Отмена Нантского эдикта в 1685 году лишь укрепила связи Коньяка с протестантской частью Европы. Осевшие в Англии, Голландии и других странах гугеноты из Лa-Рошели поддерживают тесные контакты со своими земляками. Поскольку на протяжении значительной части XVII и XVIII веков между Англией и Францией ведутся войны и торговля затруднена, возрастает роль контрабандистов, главная база которых находится на Джерси — английском острове с франкоговорящим населением. Именно оттуда в Коньяк перебирается Жан Мартель, основавший в 1715 году знаменитую фирму, по сей день носящую его имя.
Начавшееся с конца XVII века распространение бутылок для хранения и транспортировки вина затронуло Шаранту в наименьшей степени. Коньяк по-прежнему экспортируется в бочках, с тем, чтобы потребитель мог выдерживать его у себя сколько пожелает. Даже в начале XIX века коньяк отгружают в бутылках только самым престижным клиентам. Массовое использование бутылок начинается в Шаранте лишь с середины XIX века, но и в наши дни отдельные фирмы, по желанию клиента, поставляют свои коньяки в бочках для выдержки (в Англии такие коньяки называют early landed).
На протяжении XVIII века совершенствуется технология производства коньяка, который приобретает все качества, присущие ему и сегодня. Основываются некоторые из существующих и поныне коньячных домов: "Реми Мартен", "Готье", "Эннесси" ("Хеннесси"), "Отар". Начинается экспорт в Америку. К коньяку приходит мировая слава.
В XIX веке продажи коньяка увеличиваются, развивается производство этикеток, пробок, бутылок. Появляются новые дома: "Хайн", "Курвуазье", "Арди", "Камю", "Дени-Мунье", "Салиньяк"… Серьезный прогресс достигнут благодаря подписанию в 1860 году по инициативе Наполеона III соглашения с Англией о свободной торговле.
Серьезнейшей проблемой стало появление на французском рынке большого количества поддельных вин и коньяков. Причина коренилась в обрушившемся на Францию и Европу в конце XIX века невиданном прежде бедствии, имеющем научное название phylloxera vastatrix. Филлоксера — случайно завезенная из Америки тля — за несколько лет уничтожает почти все французские виноградники. Страна переживает глубочайший экономический и социальный кризис. Площадь виноградников Шаранты сокращается с 280 тысяч гектаров до 40 тысяч. В связи с резким падением производства вин и коньяков на французском и мировом рынке возникают пустоты, которые заполняются многочисленными подделками. Мошенники, продающие свое бренди как коньяк, базируются не только во Франции. Немало таких "коньяков" производят в Италии и Германии. Французское правительство начинает борьбу с самозванцами.
Первый шаг сделан еще в 1891 году, когда на Мадридской конференции страны-участницы берут обязательство уважать наименования сельскохозяйственной продукции по ее происхождению. Затем следуют законы и правительственные указы от 1903, 1905 и 1907 годов (в частности, запрет добавлять в коньяк ароматизаторы). К этому времени находят и способ борьбы с филлоксерой — подвой. Французские сорта винограда начинают выращивать на корнях устойчивой к филлоксере дикой американской лозы, не принадлежащей к виду vitis vinifera; ее корни защищены более толстой корой, прогрызть которую "проклятый клоп" не в состоянии. Постепенно все начинает приходить в норму.
Ситуация в Шаранте, впрочем, даже в этот тяжелый период не была такой скверной, как в большинстве других винодельческих регионов — например, в Шампани, где дошло до открытого бунта. Но в Шаранте крупные коньячные дома всегда поддерживали хорошие отношения со своими поставщиками-виноградарями, никогда не отказывая им в поддержке в трудную минуту. Кроме того, благодаря прекрасным урожаям, предшествовавшим появлению филлоксеры, в Шаранте были накоплены значительные запасы коньячных спиртов, поэтому многим производителям удалось остаться на плаву и к 1910 году возобновить производство, хотя уже далеко не в прежних масштабах. Именно в этот период на мировую авансцену выходят производители виски, воспользовавшиеся временными трудностями конкурентов и с тех пор прочно удерживающие лидерство на рынке крепких спиртных напитков, что заставляет коньячные дома постоянно совершенствовать методы работы и искать новые формы продвижения своей продукции.
Французские власти между тем продолжают ужесточать контроль за производством вин и крепких спиртных напитков. 1 мая 1909 года выходит правительственный указ, устанавливающий точные границы винодельческого региона Коньяк. Затем следует череда новых законов и указов (1919, 1921, 1929, 1936, 1938, 1940, 1946, 1951, 1952 и 1983 годов). Проведены границы субрегионов Коньяка, регламентированы сорта винограда, технология производства и ведение документации производителями.