Но кроме всего, Малкольм был решительным противником межрасовой интеграции. Его национализм зашел так далеко, что он даже готов был поддержать белых расистов в противовес интеграторам. В частности, на вопрос об отношении к режиму апартеида в ЮАР он ответил: «Они не делают чего-то отличного от того, что мы имеем в Америке. Единственное отличие в том, что у них дела не расходятся со словами... Они хотят сохранить всех белых белыми. Мы хотим сохранить всех черных черными. Между расистами и интеграционистами я, безусловно, предпочитаю расистов». Впрочем, это ни на йоту не меняло его отношение к белой расе как к таковой, и, отвечая на вопрос о том, как Нация собирается поступить с белыми после победы, он ничтоже сумняшеся заявлял: «Не важно, что мы собираемся делать с белыми, важно, что с ними собирается делать Бог. Что делает судья с преступником?» Соответствующим было и его отношение к смешанным бракам: «Мы против смешанных браков постольку, поскольку мы против всех других несправедливостей, чинимых в отношении нашего народа».
Малкольм после Нации
Среди многих людей, знающих убеждения позднего, зрелого Малкольма, существует заблуждение относительно того, что он покинул Нацию, поскольку перестал быть черным националистом или потому, что разочаровался в моральном облике Элайджи. Но это не так. Правда в том, что Малкольм был вынужден покинуть Нацию не потому, что перестал быть черным националистом, а потому, что зашел в своем национализме так далеко, что вынудил откреститься от себя даже Элайджи. Формальным поводом для конфликта стало нелицеприятное высказывание Малкольма о Кеннеди, сделанное им почти сразу после убийства этого общенационального любимца в 1963 году. Такой шаг не просто ожесточал против NOI всю Америку, включая большинство черных, но и бросал на нее тень в смысле возможной причастности к убийству Кеннеди.
На самом же деле причиной ухода было то, что у набирающего популярность Малкольма все чаще давал о себе знать его неуправляемый радикализм, тогда как Элайджи давно взял курс на неформальное сотрудничество с властями. Кроме того, не последнюю роль в конфликте сыграло окружение Элайджи, настроившее его против молодого радикала; сам Малкольм в последнем письме Элайджи в 1963 году писал, что продолжает быть его последователем и винит в разладе между ними окружение своего лидера, а не его самого. Но это было уже после того, как Элайджи отстранил Малкольма от всякой проповеднической и пропагандистской деятельности и, более того, вообще наложил запрет на его публичные выступления сроком на 90 дней. Фактически это означало исключение Малкольма из организации. Позже под благовидным предлогом заботы о его спортивной карьере из организации таким же образом (отстранением от публичных выступлений) был исключен боксер Мухаммед Али.
Организация, которую основал Малкольм после ухода из NOI — общество «Мусульманская мечеть» (Muslim Mosque Inc.) — далеко не сразу стала тем оплотом ортодоксального ислама среди черных, в качестве которого она и известна сегодня. Поначалу она создавалась как черная националистическая организация, и сам Малкольм говорил в этой связи:
«Религиозной платформой Мусульманской мечети является ислам, на базе которого необходимо пропагандировать моральную реформацию с тем, чтобы искоренить те пороки Черного общества, которые разрушают его изнутри. Это религиозная основа. Но политической основой Мусульманской мечети будет черный национализм, и ее социальной философией будет черный национализм. Что касается политической философии, мы по-прежнему верим в решение, предложенное благородным Элайджи Мухаммадом, а именно: тотальное отделение. 22 млн т. н. негров должны быть полностью отделены от Америки и обеспечены необходимыми возможностями для возвращения на историческую родину. Это долгосрочная программа. А краткосрочная программа заключается в том, что если уж мы вынуждены жить в этой стране, мы должны иметь крышу над головой, одежду, хорошую работу, хорошее образование. Поэтому наша долгосрочная философия предполагает репатриацию в африканскую родину, а наша краткосрочная программа предполагает обеспечение черных всеми необходимыми потребностями вплоть до возвращения на родину».
Позже в деятельности этой организации приняли участие и мусульмане белого, европейского происхождения, однако, создавая свою Мечеть, Малкольм на вопрос о том, могут ли к ней присоединиться белые, категорически отрезал:
«Белые не могут вступить к нам. Все негритянские организации, в которые вступают белые, рано или поздно оказываются под их контролем. Белые контролируют все негритянские организации, в которые они вступают. Если белые хотят помочь нам финансированием, мы примем эту помощь, но вступить к нам они не могут».