После того, как во второй половине XVI века войсками Ивана Грозного Казань была взята и присоединена к России, началось подчинение завоеванных земель с мусульманским населением. Многие мусусульмане из золотордынской знати в XV–XVII веках присягнули на верность московским государям, приняли православие и перешли на службу к московским великим князьям, со временем составив значительную часть дворянства. От крещеных мурз и эмиров, а также иных служилых татар, берут начало такие известные дворянские фамилии как Загоскины, Адашевы, Ртищевы, Булгаковы, Голицыны, Измайловы, Татищевы, Апраксины, Крюковы, Балакиревы, Глинские, Бердяевы, Воронцовы, Аксаковы и многие другие. Однако далеко не всегда переход на русскую службу предполагал смену вероисповедания. С наделением землями служилых татар, сохранивших приверженность исламу, связано, к примеру, возникновение мусульманского Касимовского царства внутри русских земель. В 1447 году казанские царевичи – сыновья Алу-Мухаммада оказали поддержку великому князю Василию II в его возвращении на московский престол, который был захвачен галическим князем Дмитрием Шемякой. В благодарность за это царевичу Касыму был пожалован Мещерский городок на Оке, который получил название Касимов и стал затем столицей вассального от Москвы Касимовского царства. В Касимовском царстве поселялись, получая поместные наделы, служилые татары-мусульмане со своей челядью. Во второй половине XV века в Касимове была построена Ханская мечеть. Касимовское царство просуществовало до XVII века. Однако касимовские татары, живующие на этой территории, до наших дней татары сохранили свою приверженность исламу.
Находящимся на русской службе татарам-мусульманам выделялись также земли вокруг Серпухова, Звенигорода, Юрьева-Польского, Яхромы, Талдома. Мусульманские мурзы принимали активное участие в Земском Соборе 1613 года. Так, в утвержденной Собором грамоте об избрании на московский престол царя Михаила Романова имеются подписи семи мурз из Казани.
Во второй половине XVI века Россия завоевала Астраханское ханство. Вслед за ним покорилась Большая Ногайская орда, а потом Западная Башкирия, которая находилась под властью казанских ханов. В конце XVI века к России было присоединено Сибирское ханство. В течение XVIII века Россия боролась за Северный Азербайджан. Борьба завершилась присоединением последнего из азербайджанских ханств – Нахичеванского. Миллионы последователей ислама стали новыми поддаными Российской империи.
Исламские общины имеют значительное влияние в России, а также в среднеазиатских странах СНГ. В настоящее время на территории Российской Федерации проживает почти сорок народов, религией которых исторически являлся ислам. При этом численность мусульманских народов России постоянно возрастает. По данным переписи населения в 1989 году она составляла около 13 миллионов человек, а в 1993 – свыше 20 миллионов. В нынешних российских границах исторически сложились два очага исламской цивилизации: Волжско-Уральский регион, с которым генетически связаны мусульманские общины всей европейской России и Сибири) и Северный Кавказ. К мусульманским народам Волжско-Уральского региона и Сибири относятся башкиры, проживающие на Южном Урале и в Приуралье, численность населения – 1,3 млн. человек; татары – тюркоязычный народ России. Казанские татары, касимовские, мишари проживают в Среднем Поволжье и Приуралье. Барабинские татары, тобольские, томские проживают в Сибири. Карягаши, кундровские татары и юртовские располагаются в Астраханском регионе. Среди поволжских татар выделяются так называемые крящены и нагайбаки – православные. Общая численность татар – около 6 миллионов человек.