Московское боярство именно с приездом в Москву Софьи Палеолог связывало начало своего конфликта с верховной властью. Во многом оно было право. Хотя почва для разрыва готовилась два столетия и он был неизбежен, она ускорила его. Отношения между боярством и великими князьями стали рваться именно с ее приездом. В правление Ивана III происходит драматическое увеличение силы, власти, влияния, народного престижа великокняжеской власти: территория государства расширяется в несколько раз; стоянием на Угре оканчивается двухсотсорокалетнее татаро-монгольское иго, войны с Литвой также чаще всего оканчиваются в пользу Москвы; после падения Константинополя, сделавшего Ивана III единственным независимым православным государем, а значит, и единственным истинно христианским монархом на свете, и особенно после брака Ивана III и Софьи Палеолог Москва начинает почитать себя наследницей Византийской империи.
Изменяется не только народное представление о власти великого князя, но и ее собственный взгляд на себя. Так же, как и народ, великий князь начинает видеть в себе наместника Бога. С этого времени верховная власть все больше тяготится традициями и ограничениями, среди которых она выросла и на которых была основана, и все настойчивее старается сбросить с себя их путы. Кажется даже, что она чувствует себя обманутой. В формуле «царь – наместник Бога», в которой боярство хочет видеть политическую программу царя, он видит лишь свою абсолютность и неподотчетность. Соотношение между влиянием бояр и влиянием великого князя меняется в правление Ивана III очень резко, и не только из-за усиления верховной власти – слабеет само боярство. Многочисленные фамилии потомков удельных князей, вливаясь в его состав при Иване III, размывают боярство, размывают цементирующие его в течение двух веков внутренние связи и традиции. Первый же серьезный конфликт между Иваном III и боярством не только заканчивается поражением последнего, но и – что гораздо важнее для его судеб – навсегда раскалывает знать на целый ряд враждующих партий и группировок.
От первого брака с Марьей Тверской у Ивана III был сын и наследник князь Иван, провозглашенный в 80-х годах великим князем и соправителем. В 1490 году он умирает. После него остается его сын, князь Дмитрий, внук Ивана III. В 1497 году традиционно настроенное боярство заставляет Ивана III провозгласить Дмитрия своим наследником, однако через год Иван III меняет свое решение, налагает на Дмитрия опалу и делает великим князем своего сына от Софьи Палеолог – Василия, будущего Василия III.
Начинаются первые боярские казни (казнен князь Ряполовский, пострижены два князя Патрикеевых, занимавшие первенствующее положение среди бояр Ивана). Отвечая псковичам на вопрос, почему он сделал своим соправителем вместо князя Дмитрия, своего сына князя Василия, Иван III говорит: «Разве я не волен в своем внуке и в своих детях? Кому хочу, тому и дам княжество».
Значение этого ответа велико. Впервые в истории Московского княжества власть начинает видеть свой источник не в традициях, а в себе самой. Традиционный порядок наследования в княжеской семье, бывший основой всего комплекса отношений между князем и боярами, умирает. Легитимизм боярства, его преданность и князю, и его наследнику, ранее почитавшаяся высшим достоинством московских бояр, теперь вызывает конфликт и разрыв между ними и князем. Великий князь, раздробив единую верность ему и его наследнику на верность ему и верность его наследнику, противопоставив одну другой, раздробил и расколол боярство. Разделив понятие верности, Иван фактически уничтожил и ее и те отношения, в основе которых она лежала. При крайней нелюбви бояр к Софье и Василию III, большинство из них все же предпочло верность князю верности его законному наследнику.
В 1504 году после смерти Ивана III большинство польских и литовских наблюдателей ожидало движения бояр в пользу Дмитрия и свержения Василия III, однако этого не случилось, бояре и здесь сохранили верность умершему князю, хотя их отношение к Василию во все время его правления оставалось очень холодным. Дмитрий так и умер в заключении.
Значение Софьи Палеолог не столько в том, что она родила Ивану III наследника более знатного, чем Марья Тверская, «царского корня», наследника не только Ивана, но и византийских императоров, который и был поэтому предпочтен, – с точки зрения московских людей того времени знатность Василия не давала ему никаких дополнительных прав на московский престол. Главное значение Софьи в другом. Рожденная и выросшая вне московских обычаев и традиций, никак не связанная с ними, она сумела и своему мужу внушить новый взгляд на отношения, связывающие его и его подданных, сумела объяснить не единственность, а значит, и не обязательность этих отношений. Свежий взгляд на русскую жизнь, который принесла с собой Софья, как нельзя лучше соответствовал внутренним желаниям верховной власти, и в рамках этого взгляда права Василия на престол были бесспорны.