Самому Лелевелю этот вопрос, как кажется, был более или менее безразличен. Он был воспитан в католической религии, но очень давно отошел от нее, хотя не потерял веры в бога. В 1852 году он писал: «Я хотел бы, чтобы кто-нибудь доказал и разъяснил, что Христос имел целью не утверждение какой-либо религии, а насаждение братства вероисповеданий… Есть все условия для братства, только недостает братских чувств, а особенно цапаются между собой кропленые водой». В другом письме он сказал так: «Набожность прекрасна, богобоязненность желательна, но ханжество — это гнусность и заразная болезнь».
Свое отношение к церкви и священникам он определял в зависимости от их отношения к Польше и демократии. Папы признавали законность разделов Польши, искали покровительства у монархов Священного союза и публично осуждали польских революционеров. Польские епископы также относились недоброжелательно к национальным восстаниям, а в социальной области оказывали моральную поддержку имущим классам. В эмиграции был активен специальный польский монашеский орден — «воскрешенцы», они прямо осуждали как грех всякую конспиративную деятельность, всякие контакты с революционерами других стран. Почти вся церковная иерархия стала на сторону монархий божьей милостью и феодального мира. Не удивительно поэтому, что Лелевель-историк свою враждебность церкви переносил и в область прошлого. По его мнению, латинская цивилизация исказила развитие польской нации и ускорила падение гминовладства. Иезуиты в XVI веке разожгли в Польше религиозные раздоры и утвердили господство магнатской олигархии. В своих научных трудах Лелевель неоднократно выражал свои антиклерикальные убеждения. Его всегда возмущали попытки отождествления Польши с католицизмом. Таким образом от польского народа отделяли всех граждан иного вероисповедания. «Почему это Польша должна иметь исключительное католическое призвание, почему это она должна быть исключительно католической, когда все народы в Европе были или являются католическими, а есть такие, о которых можно сказать: более католические, чем Польша», — писал он в 1849 году.
Таким образом, воюя с церковью, Лелевель, однако, разделял христианскую мораль, может быть, более убежденно, чем какой-нибудь святоша. «Мне все равно, — говорил он на склоне лет, — что пишут обо мне при жизни, а уж тем паче, что будут писать после смерти. Назовут ли меня кровопийцей, разбойником, убийцей, подстрекателем — ведь я буду вести счет не с генералом, не с ксендзами, не с моими протекторами, не с ложным мнением, а с самим собой, и не с людьми, а со всемогущим создателем».
Однако Лелевелю не было суждено удержаться в этой позиции до конца. Брюссельские католики хлопотали, чтобы публично примирить с богом этого старика. Уже упомянутая госпожа Дашкевичова привела к нему французского монаха отца Дешана, который уговаривал его, пока безуспешно, исповедаться. После смерти Лелевеля в его бумагах был найден незаконченный фрагмент завещания со следующей фразой: «Я не знаю, каков будет мой конец, буду ли я подкреплен религией или буду лишен ее утешения. Но я заявляю, что рожденный и воспитанный в римско-католической церкви, я был и остаюсь верен этой церкви по свободному выбору своей совести». Может быть, известие об интригах церковных сфер вокруг Лелевеля достигло Парижа и в связи с этим Галензовский и Янушкевич (по имеющимся сведениям, влиятельные масоны) поторопились вырвать старого ученого из-под опасного влияния.
26 мая 1861 года Лелевель сердечно попрощался с семьей своих хозяев. Уезжая, он не забыл уплатить им 30 франков за испорченный во время болезни матрац. На вокзале его провожали группа поляков и депутаты от нескольких бельгийских университетов. Поезд отошел в час дня. Лелевель успокоился и чувствовал себя лучше; при виде деревьев за окнами вагона он сказал: «Уже тринадцать лет, как я не видал леса». Вечером они приехали в Париж; на вокзале их ожидала коляска, которая отвезла больного в лечебницу доктора Дюбуа. Лелевель снова разгневался при виде элегантной спальни, красного дерева, зеркал и ковров. «Вы выбрасываете деньги в окошко!» — кричал он, стуча палкой. В этом чуждом ему мире роскоши ему было суждено прожить только двое суток. 28 мая его состояние существенно ухудшилось. Лелевель свободно беседовал до вечера с Галензовским и Янушкевичем, поскольку никто более из поляков не был уведомлен о его приезде в Париж. Больной распорядился своими немногочисленными мелочами — палкой, часами, кольцом, табакеркой; он не забыл оставить памятки далеким варшавским племянникам.
На следующий день между шестью и семью часами утра, когда никого не было в комнате, Лелевель умер.
В своем завещании он просил друзей «не искать денег на бессмысленный расход похорон. Они найдут десяток франков, оставленных на этот случай, и этого достаточно. Мои похороны должны соответствовать моему образу жизни. Одна лошадь вполне может отвезти на место погребения тело, положенное в гроб, сбитый из четырех досок».