Как это ни парадоксально, а история любит такого рода парадоксы, первый серьезный удар инквизиция получила от человека, который в молодости подвизался в роли ее "родственника" и был поэтому прекрасно осведомлен о всех ее секретах. Звали его Себастьяном Жозе Карвалью-и-Мелу (1699-1782). В историю он вошел под именем маркиза де Помбала. В 1739-1745 гг. он служил секретарем португальского посольства в Лондоне и Вене, где стал сторонником просвещенного абсолютизма, противником иезуитов. В 1750 г. со вступлением на престол короля Жозе I Помбал был назначен первым министром и оставался на этом посту вплоть до смерти короля в 1777 г. Помбал проявил себя как талантливый и смелый реформатор. Он ограничил власть церковников, поставил деятельность инквизиции под контроль правительства, всемерно способствовал развитию промышленности, осуществил реформу просвещения, помогал развитию наук. В 1755 г. Лиссабон был разрушен сильным землетрясением. Церковники, как обычно, использовали это стихийное бедствие в своих интересах. Они стали уверять верующих, что землетрясение - кара господня за действия безбожного первого министра. В 1758 г. состоялось покушение на короля. В 1760 г. Помбал разорвал отношения с папским престолом, арестовал и предал суду наиболее активного противника своего правительства иезуита Габриэла Малагриду.
Малагрида был итальянец, давно уже обосновавшийся в Португалии, где он превратился в наперсника аристократических семей, интересы которых всегда защищал, фанатично нападая на все прогрессивное и передовое своего времени. Он принадлежал к худшему типу "энтузиастов"-реакционеров, по выражению английского биографа Помбала прошлого столетия Джона Смита.
Малагрида стал главным противником реформ Помбала, он использовал землетрясение для яростных нападок на премьер-министра. В 1756 г. иезуит опубликовал памфлет "Мнение о подлинных причинах землетрясения", в котором писал: "Знай, о Лиссабон, что разрушителями наших домов, дворцов, церквей и монастырей, причиной смерти стольких людей и огня, пожравшего столько ценностей,- твои отвратительные грехи, а не кометы, звезды, пар, газы и тому подобные естественные явления". Малагрида призывал не отстраивать столицу, а замаливать грехи. Все это делалось вопреки решению правительства, запрещавшего объяснять землетрясение сверхъестественными причинами. К тому же Малагрида в аристократических домах призывал к свержению правительства. Об этом же иносказательно он писал в другом своем памфлете: "Трактат о жизни и правлении Антихриста", подразумевая под последним Помбала.
Помбал приказал инквизиции судить Малагриду. Он прогнал инквизитора-мора Жозэ, незаконного сына короля, назначив на его место своего брата Паолу де Корвалью. Между тем Малагрида в инквизиционной тюрьме продолжал предавать проклятьям Помбала и попутно писать весьма любопытное сочинение о "Героической и чудесной жизни славной святой Анны, матери святой непорочной девы Марии, продиктованной самой святой, при содействии, помощи и с согласия всемогущего суверена, ее святейшего сына" (то есть Иисуса Христа), главный тезис которого заключался в том, что Анна стала святой, еще находясь в "утробе" своей матери. Инквизитор-мор поспешил воспользоваться столь очевидным еретическим утверждением и обвинил Малагриду в вероотступничестве.
В сентябре 1761 г. инквизиция вынесла приговор по делу Малагриды, в котором было сказано: "Отец Габриэл Малагрида был признан виновным в преступлении ереси, он утверждал, мыслил, писал и защищал положения и учения, противоречащие подлинным догмам и доктрине, предлагаемой и проповедуемой святой церковью. Являясь еретиком и врагом католической веры, он впал вследствие данного приговора в великое отлучение и другие установленные наказания, согласно закону против подобных преступников; инквизиторы таким образом приказывают, чтобы этот еретик и автор новых ересей, признанный виновным во лжи и двуличии, отстаивающий неоднократно и упорно свои ошибки, был лишен монашеского сана и прочих званий и, согласно правилам и формам святых канонов, передан, одетый в позорящий балахон (санбенито), светской власти. Инквизиторы страстно умоляют ее, чтобы к указанному преступнику были проявлены доброта и благожелательность и чтобы он не был казнен или не была пролита его кровь".
Разумеется, этот приговор был комедией, разыгранной согласно лучшим образцам инквизиционного судопроизводства, с той только разницей, что он был обращен против одного из самых ярых сторонников той же самой инквизиции.
21 сентября 1761 г. на площади Россиу 73-летний Малагрида был гарротирован, а потом сожжен.
Помбал использовал казнь Малагриды для широкой пропаганды своей политики за рубежом путем публикации памфлетов, брошюр и книг на французском и английском языках, в которых разоблачалась обскурантистская деятельность церковников в Португалии.