На кафедру был возведен бывший игумен Троице-Сергиевой лавры Симон, и это назначение изменило расстановку сил в Кремле. Борьба с еретичеством постепенно стала смещаться в сферу политического противостояния. Великий князь старел, вопрос о наследнике становился все более актуальным, и потому в кремлевских теремах сразу несколько интриг переплелись в тугой узел, петля которого едва не задавила великую княгиню Софью и ее чад до смерти.
В 1497 году по распоряжению великого князя на большую государственную печать нанесли новый, унаследованный от Византии символ — двуглавого орла, хотя права на эту символику у русского князя были весьма спорными. Родственники в который уже раз подвели Софью Фоминичну! Брат Андрей, прогуляв последнее, впал в нищету — до Москвы дошли сведения, что его видели на римских улицах в лохмотьях. Чтобы поправить свои дела, он продал права на византийский престол французскому королю Карлу VIII, собиравшемуся в новый крестовый поход на турок. Правда, поход на Константинополь не состоялся, а король Карл умер в 1498 году, но Андрей Палеолог, изобидевшись на московскую родню, не желавшую поддерживать его материально, в духовном завещании, составленном незадолго до смерти в 1502 году, отказал эти права еще раз — теперь Фердинанду Испанскому и его супруге Изабелле Кастильской.
Тем временем в Москве борьба двух придворных кланов привела к раскрытию в декабре 1497 года заговора. Якобы дьяки и дети боярские — Федор Стромилов, Владимир Гусев, князь Иван Палецкий, Афанасий Яропкин и иные с ними, подговаривают княжича Василия убить сводного брата Дмитрия и совершить переворот. Особо говорилось о великой княгине, которая приваживает московских знахарок, варит с ними зелья, чтобы погубить противников княжения Василия ядами. В случае неудачи заговорщики собирались захватить московскую казну и уйти на север, суля князю Василию в борьбе за московский престол поддержку белозерских монастырей и «верхних людей» Вологды и Новгорода.
В подтверждение этих слов кремлевская стража захватила нескольких московских баб, идущих к великой княгине Софье, — и при них действительно нашли какие-то «зелья». Так и выстроилось все: странная смерть княжеского сынанаследника Ивана, увлечение княгини зельями, арест знахарок... Каждое лыко многолетних наговоров и нашептываний встало в свою строку. Жену князь удалил от себя и стал жить «в бережении от нее», заговорщиков казнили, а знахарок утопили в Москве-реке.
В четвертый день февраля 1498 года князь венчал внука своего Дмитрия Ивановича на великое княжение, возложив на него в Успенском соборе символы власти — мономахов венец и бармы. Казалось, что уж теперь «греческой партии» пришел конец. Но у Софьи Фоминичны нашлись верные союзники в лице Иосифа Волоцкого и Геннадия Гонзова. Неизвестно, сколь ревностна в вере была Софья Фоминична в действительности, но противоположная партия буквально заталкивала ее в стан борцов с «жидовствующими»! Победа над сектой означала победу над политическими противниками, а потому именно люди Софьи Фоминичны — греки Юрий и Дмитрий Траханиоты — помогли борцам с ересью подготовиться к дискуссии, присылая из Италии нужные книги, а также ученых и богословов, слово которых много значило для князя Ивана Васильевича.
Это противостояние, где переплетались интересы политики и религии, заслуживает отдельного рассказа, а для нашего исследования важно, что доказанная связь княгини Елены и князя Дмитрия Ивановича с сектой, отрицавшей христианские догматы, послужила приговором. Не мог князь, претендовавший на наследие византийских императоров, допустить, чтобы власть после него перешла в руки «жидовствующего» внука!
Сначала зимой 1499 года были взяты под стражу князь Семен Иванович Ряполовский и его тесть Иван Юрьевич Патрикеев с двумя сыновьями, обвинявшиеся в заговоре против великой княгини. Князя Ряполовского обезглавили на льду Москвы-реки 5 февраля того же года, а его сродников Патрикеевых понудили принять монашеский постриг. Тогда же из-под стражи был освобожден князь Василий Иванович, а Софья Фоминична вернулась к супругу. Придворная партия и круг «жидовствующих» с каждым днем теряли людей и влияние, а увенчалось это полным разгромом противников «гречанки»: 11 апреля 1502 года вышло распоряжение великого князя не поминать князя Дмитрия в ектиньях; его и княгиню Елену Стефановну взяли под стражу. Спустя три дня — 14 апреля — регалии великого княжения были торжественно возложены на князя Василия Ивановича.
После столь значительных политических изменений в расстановке политических сил высшая власть, словно прозрев, обрушилась на еретиков со всей возможной силой и жестокостью. Теперь инициатором их преследования выступал сам великий князь Иван. По его настойчивому желанию в 1504 году был созван «собор на жидовствующих», но сам князь от участия в его работе уклонился, препоручив ведущую роль объявленному наследником великому князю Василию Ивановичу.