Быстрый рост самообороны встревожил власти: уже в конце апреля 1903 г. министр внутренних дел В.Плеве писал в циркуляре губернаторам: "Никакие кружки самообороны быть не должны". Участников самообороны арестовывали, конфискуя собранное ими оружие. Тем не менее, уже через несколько месяцев после Кишиневского погрома еврейская самооборона смогла приступить к активным действиям: в начале сентября 1903 г. ее отряды численностью в несколько сотен человек с оружием в руках выступили против погромщиков в Гомеле. Ядро этих отрядов, во главе которых стоял И.Ханкин, составила военизированная организация
Еврейская самооборона энергично действовала в период революции 1905-1907 гг. В апреле 1905 г. вооруженные группы еврейской молодежи разогнали погромщиков в Мелитополе и Симферополе, в июле — в Екатеринославе. В Керчи 31 июля 1905 г. по приказу градоначальника был обстрелян отряд самообороны, пытавшийся остановить погром, в который переросла патриотическая манифестация; погибли два бойца самообороны, один из них — русский гимназист П.Кирилленко.
В октябре 1905 г., когда кровавые погромы охватили многие губернии России как в черте осёдлости, так и за ее пределами, в 42 населенных пунктах действовали организации самообороны; 30 из них приняли непосредственное участие в борьбе с погромщиками.
В Одессе еврейская самооборона и студенческая милиция, в которую входили и евреи, и христиане, поначалу смогли приостановить антиеврейские беспорядки на целом ряде улиц; многие погромщики были убиты и ранены, свыше 200 человек разоружены и взяты под стражу в здании Новороссийского университета. Лишь после того, как генерал-губернатор города А.Каульбарс двинул против "революционеров" (к которым была отнесена и еврейская самооборона) войска, включая казачьи части, и приказал им использовать все виды оружия, вплоть до артиллерии, погром возобновился и продолжался несколько дней. Погибло свыше 400 евреев, в т. ч. немало участников самообороны.
В Киеве еврейские боевые группы упорно сражались с погромщиками несмотря на то, что на стороне последних выступили казаки; половину убитых в ходе столкновений и умерших впоследствии от ран составили участники погрома. В Екатеринославе бойцы еврейской самообороны уничтожили 47 погромщиков. В Полтаве благодаря решительным действиям отряда
С поражением революции 1905-1907 гг. и прекращением нападений на евреев отряды самообороны распались или превратились в подпольные военизированные организации еврейских политических партий левой ориентации. Некоторые руководители и участники еврейской самообороны переселились в Эрец-Исраэль, где многие из них стали
В декабре 1917 г. Трумпельдор с разрешения большевистских властей организовал в Петрограде еврейский батальон численностью около тысячи человек, однако уже в феврале 1918 г. эта часть была расформирована.
93