Инквизиция арестовала Вила-Реала и, невзирая на протесты короля, бросила его в костер.
Королевская казна продолжала остро нуждаться в деньгах, когда в 1649 г. "новые христиане" предложили королю построить на 1250 тыс. крусадо 36 военных кораблей (галеонов) для защиты торгового флота Португалии, курсировавшего между Лиссабоном и Бразилией, взамен за отмену конфискации их имущества. Король согласился на эту сделку и специальным декретом запретил инквизиции конфисковывать у португальцев или иностранцев, обвиненных в ереси и иудаизме или осужденных за них, какую-либо собственность. Инквизиция отказалась подчиниться и апеллировала в Рим. Папа римский, все еще угодничавший перед Испанией и не признававший за короля Жоана IV, двумя решениями (бреве) в 1650 г. отменил постановление португальского монарха, который вынужден был подчиниться, опасаясь дальнейших осложнений с папским престолом. Впрочем, это ему не помешало прикарманить 1250 эскудо. "Новые христиане" еще раз были обобраны и жестоко обмануты португальской короной. Правда, инквизиция не простила королю столь великой "жертвы", она продолжала слать в Рим доносы, обвиняя его в потворстве иудействующим с таким успехом, что папа отлучил Жоана IV и всех тех, кто способствовал изданию королевского декрета 1649 г., от церкви. После смерти Жоана IV в 1657 г. инквизиция вновь обрела полную власть и возобновила преследования "новых христиан", а заодно и всех тех, кто до этого выступал в их защиту.
В 1663 г. был арестован по обвинению в потворстве иудействующим иезуит Антониу Виэйра, которому с большим трудом удалось вырваться четыре года спустя из застенков инквизиции и бежать в Рим, где он продолжал при поддержке португальского регента дона Педру II настаивать перед папским престолом на ограничении прав португальского "священного" судилища. "Новые христиане" щедро снабжали Виэйру деньгами, и ему наконец в 1674 г. удалось добиться от папского престола распоряжения, запрещавшего португальской инквизиции впредь устраивать аутодафе, судить и осуждать кого-либо и повелевавшего впредь направлять в Рим все дела по обвинению в ереси. По существу это распоряжение папы римского означало прекращение деятельности инквизиции в Португалии. Однако к тому времени инквизиторам удалось договориться с регентом Педру II, которому они обещали поддержку в получении короны. Регент отказался подчиниться папскому приказу и запретил его обнародование в Португалии. Конфликт длился до 1681 г., когда папский престол отменил свое прежнее решение и вновь разрешил деятельность "священного" судилища. Португальская инквизиция отпраздновала свою победу грандиозными аутодафе в Лиссабоне, Коимбре и Эворе.
В первой половине XVIII в. среди "клиентов" инквизиции можно встретить также и различного рода умалишенных монахов, и священников, "запродавших свои души дьяволу". В 1725 г. в Лиссабоне инквизиция сожгла священника Мануэля Лопеша де Карвалью, провозгласившего себя возрожденным Христом и призывавшего казнить инквизиторов. В 1740 г. была сожжена монахиня Тереза за "преступную связь с дьяволом". В 1741 г. на костре погиб священник Антониу Эбрэ Лурейру, выдававший себя за мессию. В 1741 г. огонь поглотил священника Педру де Ратес Энеким, утверждавшего, что он побывал в раю, жители которого "говорили по-португальски". В 1748 г. взошла на костер монахиня Мария Тереза Инация, также вступившая в "преступную связь с дьяволом". В 1748 г. инквизиция судила за "сожительство с дьяволом" монахиню Марию ду Розариу, которая, находясь под следствием, призналась, что прижила от дьявола семь детей - щенков, котят и монстров. Такого рода процессы занимали видное место в деятельности инквизиции, в особенности в XVIII в. Все эти "упорствующие еретики" были явно психически ненормальными людьми или жертвами религиозного экстаза, что одно и то же. Доказательством тому служит именно их "упорство": никто из них, несмотря на пытки, не отрекся от своих бредовых утверждений, а "упорствующих" инквизиция, как известно, не щадила...
Казалось, нет такой силы, которая могла бы обуздать португальскую инквизицию, и террор ее будет продолжаться вечно. Народ привык к кострам, свыкся с мыслью, что все его беды происходят от козней еретиков и их покровителя - дьявола. Власть имущие находились в духовном плену иезуитского ордена, и только очень прозорливые люди из их среды могли по некоторым смелым голосам, раздававшимся во Франции и требовавшим "раздавить гадину", предвидеть приближающуюся гибель не только инквизиции, но и всего связанного с нею старого порядка.