В отличие от Али Шариати, получившего светское образование сначала в Мешхеде, а потом и во Франции, имам Хомейни был студентом-теологом, прошедшим полный курс изучения исламских религиозных наук, в результате чего ему была присвоена степень муджтахида. После завершения своего начального образования в возрасте пятнадцати лет Рухолла начал изучать арабскую грамматику и логику под руководством своего старшего брата аятоллы Муртазы Пасандиде. Затем Хомейни отправился в город Арак, чтобы учиться в религиозной школе под руководством аятоллы сейеда Абдулькерима Хаери. После того как аятолла Хаери, в 1921 году приглашенный в Кум, основал там центр теологического образования, его студентом стал и Хомейни. Будущий руководитель революции подробнейшим образом изучал там исламские науки (основы ислама, корановедение, хадисоведение, фикх и т.д.), а также риторику, этику, арабскую и персидскую литературу, математику, астрономию, историю мусульманской и западной философии, основы стихосложения, эрфан (суфийское учение мистического характера) и исламскую теорию познания. Словом, он получил классическое шиитское религиозное образование. Имам Хомейни слыл прилежным, набожным и очень способным студентом, испытывающим к учебе особый интерес. В 1926 году, после получения степени муджтахида, Хомейни начал преподавать богословие и фикх. С 1929 по 1936 год имам писал научные труды и преподавал в Кумской семинарии; к своей деятельности он подходил творчески и активно практиковал иджтихад, в отличие от многих своих коллег. Таким образом, имея опыт преподавательской деятельности и вследствие этого будучи осведомленным о положении дел в теологических центрах, Хомейни, как и Шариати, на протяжении всей жизни уделял особое внимание теме исламского просвещения, выступал против формализма и начетничества отсталых и насквозь коррумпированных ахундов. Однако пересмотр основ мусульманского образования, к которому призывал Али Шариати, имам считал крайне опасным. В возрасте пятидесяти лет Хомейни стал аятоллой, в 1961 году — великим аятоллой. Если Али Шариати, будучи сыном и внуком теологов, в дальнейшем во многом сменил круг общения, то имаму Хомейни всю жизнь была близка среда шиитского духовенства. В рамках этой среды имам создал свою семью: в 1929 году он женился на дочери известного кумского теолога аятоллы Сакафи Техрани, которая родила ему пятерых детей: трех дочерей и двоих сыновей, Мустафу и Ахмада, ставших впоследствии его верными помощниками и соратниками по борьбе. Это обстоятельство жизни аятоллы Хомейни наложило двоякий отпечаток на его взгляды и политическую позицию: с одной стороны, он прекрасно знал, что представляют из себя муллы, возможно, предчувствовал их предательство, с другой стороны, он всегда находился в определенной зависимости от той среды, к которой сам принадлежал, что значительно сковывало его и в собственном творчестве, и в вопросах выбора политической стратегии. Поэтому корни теоретических ошибок имама, например, приверженности традиционной шиитской концепции власти под названием «велаяте-факих», следует искать в том числе и в этих особенностях формирования имама в качестве лидера и идеолога Исламской революции. Али Шариати, коему ради предотвращения раскола в рядах антишахской оппозиции порой тоже приходилось смягчать свою крайне негативную оценку жреческой касты, все же был гораздо более свободен в выражении своего антиклерикализма, хотя неизвестно, кому на самом деле принадлежала пальма первенства в неприязни к попам: Хомейни или Шариати.