Вернувшись в Ирак, Саддам Хусейн, к этому времени уже видный член партийного руководства, занялся вопросами государственного укрепления, заняв должность члена Центрального Крестьянского Бюро и начальника Службы порядка партии БААС.
Хотелось бы вспомнить и о том, что год возращения в Ирак ознаменовался и изменениями в личной жизни Саддама. Еще в Сирии он обручился со своей двоюродной сестрой, дочерью воспитавшего его дяди. Хотя жизнь в Каире была неспокойной, но именно здесь в этом сказочно красивом городе объединились два любящих сердца. Жених и невеста вместе росли, хорошо знали, искренне любили друг друга. Собравшиеся гости были молоды, полны надежд, вели бесконечные споры о будущем Ирака, о том, как сделать счастливой жизнь своего народа. Всем запомнилась фраза за свадебным столом, имевшая бурный успех: "У Саддама очаровательная, застенчивая невеста, но нельзя застенчиво защищать родину".
Свадьба состоялась весной 1963 года, вскоре после возвращения жениха в Ирак. Через год родился первенец – сын Удей. В 1966 году – второй сын Кусай, а затем и 3 дочери – Рахжд, Рана и Хала. После свадьбы Саддам снова полностью отдает себя политической деятельности.
К работе он относился и ответственно, и с неизменной критичностью. Основные ошибки руководства Саддам Хусейн видел в отсутствии подлинно товарищеских отношений, в ненасытном желании власти. Против революции силами реакции были организованы заговоры, и она не устояла, несмотря на необычную революционную энергию народа и его решимость строить новую жизнь.
Руководству партии, как писал сам С. Хусейн, при всей энергии не хватило зрелого ума, сильного революционного разума для окончательной победы. Не было и достаточного опыта, а вот соблазн власти и пустословие, разобщенность сыграли негативную роль. Власть стала яблоком раздора. Разногласия в партийном руководстве привели и к открытым вооруженным столкновениям. Началась новая волна арестов среди рабочих и крестьян, торговцев и студентов, интеллигенции и военных. Арестовано было более 18 тыс. человек. Кризис в партии в ноябре 1963 года стал переломным в сознании С. Хусейна. Он ощутил глубокую ответственность за судьбы товарищей, за весь Ирак, за всю арабскую нацию. И хотя в тот момент он не являлся членом руководства Партией и никаких полномочий у него не было, чтобы противостоять расколу, Саддам сам берет на себя руководство, выпускает заявление об отмежевании от большей части старого руководства, виновного в провале революции, становится членом Временного национального руководства.
Саддам Хусейн основательно укрепляет свои позиции в партии, занимая несколько руководящих постов, в том числе по связям с военными объединениями за пределами Багдада, создав Бюро офицеров запаса. Начинается разработка планов реализации самой дерзкой и заветной мечты – организация государственного переворота. Разрабатывается два варианта плана государственного переворота. Согласно первому, предстояло сбить самолет правительства, по второму – уничтожить руководство в президентском дворце во время заседания правительства. Но летчик оказался осведомителем и план сорвался. На 5 сентября 1964 г. назначается штурм президентского дворца. Казалось, что часы истории начинают отсчитывать новое время, но новая утечка информации и план оказывается раскрыт. По всем городам прокатилась волна арестов.
Был брошен в тюремные застенки и Саддам. Предатель выдал его местонахождение на конспиративной квартире. В завязавшейся перестрелке Саддам в одиночку отстреливался, пока не кончились патроны. И вот – два года тюрьмы в военной тюрьме № 1.
С. Хусейн вспоминает, что тюрьма была похожа на бойню. Дикие стоны, страдания, пытки. Пытки были изощренными: одних подвешивали к потолку, других приковывали к окну. Саддама Хусейна связывали и оставляли на три дня на стуле без сна. Но пытки закалили его дух, он становится еще упорнее и решительнее, поддерживает упавших духом, а себе составляет программу занятий. В тюрьме он закончил два курса юрфака, собрал библиотеку произведений мировой литературы и с удовольствием читал классиков марксизма, политическую литературу, переводные романы. Книги заключенным несли сами жители Багдада. Едва начинался рассвет, как у ворот тюрьмы уже выстраивались студенты, врачи, известные актеры и писатели, военные. Это была своеобразная акция солидарности с политическими заключенными.
В тюрьме Саддам придерживается строгих правил, которые сам для себя определил: берег время и силы – не курил и не играл в карты, как другие заключенные, следил за своим внешним видом и много учился. Он продолжал руководить партийным движением из тюрьмы, а переписка шла через его жену, которая прятала письма в пеленках их новорожденного сына Удея, которого приносила с собой на свидания к мужу.