Несмотря на появление у следователей новой, чисто политической версии, позволявшей связать убийцу с троцкистской оппозицией, советская пропаганда придерживалась первоначальной оценки трагедии, относительно нейтральной, появившейся в газетах ещё 2 декабря. Убийство объявлялось делом «врагов рабочего класса, советской власти, белогвардейцев». Даже 6 декабря, выступая на похоронах Кирова в Москве, Молотов заявил: в его смерти повинны некие абстрактные
Тем временем верхушка ГУГБ НКВД СССР, оставшаяся в Ленинграде, — Я.С. Агранов, начальник ЭКО Л.Г. Миронов, замначальника СПО Г.С. Люшков, помощник начальника ЭКО Д.М. Дмитриев — стала настойчиво разрабатывать как основную политическую версию. Арестовали, допросили не только Шатского, но и Котолынова — студента Политехнического института, в недалёком прошлом члена ЦК ВЛКСМ и исполкома Коммунистического Интернационала молодёжи. Это позволило практически сразу же выйти на качественно новый уровень подозреваемых, тех, кто не только давным-давно работал с Николаевым в Выборгском райкоме комсомола, Лужском укоме либо сталкивался с ним опять же по работе в Ленинградском горкоме, но и, быстро выдвинувшись в руководство ВЛКСМ, действительно был связан с зиновьевской оппозицией, открыто блокировался с троцкистами.
В своих откровенных показаниях — ибо они и не предполагали, как те будут использованы и к каким последствиям приведут для них самих и очень многих других — Н.Н. Шатский, И.И. Котолынов, В.В. Румянцев, В.И. Звездов, И.С. Антонов, Г.В. Соколов, И.Г. Юскин, Л.О. Ханник, А.И. Толмазов, А.И. Александров отнюдь не скрывали общеизвестных фактов. Рассказывали о своих прежних близких знакомствах по Ленинградскому губкому и Северо-Западному бюро ЦК ВКП(б), тем самым партийным органам, которые долгие годы возглавлял Зиновьев. Среди прочих был назван и A.M. Гертик, в то время проживавший в Москве и работавший помощником управляющего Объединённым научно-техническим издательством. Его арестовали 8 декабря, а два дня спустя во время допроса он назвал среди своих близких товарищей по партии И.П. Бакаева — в 1923–1924 гг. председателя Петроградской губернской контрольной комиссии РКП(б), активного участника «новой оппозиции», а перед арестом — управляющего Главэнергосети, и Г.Е. Евдокимова — в 1923–1924 гг. заместителя председателя (Зиновьева) Петросовета, в 1925-м — первого секретаря Ленинградского губкома, в 1926-м — секретаря ЦК и члена оргбюро ЦК ВКП(б). За этим последовала новая волна арестов, допросов. Наконец, 14 декабря следователи впервые зафиксировали в протоколах очередных показаний фамилии Г.Е. Зиновьева, Л.Б. Каменева, Г.И. Сафарова — в 1922–1926 гг. редактора «Ленинградской правды», активного участника «новой оппозиции», после признания ошибок и восстановления в партии направленного на работу в ИККИ, а также многих других, арестованных только два-три года спустя.
Своеобразным подарком следствию стало прежде всего то, что практически у большинства арестованных при обыске находили оружие. Один, два, а то и три-четыре револьвера, вполне законно остававшихся у их владельцев после гражданской войны, но теперь становившихся бесспорным доказательством подготовки терактов. Кроме того, у всех имелась литература, однозначно оценивавшаяся как «контрреволюционная» — «Платформа» группы Рютина, различные заявления и групповые письма вождей оппозиции в адрес съездов партии, ЦК ВКП(б). Мало того, у арестованного тогда же, в середине декабря, К.Н. Емельянова обнаружили хранимый им архив «ленинградской» оппозиции.
Всё это вело к неизбежному. Следователям лишь оставалось получить, зафиксировав протоколами допросов, столь нужные при создавшейся ситуации данные о подлинных настроениях в среде сторонников Зиновьева, так и не отказавшихся от своих прежних убеждений и взглядов.
Из показаний И.С. Горшенина от 21 декабря: