Осенью 1902 года отец Иоанн в письме митрополиту Антонию (Вадковскому) ставит вопрос о судьбе монастыря: «Основав, с Божией помощью, при пособии добрых людей и при непрестанных ежедневных трудах молитвенных, великолепное и обширное подворье с величественным храмом, под именем Сурского подворья, для обеспечения основанного мною на родине в селе Сурском Архангельской губ. женского монастыря, я нашел, что это сооружение в столице слишком художественно и обширно, чтобы ему быть подворьем и находиться под двумя началами духовного управления: Петербургского Владыки — Митрополита и Архангельского епископа, и что ему лучше быть петербургским самостоятельным женским монастырем и в ведении одного митрополита С.-Петербургского, с тем неизменным всегда условием, что третья часть доходов обители (только не от доходов дома каменного 5-этажного при обители) поступала ежегодно в разные сроки года в Сурскую женскую обитель и чтобы на первых порах не облагать эту новую обитель разными обязательствами и налогами, требующими больших денежных расходов»[173]. Просьба Иоанна была удовлетворена, и подворье было преобразовано в самостоятельный Иоанновский женский монастырь, который и был переведен из Архангельской в Санкт-Петербургскую епархию[174].
17 декабря 1902 года состоялось торжественное освящение главного монастырского храма в честь Двенадцати Апостолов с приделами Казанской Божией Матери и святого Андрея Критского. Чин освящения совершал Антоний, митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский в сослужении с многочисленным черным и белым духовенством. Храм был переполнен молящимися, среди которых выделялось много высокопоставленных лиц. На момент освящения в монастыре находились 80 сестер, большинство которых перешло из Сурской общины. В подвальном помещении храма находилась еще одна церковь, в честь пророка Илии и преподобной Феодоры, чьи имена носили родители отца Иоанна.
Еще при жизни Иоанна Кронштадтского монастырь стал вполне благоустроенным и находился на полном самообеспечении. В обители проживало более 350 насельниц. В монастыре работали золотошвейная и белошвейная мастерские, типография, большая иконописная мастерская, лазарет на десять коек, просфорня с двумя печами. Перед монастырем с восточной стороны был разбит небольшой сад, а с западной находился образцовый огород, с которого сестры ежегодно снимали богатый урожай, несмотря на его небольшие размеры.
…С именем Иоанна Кронштадтского связана история еще одного известного монастыря — Пюхтицкого. На северо-востоке Эстонии, между Финским заливом и Чудским озером, там, где посреди обширной равнины возвышается тремя уступами величественный живописный холм, носивший в древности название Куремяги (Журавлиная гора), по преданию, явилась в XVI веке Божия Матерь. Своим пришествием она освятила ключевой источник у подножия горы, а на древнем дубе оставила икону Своего Преславного Успения. С тех пор местные жители прозвали гору Пюхтицкой, то есть Святой, а у древнего дуба построили деревянную часовню, где и поставили обретенную икону. Вскоре рядом с часовней была возведена новая, более обширная, перестроенная позднее в Успенскую церковь. Отовсюду шли сюда люди поклониться образу, дарованному Самой Царицей Небесной, омыться в животворящих водах источника, прославившегося многими чудотворениями и исцелениями. Ежегодно на праздник Успения Божией Матери в Пюхтицы собиралось такое множество паломников, что во время всенощной вся гора была усеяна огоньками свечей, которые держали в руках молящиеся.
О совершающемся на Святой горе ежегодном праздновании Успения Божией Матери при стечении богомольцев стало известно правящему архиерею епископу Рижскому и Митавскому Арсению (Брянцеву) и эстляндскому губернатору князю С. В. Шаховскому. Именно они стали инициаторами основания здесь обители.
В декабре 1886 года в приемной товарища обер-прокурора Святейшего синода В. К. Саблера состоялась знаменательная встреча князя С. В. Шаховского с Иоанном Кронштадтским. Князь преподнес Иоанну брошюры о Богородичной горе, иконку с изображением Успения, рассказал о жизни православных в Эстляндии. В частности, о том, что в центральном для русского влияния на сельское население местечке Йевве решено было устроить ряд благотворительных учреждений, забота которых простиралась бы и на эстонское население. К тому времени удалось начать строительство школы на 150 учеников, открыта лечебница.
О встрече узнала и супруга князя Елизавета Дмитриевна Шаховская. В письме Иоанну она подробно рассказала о трудах, просила молитвенной помощи. Иоанн откликнулся тотчас и переслал свой первый денежный взнос — 200 рублей[175].