Вице-короли и генерал-капитаны пользовались широкими правами. Они назначали губернаторов, коррехидоров, старших алькальдов и прочих чиновников, издавали различные распоряжения политического, хозяйственного и иного характера, ведали казной, вооруженными силами. Поскольку испанский монарх обладал правом патроната по отношению к церкви в американских колониях, вице-король от его имени утверждал священников из числа кандидатов, представленных епископами.
Аудиенсии выполняли главным образом судебные функции. Но на них возлагалось и наблюдение за деятельностью административного аппарата. Однако они являлись лишь совещательными органами, решения которых не считались обязательными для вице-королей и генерал-капитанов.
В своих действиях вице-короли отчитывались только перед королевским правительством и Верховным Советом по делам Индий в Мадриде. Совет с начала XVI в. фактически руководил всей политикой Испании по отношению к американским колониям. Он определял основное направление этой политики, готовил проекты соответствующих законов и указов, намечал кандидатуры вице-королей, генерал-капитанов, членов аудиенций (оидоров), епископов и прочих высокопоставленных должностных лиц, санкционировал назначение чиновников более низких рангов. Решения и рекомендации Верховного Совета — высшей судебной и контрольной инстанции по делам, касавшимся испанских владений в Америке, — подлежали утверждению короля.
В городах Испанской Америки существовали муниципальные органы — кабильдо или аюнтамьенто, состоявшие из рехидоров (городских советников) и алькальдов (судей). В их ведении находились вопросы благоустройства, местный бюджет, разбор уголовных и гражданских дел. Деятельность городских муниципалитетов контролировалась коррехидорами, т. е. представителями колониальных властей.
Во всех звеньях административного аппарата царили бюрократизм и коррупция. Подавляющее большинство чиновников, независимо от их положения на служебной лестнице, как правило, занимались казнокрадством, взяточничеством и допускали иные злоупотребления.
Важным элементом системы колониального управления являлась католическая церковь. Под видом заботы о «спасении душ» индейцев духовенство насильно навязывало им христианскую религию, используя ее как средство порабощения и ограбления коренного населения. Священники и монахи заставляли индейцев работать на себя, облагали их всевозможными налогами, сгоняли на строительство многочисленных церквей и монастырей. Тем не менее на протяжении веков многие индейские племена сохраняли свои прежние верования, обычаи, обряды, традиции, празднества.
Гнетущее влияние церкви сказывалось на всей духовной жизни колоний. Она поставила под свой контроль учебные заведения, осуществляла цензуру и т. д. Вместе с католичеством в Америку проникла зловещая инквизиция, которая к концу XVIII в. фактически полностью превратилась в инструмент испанских властей. Со временем в руках церкви сосредоточились огромные богатства: будучи крупнейшим землевладельцем и ростовщиком, имея множество других источников дохода, она была освобождена от налогов и повинностей. Духовенство обладало различными привилегиями.
Экономическое развитие Испанской Америки полностью обусловливалось интересами метрополии, которая рассматривала колонии прежде всего как источник снабжения Испании драгоценными металлами и продуктами плантационного хозяйства. Обрабатывающая промышленность развивалась чрезвычайно медленно. Мануфактур даже в XVIII в., не говоря уже о более раннем периоде, имелось очень мало. Колониальные власти всячески тормозили прогресс местной промышленности испаноамериканских стран с тем, чтобы сохранить за метрополией монополию на импорт готовых изделий. Из Испании в колонии ввозились ткани, вина, масло, ртуть и другие товары.
Политика мадридского правительства определяла и состояние сельского хозяйства колоний. Испанцы привезли с собой неизвестные ранее в Америке сельскохозяйственные культуры, домашних животных, применяли более совершенные способы обработки земли. Правда, индейцы, подвергавшиеся жестокому угнетению, в большинстве своем не использовали эти новшества. Они продолжали сажать преимущественно кукурузу и фасоль, придерживаясь прежних примитивных методов земледелия. Но в помещичьих хозяйствах культивировали и пшеницу, перец, какао, табак, сахарный тростник, разводили лошадей, различные породы крупного и мелкого рогатого скота. Появились виноградники, оливковые и тутовые деревья. Однако в дальнейшем власти, боясь конкуренции, запретили выращивание в колониях винограда, олив, льна, разведение шелковичных червей. Большая часть виноградников была уничтожена, а оливковые и тутовые рощи вырублены.
Поскольку покупательная способность основной массы населения, страдавшего от многочисленных поборов в пользу помещиков, короля и церкви, являлась весьма низкой, внутренняя торговля в колониях развивалась слабо. Ее росту препятствовали также государственные монополии на продажу соли, спиртных напитков, табачных изделий, игральных карт, гербовой бумаги, пороха и др.