По имеющимся документам сейчас трудно установить последовательность разгрома центральных управлений Наркомата Обороны. В одном из дел рассекреченного фонда Главпура хранятся протоколы партийных собраний Разведупра. В них десятки фамилий арестованных с их краткими данными. Безусловно, это неполные списки всех арестованных и погибших сотрудников военной разведки, но они дают некоторое представление о потерях Разведупра в 1937 г. 20 человек руководящего состава были арестованы и отправлены на Лубянку, и именно новому начальнику управления пришлось 19 июля докладывать об этом на заседании партбюро. Что чувствовал Берзин, называя шпионами и террористами людей, с которыми проработал многие годы, которых отлично знал и которым полностью доверял? Верил ли он сам этим обвинениям? Догадывался ли, что многолетняя работа с «врагами народа» бросает тень и на него и что его дни сочтены? На все эти вопросы сейчас невозможно ответить.
В отдельных управлениях Наркомата Обороны люди исчезали бесследно. Просто в какой-то день человек не выходил на работу. Из его сейфа изымали документы, кабинет опечатывали, и никто не задавал лишних вопросов. Любопытство не поощрялось, да всем и так все было ясно.
В Разведупре все происходило иначе. Созывали закрытое партсобрание, а членами партии были почти все сотрудники, и называли фамилии всех «врагов народа». Так случилось и 20 июля. В президиуме заседал Берзин со своими ближайшими помощниками Никоновым и Стиггой, сменившим арестованного Узданского на посту начальника 1-го отдела. В зале более 200 пар глаз, устремленных на докладчика. Докладывает секретарь парткома управления Г.Л.Туманян. Повестка дня: «Об исключении из рядов ВКП(б) бывших работников Разведупра, арестованных органами НКВД как враги народа». «Врагов народа» осудили единодушно и протокол собрания отправили секретарю партбюро Наркомата Обороны дивизионному комиссару Снегову.
В числе 20 арестованных оказались уже упомянутые Геккер, Штейнбрюк, Карин, Захаров-Мейер, Узданский, Абрамов-Миров, Александровский, Максимов, а также:
Борович (Розенталь) Лев Александрович, дивизионный комиссар, с 1935 г. - зам. начальника 2-го отдела Разведупра, резидент военной разведки в Шанхае;
Боговой Василий Григорьевич, комбриг, с 20 января 1935 г. - начальник 4-го отдела Разведупра, с 4 февраля 1936 г. - начальник 5-го отдела;
Мазалов Алексей Антонович, полковник, с 20 июля 1935 г. - зам. начальника 1-го отдела Разведупра, с 28 апреля 1937 г. находился в распоряжении Управления по командному и начальствующему составу РККА;
Иодловский Александр Максимилианович, полковник, в 1935-1937 гг. занимался разведработой в Берлине;
Юревич Леонард Антонович, полковой комиссар, член компартии с 1918 г., сотрудник Разведупра с 1919 г., находился в распоряжении Разведупра;
Залесская Софья Александровна, занималась нелегальной работой в Чехословакии, Германии, Польше и других странах, в 1933 г. награждена орденом Красного Знамени, находилась в распоряжении Разведупра;
Асков Аркадий Борисович, полковой комиссар, член компартии с 1918 г., в Разведупре с 1923 г., находился в распоряжении Разведупра;
Полуэктов-Прозоров Александр Иванович, сотрудник Разведупра, майор;
Семенов Григорий Иванович (псевдоним - Андрей), анархо-коммунист в 1906-1915 гг., эсер в 1915-1921 гг., с 1921 г. - в ВКП(б), с 1919 г. - в РККА, сотрудник Разведупра, в 1927 г. - советник Военной комиссии ЦК КПК, в дальнейшем занимался разведывательной работой в Маньчжурии и Испании.
Первый арест такой большой группы сотрудников вызвал цепную реакцию смещений, перемещений, новых назначений. 1 августа положение в Разведупре в связи с разоблачением «врагов народа» обсуждалось на заседании Политбюро. Было принято решение: «Освободить Я.К.Берзина от обязанностей начальника Разведывательного управления РККА с оставлением его в распоряжении Наркомата Обороны. Временное исполнение обязанностей начальника Разведывательного управления возложить на товарища Никонова». После ареста его соратников, с которыми он работал многие годы, у начальника Управления не было никаких шансов удержаться на своем посту, а «оставление его в распоряжении Наркомата Обороны» означало последующий арест. И Берзин, и его подчиненные это прекрасно поняли.
Военная разведка все больше и больше попадала под влияние НКВД. В том же постановлении Политбюро Ежову поручалось «установить общее наблюдение за работой Разведупра, изучить состояние работы, принимать по согласованию с Наркомом Обороны неотложные оперативные меры, выявить недостатки Разведупра и через две недели доложить ЦК свои предложения об улучшении работы Разведупра и указания по свежим кадрам». После принятия этого постановления Ежов становился полновластным хозяином военной разведки.