Привыкшей к довольству и удобствам Евдокии было нелегко привыкать к суровой монашеской обстановке. Она не могла сначала выносить общей пищи сестер и питалась одним только черным хлебом. Со слезами молилась она о ниспослании ей помощи и была утешена дивным явлением. Во время тяжкой болезни, когда все считали Евдокию умирающей, в то время как в церкви совершалась Всенощная, больная заслышала издали пение тропаря праздника Успения Пресвятой Богородицы, и при последних словах: «Избавляеши от смерти души наша» – она ясно увидела, как два светлых мужа поставили перед ней икону Успения. Это было так живо, что ей казалось, будто сестры обители хотели утешить ее принесением иконы. С умилением помолилась она горячей молитвой – и тогда изображенная на иконе Божия Матерь точно оживилась и, сойдя с иконы, осенила Евдокию рукою Своею со словами: «Встань и укрепляйся – ты еще послужишь Мне много».
Вернувшись из церкви, монахини нашли Евдокию совершенно здоровой.
Когда пребывание Евдокии в Арзамасе стало известно ее дяде, он выписал ее к себе, но не мог удержать ее: она опять ушла от него и в сопровождении доверенного старого слуги отправилась в Старую Ладогу. Придя туда, она отправила его обратно, извещая дядю о поступлении в монастырь.
Принятая благосклонно игуменией, Евдокия вся отдалась молитвенному созерцанию; единственной пищей ее были черный хлеб и квас, которые раз в неделю ей приносила одна ладожская женщина. Послушание Евдокии состояло в чтении Псалтири над покойниками. Так она старалась исполнять то, что было бы тяжело другим монахиням.
В декабре 1777 года Евдокия приняла пострижение с именем Евпраксии, а в 1779 году старо-ладожская игумения, переведенная в другой монастырь, представила ее митрополиту как свою желательную преемницу. Высокая жизнь Евпраксии была уже настолько известна, что ходатайство игумении было исполнено, и на сорок пятом году жизни Евпраксия была сделана игуменией.
Теперь ей предстояло много забот по ведению и благоустройству монастыря.
Древний устав в обители подходил всего ближе к отшельническому, скитскому роду жизни; сестры помещались большей частью по две в келии, и игумения требовала, чтобы молодые всегда жили под руководством опытных стариц. С особой разборчивостью принимала она новых, особенно молодых монахинь, заботясь о том, чтоб среди них не оказалось привлеченных в монастырь случайными обстоятельствами, а не сознательным и глубоким призванием. Всеми силами старалась она искоренить распри, ссоры, пересуды и праздные встречи, и успела в том: нравственный уровень монастыря значительно повысился.
Предметом особо теплых забот игумении было благолепие церковное. Она старалась, чтобы не только в праздничные дни, но и в будни церковь была ярко освещена и сияла порядком и чистотой. На большие праздники в монастырь приглашалось для соборного служения окрестное духовенство. Часто случалось, что в тот день, когда церковные средства совершенно оскудевали и церковь было уже нечем осветить, неожиданно приносил помощь какой-нибудь незнакомый человек или она приходила из Петербурга, где имя Евпраксии становилось известным.
По глубокой вере своей игумения с дерзновением предпринимала для благолепия церковного такие дела, которые казались невыполнимыми, и довершала их. Скопив немного денег, она начала строить каменную колокольню, но дело встало из-за недостатка денег; глубоко скорбя об этом, Евпраксия провела всю ночь в горячей молитве. Наутро, когда она погрузилась в дремоту, ей было видение великомученицы Варвары, которая утешала ее. В тот же час приехала в монастырь помещица Желтухина, передала игумении пакет с деньгами, как раз в необходимом количестве, и рассказала, что великомученица Варвара во сне дала ей повеление вручить эту сумму денег игумении.
Когда колокольня была готова, Евпраксия отправилась в Петербург, чтобы лично привезти вылитый там новый колокол. Она ехала за подводой, в легкой повозке. Зима была в тот год лютая, со свирепыми метелями. На полдороге, во вьюгу, ночью ямщики сбились с пути, подвода застряла в глыбах снега, и лошади встали. Невдалеке были огни в окнах, и залаяли собаки. Но Евпраксия не хотела покинуть колокол в поле и идти в деревню, как предлагали ямщики. Она отпустила их с лошадьми, а сама осталась одна среди вьюги, в чистом поле, в своей повозке. Часто высовывалась она наружу, чтоб всмотреться в колокол. Среди ночи она почувствовала вдруг вместо лютого холода, дышавшего повсюду, теплоту. Чудный свет окружал ее повозку, и в этом свете стояли, охраняя Евпраксию, преподобные Александр Свирский и Сергий и Герман Валаамские.
Милостыню, получаемую монастырем, игуменья делила сестрам, имея с ними одинаковую долю. Часто волховские рыбаки заходили к ней за благословением перед ловлей и потом приносили ей часть улова, а иногда закидывали для нее особую тоню, и тогда попадало громадное количество рыбы. Свидетельницей того была, между прочим, именитая помещица, посетившая обитель после рассказов, которые слышала о Евпраксии в Москве.