трибуналов инквизиции". Однако командующий испанским карательным корпусом генерал Пабло Морильо восстановил в 1814 г. инквизицию в Новой Гранаде и Венесуэле, где она просуществовала вплоть до окончательного освобождения этих стран от испанского гнета в 1821 г., когда конгресс Великой Колумбии окончательно ее отменил. Такая же участь постигла инквизицию и во всех других бывших испанских колониях Америки.
На Кубе и в Пуэрто-Рико инквизиторы прекратили свою деятельность только в 1834 г., когда были распущены трибуналы инквизиции в Испании. Так бесславно закончилась деятельность в колониях этого террористического учреждения, в застенках и на кострах которого нашли мученическую смерть тысячи неповинных жертв, в том числе многие лучшие сыны народов Латинской Америки.