Выбор Ивана пал на дочь коломенского дворянина Собакина — Марфу Васильевну. Пройдя все положенные туры смотрин, Марфа Собакина была венчана с царем 28 октября 1571 года, но почти сразу после свадьбы заболела и через пятнадцать дней умерла. Производившему врачебный осмотр кандидаток в царские невесты Бомелию пришлось объясняться со своим патроном, отчего же это вдруг умерла Марфа Васильевна, которую недавно он осматривал и признал совершенно здоровой? Но «дохтур» ничуть не затруднился с объяснением, объявив смерть царицы отравлением. Это он утверждал как врач, а как «магик» открыл царю и имена заговорщиков, указав на родню двух первых жен Ивана Васильевича — Анастасии Романовой и кабардинской княжны Марии Темрюковны. Бомелий в своих утверждениях был весьма убедителен, что обернулось казнью двух десятков вельмож, в числе которых был и князь Михаил Темрюкович Черкасский — один из вождей опричнины и близкий царю человек. Было время, когда Иван Васильевич какое-то время даже жил в доме князя, в его усадьбе на берегу Неглинной. Но обвиненный «дохтуром Елисеем» князь не смог оправдаться, и по приказу Ивана Грозного его посадили на кол.
Вскоре после этой расправы Бомелий предложил царю новую технологию избавления от политических противников при помощи тайных убийств, пуская в ход яды, которые он обязывался создавать. И это свое обещание выученик Кембриджа сдержал, дав возможность Ивану Грозному истреблять неугодных людей, не обременяя себя придумыванием каких-либо поводов, инсценировкой судов, кровавыми пытками для вытягивания обвинений. Судя по всему, Бомелий был незаурядный токсиколог: в своем доме он устроил лабораторию, где вырабатывал различные «зелья», которыми успешно изводил родовитых бояр и попавших под подозрение придворных. В своем страшном искусстве он усовершенствовался настолько, что составлял яды, которые убивали с задержкой, в точно назначенную «заказчиком» минуту. Снадобья действовали так, что отравленный мог умереть мгновенно, «остолбенев и разом почернев», а мог и помучиться, пока хитрый яд не истерзает тело.
Царь Иван осыпал своего лейб-медика наградами. Хитроумный «дохтур Елисей», чутко уловив метания царственной души, вел тонкую игру, постепенно прибирая власть при московском дворе к своим рукам. Запугивая предсказаниями, нашептывая, высказывая подозрения, предрекая бунты, Бомелий навел на Ивана Грозного такого страху, что по его наущению тот писал английской королеве Елизавете, что «не чает себя безопасно в своей стране», и на всякий случай просил принять его, если придется бежать. Бомелий уговаривал царя ехать свататься к английской королеве Елизавете или одной из ее ближайших родственниц, уверяя, что каждая из них с радостью пойдет за Ивана Васильевича. Советовал, породнившись с английским королевским домом, поселиться в Лондоне насовсем и оттуда управлять своим царством, не опасаясь покушений недругов на свою жизнь.
В таком статусе особо доверенного придворного Бомелий продержался у трона Ивана Грозного целых девять лет. Почему рухнула его карьера, доселе в точности не известно. По одной из версий, он, систематически занимаясь астрологией в одной из башен Кремля, высчитал неугодный царю гороскоп и позже, глядя в хрустальный магический шар, предрек смерть царских сыновей и разорение державы. По другой, заигравшись в сватовство к английской королеве, Бомелий перешел некую грань и, опасаясь разоблачения, прихватив «нажитое», пытался скрыться, но был схвачен во Пскове. Также пишут, что были выявлены его сношения с польским королем Стефаном Баторием. Впрочем, поводов может быть и несколько, а главная причина одна — исполнитель множества грязных делишек слишком много знал такого, чего не должен был знать никто.
В 1579 году «дохтура Елисея» взяли в застенок и подвергли пыткам. На дыбе он назвал своим сообщником новгородского епископа и почти всех своих знакомых, говоря, что они составили заговор, «злоумышляя на государя». Умер этот человек так же затейливо, как и жил: его проткнули огромным железным вертелом и медленно поджарили на углях, но не до смерти, а так, «до полуготовности». Потом его сняли с вертела и, бросив в сани, увезли куда-то в застенок, где, как говорят, Элизеус Бомелиус умирал в страшных мучениях еще два дня.
Жену его — миссис Джек Рикердс — удерживали в Москве несколько лет и отпустили лишь по особому ходатайству королевы Елизаветы. Но произошло это уже после смерти царя Ивана — ходатайство в 1583 году английский посол Боус вручил ему, а разрешение на отъезд 30 мая 1584 года дал вступивший на престол после смерти грозного отца кроткий государь Федор Иоаннович.