В развитии биологии как науки можно выделить несколько этапов. Наиболее ранним и очень важным этапом было описание самого предмета изучения — многообразия живых существ, установление родства разных видов организмов, выявление их сходства и отличий. Этим занимаются такие разделы биологии как систематика (греч. "система" — целое, составленное из частей) и таксономия (от греч. слов "таксис" — порядок и "номос" — закон). Систематика занимается изучением взаимоотношений и родства различных групп живых организмов. Таксономия, которая раньше обозначала то же, что и систематика, сейчас считается ее разделом, классифицирующим на основе определенных признаков соподчиненные группы объектов — таксоны. То, по каким признакам следует объединять организмы в группы, также является предметом научного исследования в таксономии. Легко отличить человека от кактуса, но, например, два вида жучков или грызунов отличить бывает не так-то просто. В истории биологии есть множество примеров, когда одно животное или растение описывали под разными названиями, или разные стадии жизненного цикла одного животного, или самца и самку одного вида считали разными видами. Именование видов живых организмов также составляет предмет науки. Есть тривиальные названия (например, ромашка — этим именем неспециалисты называют несколько совершенно разных цветковых растений) и научные названия, например, ромашка аптечная (Matricaria chamomilla) и ромашка пахучая (Matricaria matricarioides).
Другой примеры: Betula alba — береза (название рода) белая (название вида); Viola tricolor — фиалка трехцветная; Homo sapiens — человек разумный; Homo erectus — человек прямоходящий.
Тривиальные названия на всех языках разные, и они не составляют особой системы. Для унификации научных названий 300 лет назад использовали латынь, и сейчас в научных работах обязательно даются латинские названия видов (для ромашек они указаны в скобках). Современная номенклатура, называемая биноминальной номенклатурой, была введена шведским врачом и естествоиспытателем Карлом Линнеем (1707–1778). До Линнея названия живых организмов были многословными, представляли длинные описания. Линней ввел названия, состоявшие из имени рода и вида.
Первым указывают родовое название, вторым — видовое. Родовое название всегда пишется с большой буквы, видовое — всегда с маленькой. Кроме того, латинское название дается курсивом. Соблюдение этих правил указывает на грамотность автора.
В научных статьях при первом упоминании организма в тексте обязательно указывают полное латинское название организма, при повторном упоминании родовое название указывают сокращенно, в виде первой буквы с точкой, например, М. matricarioides или Н. sapiens.
Научные латинские названия время от времени могут меняться из-за пересмотра классификации (например, введения нового рода или разделении ранее имевшегося рода на два отдельных) или по другим причинам.
Часто после латинского названия указывают фамилию исследователя, описавшего и назвавшего данный вид. Чаще всего встречается имя Линнея, которое — из-за его всемирной известности и потому, что он описал около десяти тысяч видов — сокращено до начальной буквы фамилии (Matricaria chamomilla L.)
Все живые организмы подразделяются на три больших группы, называемые доменами: археи, бактерии и эукариоты. Домены подразделяются на царства. Раньше, весь живой мир делился на растения и животные, потом были добавлены протисты (простейшие, или одноклеточные) Геккелем в девятнадцатом веке. Потом были выделены в отдельное царство бактерии. Это царство впоследствии было разделено, как мы уже говорили, на эубактерий (собственно бактекрий) и архебактерий (архей). Грибы ранее относили к растениям, но сейчас их считают отдельным царством.
Всего живых организмов существует несколько миллионов видов. Для того, чтобы как-то упорядоченно их описать, их классифицируют либо по степени родства, либо по каким-либо морфологическим признакам, и объединяют в группы — таксоны (от греч. «таксис» — расположение). Раздел биологии, занимающийся описанием многообразия живых существ, как ныне живущих, так и вымерших, называется таксономией, или, систематикой (от греч. «систематикос» — упорядоченный). Систематика — это не система живых организмов, а научная работа, исследование по созданию такой упорядоченной системы. Таких систем предложено несколько.
Итак, группа организмов, сходных по происхождению либо по каким-то другим признакам, называется таксоном. Таксон высшего порядка — это домен. Затем идет таксон, называемый царством, затем для животных идет тип, класс, отряд, семейство, род и вид. При классификации растений выделяют такие же таксоны, что и у животных, но с небольшими отличиями. Таксон того же ранга, что тип у животных, называется отделом, а отряду соответствует таксон, называемый порядком. Названия отличаются исключительно по историческим причинам, а не из-за наличия какого-либо глубокого смысла. Разные исследователи выделяют от 4 до 26 различных царств, типов — от 33 до 132, классов — от 100 до 200.