Из российских документов известно (как уже было сказано выше), что в последние годы правления владетеля положение мусульман несколько улучшилось, в это время отмечаются частые случаи возвращения в ислам (в т. ч. и представителей высших сословий), чему отчасти покровительствовал последний владетель. Однако его устранение с политической арены незамедлительно сказалось на верующих — ликвидация княжеской власти окончательно развязала руки подталкиваемым царской властью православным миссионерам. Указом Александра II от 9 июня 1860 г в Тифлисе организуется «Общество восстановления православного христианства на Кавказе», а еще в 1851 г. появляется Абхазская архирейская кафедра. В абхазских селениях возводятся новые или восстанавливаются древние церкви и монастыри. В 1876 г. был построен известный Ново-Афонский Симоно-Канонитский монастырь, а прилежащие земли, принадлежавшие местному населению, отняты в пользу церкви; в 1885 г. основывается Драндский монастырь. На абхазский язык переводится церковная: литература, на смену многочисленным грузинским и русским священникам готовится смена из числа абхазов. Усилиями церкви и ее сторонников возрождаются, а иногда и просто додумываются легенды с низкой степенью достоверностью о «глубоком христианском прошлом» абхазского народа, появляются предания и сказки о жадных, корыстолюбивых, хитрых муллах, обманывающих народ и абхазах-исконных ревнителях христианства, разоблачающих их козни и с радостью «воцерковляющихся». По всей Абхазии под личным контролем экзарха Грузии проводятся массовые крещения населения, как правило с применением насилия. Деятельность священников всячески поощряется государством. Вот, что пишет об этом Симон Басария (которому трудно приписать симпатии к исламу): «Православные священники вкусив военными и гражданскими властями нашли наилучшим способом обращения абхазов в свое учение насильственное крещение. Для достижения этого варварского способа насаждения великого учения, государственная власть стала назначать премии священникам, а именно: за известное количество крещеных абхазов священник получал серебряную медаль, которая давала право, кажется, на семь десятин земельной награды; помимо этого каждый священник Абхазии получал в собственность удел в 30 десятин, а то и больше. Кроме всего этого правительство давало возможность обзавестись священникам домашними животными, вовсе не беспокоясь за судьбу их, т. к. по закону абхазы обязаны были заплатить стоимость пропавшей скотины священнику. Известно, что такие священники, ставленники властей, были не в почете у населения, а потому и не могло быть речи и вознаграждении их средствами населения, и здесь власти были озабочены судьбой духовников: им, как всем чиновникам, ежемесячно выплачивалось жалованье».
Поставив простой народ в жесткие экономические условия и: объявив его «виновным», власть широко применяет практику «вспомоществования» принимающим православие и раздает им различные подачки и льготы. Известны многочисленные анекдотические случаи, когда ради получения материальной помощи и серебряного креста (который сразу же переплавлялся на украшения для оружия) простые люди крестились по нескольку раз. Согласно «Обзора деятельности общества восстановления православного христианства на Кавказе» только в период с 1860 по 1866 из ислама в христианство было окрещено 19484 абхазов. Вторая половина XIX в. (начиная с ликвидации Абхазского княжества) характеризовалась наибольшей религиозной нетерпимостью со стороны администрации и церкви, особенно во время пребывания на посту начальника Сухумского военного отдела «героя» Кавказской войны, генерала В.А.Геймана (крестившегося из иудеев). К. Д. Мачавариани, описатель жизни и быта Абхазии и сын известного миссионера Д.Мачавариани, повествует, что «…с назначением генерала Геймана в качестве начальника Сухумского округа началось в Абхазии обращение туземцев в православие», при этом автор «сожалеет», что «после Геймана наша администрация и духовная власть стали либеральнее…». С.Басария пишет об этом так: «Что же делали генерал Гейман и сухумский епископ? Они снаряжают экспедицию, состоящую из казачьего отряда, священников и гражданских чинов в абхазские села. Там казачья цепь окружала абхазов, и начиналось насильственное крещение, причем с обеих сторон предварительно пускалось в ход орудие; вновь обращенные в православие через час с проклятиями по адресу властей, духовных и военных, бежали к реке обмывать святое миро. Такая «крещенская» экспедиция в особенности отличалась в селах Джгерда и Чилоу… В… Ново- Афонской регистрации значится: «Миссионерскими трудами епископа Геннадия и его сподвижников в 1888 г., по благодати Божией, с 18 по 29 июня 1918 абхазов были присоединены к православию». Конечно, это было в период экзекуционных способов насаждения христианства, когда «по благодати» ген. Геймана и епископа Геннадия казачья кавалерия присоединяла к православию мусульман-абхазов».