В Санто-Доминго уже несколько лет не было вообще никакой регулярной армии, а гаитянские войска имели боевой опыт 10-летней борьбы против французов.
В феврале 1822 года, предварительно заручившись поддержкой нескольких губернаторов приграничных районов Испанского Гаити, 50-тысячная армия Бойера пересекла границу. Сопротивления гаитяне практически не встретили. Бывшие рабы были на стороне своих собратьев из Гаити.
Нуньес де Касерес сдался, и 9 февраля 1822 года гаитянские войска оккупировали Санто-Доминго, будучи встречены большинством населения с энтузиазмом. Нуньес де Касерес торжественно передал Бойеру ключи от города.
Гаитяне ввели в новоприобретенной части своего государства воинскую повинность, проводили политику экспроприации поместий белых землевладельцев (они передавались гаитянским офицерам-неграм), ограничивали использование испанского языка. Согласно испанской традиции, многие земли находились в собственности общин, и попытки разбить их на участки и передать в частную собственность встречали сопротивление жителей, особенно скотоводов, терявших пастбища.
За подрывную деятельность был закрыт университет Санто-Доминго, самый старый в Западном полушарии. Католическая церковь потеряла всю собственность, а все священники-иностранцы (в основном, испанцы) были высланы из страны.
Такая политика насильственной ассимиляции только усиливала среди испаноязычных жителей острова осознание собственной культурной и национальной идентичности.
Бывшие белые землевладельцы массово эмигрировали на Кубу и Пуэрто-Рико, находившиеся в то время в составе Испании.
В 1825 году Бойер подписал с Францией договор о выплате 150 миллионов франков в обмен на признание независимости, и хотя эта гигантская сумма была снижена до 90 миллионов в 1838-м, ее выплата нанесла сильнейшей удар по экономике объединенной страны. Доминиканцев обложили тяжелыми налогами. Кроме того, гаитянские солдаты и офицеры обычно не получали регулярного жалованья и занимались повальными самочинными «реквизициями», активно используя оружие. Бывшие рабы не желали в принудительном порядке выращивать экспортные культуры, чтобы дать государству деньги, необходимые для расплаты с Францией.
Для выплаты долга (чтобы заплатить бывшей метрополии компенсацию, Бойеру пришлось занять у той же Франции 30 миллионов франков) гаитяне, по сути, ввели на всем острове крепостное право. Получавшие земли бывших белых плантаторов фермеры прикреплялись к своим участкам и должны были сдавать государству определенное количество сельскохозяйственной продукции.
Никакой демократии и стабильности гаитяне тоже не принесли. Формально в стране действовала скопированная с США демократическая конституция. Однако фактически испаноязычные жители были превращены в граждан «второго сорта»: они не имели права занимать высшие государственные должности, их свобода передвижения по стране была ограничена. Ночью действовал комендантский час, было запрещено передвигаться по острову большими группами.
Долгое время подавляющее военное превосходство гаитян не давало возможности бывшим жителям Испанского Гаити развернуть какую-либо оппозиционную, а тем более повстанческую деятельность. В 1838 году Хуан Пабло Дуарте, Рамон Матиас Мелья и Франсиско дель Росарио Санчес основали подпольное общество «Ла Тринитария» («Троица»)[23] с целью завоевания независимости от Гаити.
В 1843 году остров постигло очередное сильное землетрясение, которое послужило сигналом к восстанию населения франкоязычной части Гаити во главе с Шарлем Ривьер-Эраром. «Тринитарии» (число которых с 1838 года заметно выросло) поддержали восстание. 13 февраля 1843 года Бойер бежал на Ямайку, откуда перебрался во Францию.
Однако новый гаитянский президент Ривьер-Эрар отнюдь не желал предоставить бывшему Испанскому Гаити независимость. Общество «тринитариев» подверглось репрессиям, многие его члены были арестованы или эмигрировали. Бежавший с острова лидер повстанцев Дуарте обратился за помощью к Колумбии и Венесуэле, но получил отказ. В это же время торговец деревом и депутат гаитянского парламента Буэнавентура Баэс вел переговоры с французским генеральным консулом о переходе бывшего Испанского Гаити под протекторат Франции.
27 февраля 1844 года (с тех пор эта дата празднуется в Доминиканской республике как День независимости) повстанцы-«тринитарии» захватили крепость Осама в городе Санто-Доминго. Гаитянский гарнизон в панике бежал. В течение двух дней все гаитянские чиновники покинули Санто-Доминго. Повстанцы образовали временную правительственную хунту во главе с Рамоном Мелья. Главными силами хунты были крестьяне-батраки богатого скотовода Педро Сантаны, которых он снарядил на собственные средства.