5 апреля 1902 года на квартире Д. Дарахвелидзе наш герой был арестован по делам о забастовке на заводе Ротшильда и батумской демонстрации 9 марта. Ничего компрометирующего при аресте обнаружить не удалось, но 8 апреля охрана тюрьмы перехватила записки, написанные Иосифом. На допросах он утверждал, что во все время батумских событий, вплоть до середины марта, жил в Гори у матери. В записках Джугашвили просил информировать мать о своем аресте, чтобы она подтвердила, что с лета 1902 года он безвыездно жил в Гори. Батумские жандармы стали догадываться о важной роли Джугашвили в батумских событиях и запросили о нем данные из Тифлиса. В результате стало известно что Джугашвили, по агентурным данным, является членом Тифлисского комитета РСДРП. В заключении прокурора Тифлисской судебной палаты говорилось: «Что же касается проявления преступной деятельности Джугашвили в г. Батуме, то хотя в этом отношении в произведенном помощником начальника Кутаисского ГЖУ по Батумскому округу дознании имеются некоторые указания на то, что Иосиф Джугашвили был причастен к рабочему движению, возбуждал рабочие беспорядки, устраивал сходки и разбрасывал противоправительственные воззвания, – но все эти указания лишь вероятны и допустимы; никаких же точных и определенных фактов по сему предмету дознанием не установлено и указание на участие Джугашвили на сходках и на распространение им по г. Батуму революционных воззваний основывается единственно на предположениях, слухах или возбуждающих сомнение в достоверности подслушанных отрывочных разговорах. При таком положении дела характер деятельности Иосифа Джугашвили за время пребывания его в Батуме подлежит считать невыясненным». Ничего не дало и следствие о возможной причастности Джугашвили к Тифлисскому комитету.
23 ноября 1902 года Джугашвили обратился с «нижайшим прошением» к главноуправляющему гражданской частью на Кавказе князю Г.С. Голицыну: «Все усиливающийся удушливый кашель и беспомощное положение состарившейся матери моей, оставленной мужем вот уже 12 лет и видящей во мне единственную опору в жизни, заставляет меня… обратиться к Канцелярии главноначальствующего с нижайшей просьбой освобождения из-под ареста под надзор полиции. Умоляю Канцелярию главноначальствующего не оставить меня без внимания и ответить на мое прошение». Просьба была оставлена без ответа, хотя об освобождении также просила мать узника.
Джугашвили оставался в батумской тюрьме вплоть до 19 апреля 1903 года, когда его перевели в кутаисскую тюрьму. Это стало следствием организованной им демонстрации заключенных против экзарха Грузии, посетившего батумскую тюрьму двумя днями ранее.
В кутаисской тюрьме Сталин встретился с социал-демократом Григорием Уратадзе, который впоследствии вспоминал: «На вид он был невзрачный, оспой изрытое лицо делало его вид не особенно опрятным… Все портреты, которые я видел после того, как он стал диктатором, абсолютно не похожи на того Кобу, которого я видел в тюрьме в первый раз, и на того Сталина, которого я знал в продолжении многих лет потом. В тюрьме он носил бороду, длинные волосы, причесанные назад. Походка вкрадчивая, маленькими шагами. Он никогда не смеялся полным открытым ртом, а улыбался только. И размер улыбки зависел от размера эмоции, вызванной в нем тем или иным происшествием… Был совершенно невозмутим. Мы прожили вместе в кутаисской тюрьме более чем полгода, и я ни разу не видел его, чтобы он возмущался, выходил из себя, сердился, кричал, ругался, словом, проявлял себя в ином аспекте, чем в совершенном спокойствии. И голос его в точности соответствовал его «ледяному характеру», каким его считали близко его знавшие».
В описании, данном Уратадзе, позднее ставшим противником Сталиным, легко заметить черты характера, которые идеально подходят для политика, полагающегося в достижении своих целей на интригу. Сталин прекрасно умел хранить в тайне от окружающих свои подлинные чувства, усыплять бдительность будущих жертв и сохранять невозмутимость в самых критических ситуациях.
По представлению министерства юстиции, в июле 1903 года Джугашвили был определен трехлетний срок административной ссылки в Иркутскую губернию. Однако тут возникла пикантная ситуация. Поскольку о переводе арестанта в кутаисскую тюрьму не было извещено Главное тюремное управление, там продолжали считать, что Джугашвили находится в батумской тюрьме и, не обнаружив его там, решили, что он был выпущен под надзор полиции, и даже объявили его в розыск. Только 4 сентября выяснилось, что Джугашвили пребывает в кутаисской тюрьме. Здесь он 28 июля успел организовать бунт заключенных. Они требовали прекратить издевательства со стороны стражников, устроить в камерах нары (спать приходилось на цементном полу), предоставлять баню дважды в месяц и не допускать грубого обращения с узниками. В знак протеста заключенные стали бить по железным воротам тюрьмы. Гулкие удары всполошили весь Кутаис. Требования были удовлетворены, но после этого всех политических поместили в отдельную камеру – чтобы не смущали тюремный люд.