Первые попытки изучения ислама делались при Петре I. В начале XVIII века впервые осуществляется перевод Корана на русский язык. Покровительствовала исламу императрица Екатерина II, за что среди татарского населения получила почетное наименование "Эби пашта" ("Бабушка-царица"). После посещения Казани Екатерина II в 1766 году лично дала разрешение купцам Юнусовым на строительство в городе каменной мечети. В екатерининские времена начинается строительство мечетей и в других российских городах. Строительство мечетей в России продолжалось и при приемниках Екатерины II. Так, при Николае I на государственном уровне был утвержден Образцовый проект строительства мечетей в Нижнем Новгороде, в Казани, в Пермской области (г. Оса). К середине XIX века относится сооружение Белой, Черной и Персидской мечетей в Астрахани. Одним из наиболее значительных памятников мусульманского культового зодчества XIX века явлилась мечеть Караван-Сарая в Оренбурге, построенная в 1837 – 1846 гг. по проекту петербургского архитектора А. Брюллова, в духе романтической трактовки средневековой восточной архитектуры.
После присоединения Крымского ханства численность мусульманских подданых Российской империи в царствование Екатерины II значительность увеличилось. Императрица взяла под защиту их храмы и веру, стараясь интегрировать мусульман в сословную структуру Российской империи путем предоставления татарским мурзам и башкирским старшинам права российского дворянства, а также права владения населенными имениями. Мусульманским купцам, ведующим торговлю с Персией, Туркестаном, Китаем и Индией были предоставлены значительные льготы. Особенно много сделала Екатерина II для утверждения прав мусульманского духовенства.
К 1864 году были ликвидированы последние очаги сопротивления кавказских горцев Северного Кавказа, которые с 20-х годов XIX века вели длительную, упорную исламо-религиозную войну. Горские феодальные правители, чтобы расширить свое влияние над вольными горскими общинами, для закрепления своих прав обращались за поддержкой к правительству России, переходя в Российское подданство. Российская империя, чьи интересы требовали закрепления на Кавказе, стремились таким образом утвердить здесь свое прямое господство. Возглавлявший борьбу горцев за независимость в течении двадцати пяти лет имам Шамиль, создал в восточной части Северного Кавказа исламское государство – Имамат, которое находилось на большей части Дагестана и Чечни. Имам – "повелитель правоверных" являлся светским и духовным главой государства. Его власть основывалась на высшем духовном авторитете, подтвержденном горскими общинами и мюридскими наставниками. Шамиль родился в горном ауле в конце XVIII века в аварской семье, был учеником (мюридом) известных, видных наставников. В исламских науках он проявил большие способности, однако ученым (алимом) не стал, а выбрал путь религиозного вождя. На съезде горцев Шамиль был избран имамом.
Имам считался доверенным лицом Пророка, поэтому мог сам не принадлежать к числу шейхов, власть его была ограничена лишь шариатом, но верхновным толкователем шариата был сам имам. Шамиль сурово расправлялся с представителями горской знати, не желавшей признавать его власть. Имамат Шамиля был хорошо приспособлен к длительной священной войне – газавату. Постоянной столицы у Имамата не было. Имам Шамиль, в зависимости от хода боев, находился либо в родном ауле Гимры, либо в аулах Ведено (Веденский район Чеченской республики), либо в аулах Дагестана. На местах власть в государстве осуществляли доверенные лица имама – наибы, в подчинении у которых находились их помощники – дибиры. За деятельностью наибов надзирали наместники – мудиры и контролеры – мухтасибы.
Присягнувшие на верность имаму, мюриды-суфии в государстве Шамиля составляли привилегированную группу в Имамате. Среди них были мюриды тариката и наибские мюриды. Мюриды тариката – "достойнейшие отшельники" – дервиши занимались только изучением высших истин ислама и религиозным служением. Наибские мюриды составляли постоянное войско государства, на содержание которого выделалась пятая часть военной добычи (хумс). При Шамиле постоянно находились более ста мюридов, которые жили в его ставке. Основной военной силой Имамата были всадники, которых содержала община. От каждых десяти дворов выделялся один всадник. Во время войны все мужчины от 15 до 50 лет призывались в ополчение. Важнейшее место в Имамате занимало мусульманское духовенство. Для руководства религиозной жизнью в каждом владении наиба назначался муфтий, которому подчинялся шариатский судья – казий. Однако по первому зову муфтий или казий обязан был участвовать в походах против неверных. На содержание духовества с каждого горского двора помимо натуральных платежей взимали налог денежный. О даровании победы войску Шамиля после хутбы читали особую молитву.